【摘要】：背景:膿毒癥合并急性腎功能衰竭會(huì)增加患者的死亡風(fēng)險(xiǎn)。了解膿毒癥AKI的病理機(jī)制以及增加臨床干預(yù)能減少膿毒癥患者AKI發(fā)生率和降低危重癥患者死亡率。MicroRNA(miRNA)能夠在轉(zhuǎn)錄水平上微調(diào)基因表達(dá)并影響蛋白質(zhì)的合成,參與了疾病的發(fā)生與進(jìn)展。已有證據(jù)表明miRNA有望成為早期識(shí)別AKI潛在的診斷和治療工具。目的:通過使用生物信息學(xué)分析GEO數(shù)據(jù)庫中的基因表達(dá)譜GSE67401,試圖篩選參與調(diào)控膿毒癥發(fā)生AKI的miRNA,以及促進(jìn)AKI發(fā)展的潛在途徑。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載GSE67401原始數(shù)據(jù)集,根據(jù)GSE67401數(shù)據(jù)集中的注釋文件將樣本分為全身炎癥反應(yīng)綜合癥合并急性腎損傷組(n=58)與全身炎癥反應(yīng)綜合癥腎功能正常組(n=53),處理獲得樣本miRNA表達(dá)矩陣。使用R軟件limma鑒定差異表達(dá)的miRNA(p0.05,倍數(shù)變化2),使用miRTarBase數(shù)據(jù)庫預(yù)測潛在的靶基因。使用Enricher數(shù)據(jù)庫,對(duì)DE-miRNA的這些潛在靶標(biāo)進(jìn)行功能注釋和途徑富集分析。由STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),并通過Cytoscape軟件實(shí)現(xiàn)可視化,篩選出樞紐基因,構(gòu)建潛在靶基因與miRNA-基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果:SIRS患者中,合并急性腎損傷與沒有合并急性腎損傷相比,篩選出總共101個(gè)差異表達(dá)的miRNA,其中包括15個(gè)上調(diào)的miRNAs和86個(gè)下調(diào)的miRNAs,其中,hsa-miR-4330、hsa-miR-217、hsa-miR-4671-3p、hsa-miR-2681-3p、hsa-miR-93-3p 是前 5 種最上調(diào)的,hsa-miR-4536-3p、hsa-miR-525-3p、hsa-miR-3975、hsa-miR-188-3p、hsa-miR-3684是前5種最下調(diào)的。而前五種最上調(diào)的miRNAs對(duì)應(yīng)312個(gè)潛在靶基因,前五種最下調(diào)的miRNAs對(duì)應(yīng)259個(gè)潛在靶基因,其中上調(diào)的miRNAs的靶基因在氧化應(yīng)激相關(guān)途徑上富集,例如HIF-1信號(hào)通路、p53信號(hào)通路、PI3K-Akt信號(hào)通路、FOXO信號(hào)通路、mTOR信號(hào)通路等。在PPI網(wǎng)絡(luò)中,具有較高節(jié)點(diǎn)數(shù)的前20個(gè)中心節(jié)點(diǎn)被識(shí)別為樞紐基因(hubgene)。上調(diào)的miRNA對(duì)應(yīng)的樞紐基因大多數(shù)參與氧化應(yīng)激過程。結(jié)論:miRNA的差異表達(dá)可以用于區(qū)分膿毒癥AKI與膿毒癥非AKI,上調(diào)的miRNA與線粒體氧化應(yīng)激和功能障礙的調(diào)節(jié)相關(guān),通過調(diào)節(jié)基因SIRT1、PTEN、FOX03等。其中has-miR-217可能參與氧化應(yīng)激,靶向has-miR-217可能為識(shí)別及治療膿毒癥AKI提供有效和有前途的方法。
【圖文】：

GSE67401數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化a.數(shù)據(jù)未標(biāo)準(zhǔn)化b，數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化

處理ＧＳＥ６７４０１數(shù)據(jù)后獲得ｍｉＲＮＡ陣列，使用ｌｉｍｍａ軟件包進(jìn)行了差異表達(dá)逡逑分析后獲得差異ｍｉＲＮＡ。該分析結(jié)果顯示總共１０１種ｍｉＲＮＡ在ＳＩＲＳ合并ＡＫＩ逡逑組與ＳＩＲＳ腎功能正常組顯著差異表達(dá)，圖２展示了這些差異ｍｉＲＮＡ的火山圖。逡逑３．邋７５＾邐！邐：逡逑３－邐Ｉ邐：逡逑？邐＊邐Ｉ邐Ｉ逡逑寫邐，‘，．丨邐ｉ逡逑＾邋２５－邐．：邐：逡逑＞■邐？？之：邐！逡逑Ｉ邐｜邐？逡逑＆邋？邋：：：，？！邋＞邋？？逡逑0邐？＇邋ｍ邐：逡逑…：：‘…二．：士邋卷：邐本：…，－一—逡逑。＋７：＿邋費(fèi)逡逑－４．邋６２邋－３．邋３４邋－２．邋０６邋－0．邋７８邋０．邋５邐１．邋７８邋３．邋０６逡逑ｌｏｇ２（ＦｏｌｄＣｈａｎｇｅ）逡逑圖２邋ＤＥ－ｍｉＲＮＡｓ火山圖。逡逑紅點(diǎn)和綠點(diǎn)分別代表ＳＩＲＳ急性腎損傷組較ＳＩＲＳ腎功能正常組上調(diào)及下調(diào)的差異逡逑ｍｉＲＮＡ逡逑與ＳＩＲＳ腎功能正常組相比，ＳＩＲＳ合并ＡＫＩ患者中有１５種ｍｉＲＮＡ顯著上調(diào)，逡逑８６種ｍｉＲＮＡ顯著下調(diào)。其中，表１展示了前十種最上調(diào)的ｍｉＲＮＡ和前十種最下逡逑調(diào)的邋ｍｉＲＮＡ。根據(jù)變化倍數(shù)（Ｆｏｌｄ邋ｃｈａｎｇｅ，邋ＦＣ），ｈｓａ－ｍｉＲ－４３３０，ｈｓａ－ｍｉＲ－２１７，，逡逑８逡逑
【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：R459.7

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本文編號(hào)：2646816