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基于CT影像組學(xué)術(shù)前預(yù)測(cè)非小細(xì)胞肺癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的研究

發(fā)布時(shí)間:2020-07-31 18:29
【摘要】:非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移是影響患者治療療效和預(yù)后最重要的臨床因素之一,也是肺癌國(guó)際TNM分期(T代表腫瘤大小,N代表淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移情況,M代表遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移狀態(tài))的核心指標(biāo)。術(shù)前準(zhǔn)確判斷NSCLC淋巴結(jié)是否發(fā)生轉(zhuǎn)移對(duì)指導(dǎo)臨床治療方案選擇(如是否手術(shù)、淋巴結(jié)清掃范圍等)及評(píng)估預(yù)后有重要的臨床價(jià)值。計(jì)算機(jī)斷層攝影術(shù)(CT)是NSCLC患者術(shù)前評(píng)估的首選影像檢查手段,在臨床實(shí)踐中,臨床醫(yī)師主要基于CT圖像上淋巴結(jié)的徑線大小判斷淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移,但存在主觀性強(qiáng)、診斷敏感度和特異度均較低的缺點(diǎn),不能滿足現(xiàn)代精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展的臨床需求。隨著醫(yī)學(xué)圖像信息分析技術(shù)的發(fā)展,從腫瘤影像中提取高通量的定量影像特征,將圖像轉(zhuǎn)化為可挖掘的數(shù)據(jù),用于解析臨床信息(如病灶定性、治療療效、預(yù)后等),這種分析方法被命名為影像組學(xué)(Radomics)。通過(guò)影像組學(xué)大數(shù)據(jù)挖掘分析方法,提取關(guān)鍵的影像組學(xué)特征(構(gòu)成的特征組合被稱之為標(biāo)簽[Signaure]),再結(jié)合患者的臨床和病理學(xué)等信息,構(gòu)建預(yù)測(cè)模型,可實(shí)現(xiàn)腫瘤的基因分析、病灶定性、療效評(píng)價(jià)和預(yù)后預(yù)測(cè)(如預(yù)測(cè)患者術(shù)后5年生存概率、腫瘤復(fù)發(fā))等,從而可指導(dǎo)臨床決策,具有重要的臨床意義。作者針對(duì)術(shù)前難以準(zhǔn)確診斷NSCLC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的臨床挑戰(zhàn)性問(wèn)題,進(jìn)行了影像組學(xué)方法和臨床應(yīng)用研究,基于術(shù)前患者肺癌CT增強(qiáng)掃描圖像,從圖像中提取海量影像組學(xué)定量特征,通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)及機(jī)器學(xué)習(xí)方法,篩選與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移高度相關(guān)的關(guān)鍵影像組學(xué)特征,構(gòu)建影像組學(xué)標(biāo)簽,然后融合多項(xiàng)臨床和病理信息,構(gòu)建了淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)模型,實(shí)現(xiàn)了術(shù)前個(gè)體化預(yù)測(cè)NSCLC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移狀態(tài)。本研究構(gòu)建的基于CT影像組學(xué)的NSCLC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)模型,為臨床醫(yī)生術(shù)前判斷是否發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移提供了無(wú)創(chuàng)的定量診斷工具,可輔助指導(dǎo)臨床決策,具有較高的臨床價(jià)值和科學(xué)意義。在開(kāi)展相關(guān)研究工作的過(guò)程中,本文作者作為第一作者(含共同第一作者)發(fā)表了5篇臨床腫瘤學(xué)領(lǐng)域及醫(yī)學(xué)影像學(xué)領(lǐng)域的SCI論文以及1篇臨床醫(yī)學(xué)影像學(xué)領(lǐng)域的中文核心期刊論文(本研究作者作為所有發(fā)表研究中唯一的工科科研人員,負(fù)責(zé)影像組學(xué)特征提取算法設(shè)計(jì)和數(shù)據(jù)處理分析),其中以共同第一作者發(fā)表于臨床腫瘤學(xué)領(lǐng)域頂級(jí)期刊《J Clin Oncol》的研究論著,是截至目前(2018年7月5日)國(guó)際影像組學(xué)研究領(lǐng)域的影像因子最高的研究(2017 IF:26.303)。本文的主要研究?jī)?nèi)容包括如下:(1)設(shè)計(jì)了一種魯棒性好的NSCLC影像組學(xué)特征提取算法流程。作者在前期研究中,設(shè)計(jì)了基于紋理特征的提取方法,并在軟件程序上實(shí)現(xiàn)了 150個(gè)特征的提取;在本項(xiàng)目中,作者進(jìn)一步完善和優(yōu)化了影像組學(xué)特征提取算法,再結(jié)合本研究項(xiàng)目需求及具體的臨床問(wèn)題制定恰當(dāng)?shù)难芯糠桨覆⒂镁幊陶Z(yǔ)言實(shí)現(xiàn),所提取的特征包括灰度直方圖、紋理、小波變換、Gabor變換等4個(gè)類別,合計(jì)591個(gè)特征。(2)提出了一種性能穩(wěn)定的NSCLC影像組學(xué)特征降維和篩選方法。根據(jù)影像組學(xué)特征與患者發(fā)生臨床結(jié)局(是否發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移)的關(guān)聯(lián)映射,作者首先使用可重復(fù)性相關(guān)分析實(shí)現(xiàn)影像組學(xué)特征的降維與初篩,隨之采用L1正則化(Least absolute shrinkage and selection operator,Lasso)Logistic回歸模型對(duì)初篩后的數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)鍵影像組學(xué)特征的篩選,繼而融合關(guān)鍵影像組學(xué)特征,構(gòu)建可用于預(yù)測(cè)NSCLC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的影像組學(xué)標(biāo)簽(即影像組學(xué)特征的集合)。本文作者設(shè)計(jì)采用的特征選擇方法共篩選出了 13個(gè)關(guān)鍵影像組學(xué)特征用于后續(xù)建模分析,并將該系數(shù)非零的特征進(jìn)行線性組合以獲得影像組學(xué)標(biāo)簽。作者發(fā)現(xiàn)其構(gòu)建的影像組學(xué)標(biāo)簽和NSCLC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移具有顯著的統(tǒng)計(jì)學(xué)相關(guān)性,具有較好的鑒別診斷能力(曲線下面積[AUC]為0.734)。(3)提出了一種聯(lián)合影像組學(xué)標(biāo)簽和臨床指標(biāo)的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法,實(shí)現(xiàn)NSCLC患者淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的個(gè)體化預(yù)測(cè)。作者通過(guò)將獲得的影像組學(xué)標(biāo)簽與發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移危險(xiǎn)因素納入多參數(shù)變量Logistic回歸模型進(jìn)行預(yù)測(cè)模型建模,構(gòu)建的預(yù)測(cè)模型具有較好的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)效能及模型校準(zhǔn)結(jié)果(AUC為0.789);且為了方便在臨床實(shí)踐中使用模型,作者進(jìn)一步繪制了列線圖(nomogram),將預(yù)測(cè)模型進(jìn)行可視化,便于臨床醫(yī)師使用該預(yù)測(cè)模型進(jìn)行術(shù)前個(gè)體化精準(zhǔn)預(yù)測(cè)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,從而指導(dǎo)臨床決策。本文作者設(shè)計(jì)的基于NSCLC患者術(shù)前CT增強(qiáng)掃描圖像的影像組學(xué)特征提取方法、影像組學(xué)特征篩選方法以及淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)模型構(gòu)建方法已在作者所在課題組的多項(xiàng)臨床研究中得到很好的應(yīng)用及驗(yàn)證,相關(guān)工作發(fā)表在臨床腫瘤學(xué)及影像學(xué)領(lǐng)域核心SCI期刊,合計(jì)14篇,其中以第一作者發(fā)表于SCI期刊《Sci Rep》(2017 IF:4.122)和臨床醫(yī)學(xué)影像學(xué)領(lǐng)域中文核心期刊《中華放射學(xué)雜志》各1篇;以共同第一作者在《Euro JRadiol》(2017IF:2.843)、《ChinJCancer Res》(2017 IF:3.689)、《AbdomRadiol(NY)》(2017IF:1.506)發(fā)表SCI論文各1篇(均排第二),以及臨床腫瘤學(xué)領(lǐng)域頂級(jí)期刊《J ClinOncol》(排第三)1篇;其中,發(fā)表在《JClinOncol》的研究論著為截至目前(2018年7月5日)國(guó)際影像組學(xué)研究領(lǐng)域影響因子最高的論著(2017IF:26.303)。
【學(xué)位授予單位】:華南理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:R734.2;R730.44
【圖文】:

影像,實(shí)驗(yàn)流程,影像


影像組學(xué)特征的提取算法尚未有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)*因此,本文在攻讀碩士學(xué)組學(xué)方法流程進(jìn)行了一整套完整程序?qū)崿F(xiàn)。影像組學(xué)特征提取是本章早期影像組學(xué)研宄中提到的紋理特征提取方法進(jìn)一步完善和優(yōu)化影像法并進(jìn)行軟件程序上的實(shí)現(xiàn),再結(jié)合科研項(xiàng)目需求及具體的臨床問(wèn)題制案并用編程語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)。本章將從影像組學(xué)特征提取算法軟件研發(fā)的經(jīng)探索實(shí)踐影像組學(xué)研宄方法的過(guò)程,簡(jiǎn)要說(shuō)明本文的實(shí)驗(yàn)流程、實(shí)驗(yàn)的腫瘤病灶分割方法,介紹本文實(shí)驗(yàn)中提取的相關(guān)NSCLC影像組學(xué)特征的計(jì)_公式。逡逑流程逡逑介紹本文的總體實(shí)驗(yàn)流程(如圖2-1所示),包括臨床診療數(shù)據(jù)及影像圖瘤病灶分割、特征提取、特征降維及篩選、多參數(shù)預(yù)測(cè)模型的訓(xùn)練、。逡逑訓(xùn)練組逡逑

示意圖,非小細(xì)胞肺癌,患者,放射科醫(yī)生


邐_南&^大學(xué)磺士[x位論文邐逡逑腫瘤病灶的精準(zhǔn)分割。本文的實(shí)驗(yàn)中,影像圖像數(shù)據(jù)均由臨床經(jīng)驗(yàn)豐富的放射科醫(yī)生使逡逑用手動(dòng)分割方式,來(lái)完成對(duì)腫瘤病灶的精準(zhǔn)分割。具體實(shí)現(xiàn)如圖(2-2)所示,本文使用逡逑選取腫瘤病灶最大眉面沿病灶輪廓放置ROI。ROI的放置是由兩名具有豐富臨床經(jīng)驗(yàn)的逡逑放射科醫(yī)生(分別具有5年和10年的臨床胸部CT影像診斷經(jīng)驗(yàn))來(lái)完成。、同時(shí)去除逡逑CT值低于50HU以及高于300HU的像素閾值的氣體、壞死區(qū)及鈣化血管,區(qū)域以進(jìn)一步逡逑調(diào)整腫瘤病灶ROI。所有的腫瘤病灶ROI文件將以“.roi”格式文件進(jìn)行存儲(chǔ)。逡逑

影像,特征提取,架構(gòu)設(shè)計(jì),影像


邐_南&^大學(xué)磺士[x位論文邐逡逑作者基于現(xiàn)有的條件以及研宄任務(wù)的時(shí)效性的需求,結(jié)合Matlab編程語(yǔ)言環(huán)境的逡逑優(yōu)點(diǎn),設(shè)計(jì)了本文影像組學(xué)研究中的特征提取實(shí)現(xiàn)程序。程序架構(gòu)只要分為三個(gè)部分(如逡逑圖2-3):原始圖像及病灶ROI讀取、特征提取以及結(jié)果輸出B逡逑

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