【摘要】：目的建立ABCG2基因13個單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位點(rs3114018、r3114020、rs2231146、rs2231164、rs2725252、rs55976258、rs12641369、rs34455506、rs1448784、rs10011796、rs2725244、rs34472643、rs3114015)檢測的分子診斷技術,并驗證ABCG2基因多態(tài)性在中國蘭州地區(qū)原發(fā)性痛風人群中的遺傳易感性。方法應用Primer-BLAST軟件設計ABCG2基因13個SNP位點的特異引物,建立臨床常規(guī)化的PCR-HRM分子診斷檢測體系。以Sanger測序法為金標準對所建方法學進行驗證,評價其靈敏度、特異性、重復性和再現性。通過檢測398例原發(fā)性痛風患者臨床標本評價其臨床適用性。以千人基因組數據庫中的中國人群基因型數據為對照進行病例對照分析,驗證其在中國蘭州地區(qū)原發(fā)性痛風人群中的易感性。采用卡方檢驗和二項Logistic回歸分析進行統(tǒng)計學處理,評價ABCG2基因多態(tài)性的痛風易感性,采用連鎖不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)和單體型分析評價單體型的痛風易感性。結果(1)經測序驗證,自建的PCR-HRM檢測體系能對ABCG2基因的13個SNP位點準確分型,并成功基因分型398份病例組標本。性能評價結果顯示所建方法在本次13個SNP基因型檢測中的靈敏度和特異性均達100%。所有SNP位點的兩種純合型相應的熔解曲線T_m值的變異系數(CV)均小于1%,且兩種基因型的T_m值差異均具有統(tǒng)計學意義(P0.05),具有較好的重復性和再現性。(2)對除rs1448784位點外達到Hardy-Weinberg遺傳平衡的12個SNP進行病例對照分析,發(fā)現有11個SNP位點的基因型頻率和等位基因頻率分布存在統(tǒng)計學差異(P0.05),分別是rs2231164、rs34455506、rs34472643、rs2231146、rs12641369、rs2725252、rs3114018、rs2725244、rs3114020、rs10011796和rs55976258。(3)對病例組按甘油三酯(Triglyceride,TG)分層分析,發(fā)現痛風患者11個SNP位點的基因型頻率和等位基因頻率在高TG組和正常TG組間無統(tǒng)計學差異(P0.05)。(4)在四種遺傳模型下進行發(fā)病風險回歸分析,發(fā)現在顯性模型和隱性模型下12個SNP位點的野生型均可增加痛風的患病風險,純合突變型均可降低痛風患病風險;在加性模型下,除rs34455506和rs34472643外,其他SNP位點的野生型均可增加痛風患病風險;在共顯性模型下以野生型為參照,rs2231164的AA、rs34455506的CT、rs34472643的AG、rs2231146的AG/GG、rs12641369的AG/AA、rs2725252的GT/TT、rs3114018的AC/AA、rs2725244的AG/AA、rs3114020的CT/TT、rs10011796的CT/CC以及rs55976258的CT/TT基因型均可降低痛風的發(fā)病風險。(5)LD分析結果表明ABCG2基因的rs34455506和rs34472643、rs2725244和rs3114020之間D'和r~2值均"g0.8,存在強LD關系。(6)由11個SNP(rs2231164、rs34455506、rs34472643、rs2231146、rs12641369、rs2725252、rs3114018、rs2725244、rs3114020、rs10011796和rs55976258)構建的單體型“ACGAAGAATCC”和“ATAGAGAATCT”可增加痛風患病風險。結論本研究建立的ABCG2基因13個SNP位點的PCR-HRM分子診斷方法靈敏度高、特異性好,具有較好的重復性和再現性,可用于臨床常規(guī)化基因分型。ABCG2基因多態(tài)性與中國蘭州地區(qū)原發(fā)性痛風的易感性相關。
【學位授予單位】：蘭州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：R589.7;R440
【圖文】：

誆慰賈搗段紕�。�?3.1 痛風患者臨床資料的統(tǒng)計描述3.2 提取基因組 DNA 質量的鑒定用 1%濃度的瓊脂糖凝膠電泳對提取的基因組 DNA 進行完整性驗證。如圖3.1 所示，電泳結果表現為一條背景清晰的單一明亮條帶，證明基因組 DNA 的完整性較好。圖中“M”指 100-600 bp 的 DNAmarker，從上到下依次為 600、500、400、300、200、100 bp。對所有核酸標本進行濃度和純度檢測，結果 DNA 濃度項目（單位） ±SD 參考值范圍性別男（例）女（例）38018——年齡（歲） 43.60±14.10 —FBG (mmol /L) 5.36±1.21 3.60-6.10SUA (μmol /L) 485.69±121.25 0.00-420.00TC (mmol /L) 7.96±4.42 2.30-5.80TG (mmol /L) 2.29±1.59 0.45-1.80LDL-C (mmol /L) 2.72±0.84 1.20-3.30HDL-C (mmol /L) 1.05±0.342 0.70-2.20BUN (mmol /L) 5.34±2.10 1.80-8.00Scr (μmol /L) 88.77±28.49 12.00-133.20白細胞計數( ×109/L) 7.32±2.30 4.00-10.00

圖 3.2 13 個 SNP 位點 PCR 產物特異性驗證結果3.3.2 PCR-HRM 檢測體系的建立在優(yōu)化后的 PCR-HRM 檢測體系下，ABCG2 基因的 13 個 SNP 位點均能準確進行基因分型，如圖 3.3 所示。對于 rs34472643 G>A 和 rs3114015 G>C，根據

3個SNP位點PCR-HRM分型圖

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本文編號：2774368