【摘要】：蛋白質(zhì)-多肽間相互作用是計算生物學(xué)中的熱門方向,對其結(jié)合的精確預(yù)測對于了解體內(nèi)復(fù)雜的信號通路以及蛋白質(zhì)功能,及進(jìn)一步進(jìn)行藥物設(shè)計有著至關(guān)重要的作用。蛋白質(zhì)-多肽對接方法能夠有效地模擬蛋白質(zhì)-多肽間相互作用,其對接性能直接決定模擬實驗的準(zhǔn)確性和成功與否。針對當(dāng)前主要的蛋白質(zhì)-多肽對接方法,綜合測試了其算法性能;同時將本實驗室開發(fā)的基于全信息粒子群算法的分子對接工具FIPSDock(Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock)延伸到蛋白質(zhì)-多肽對接領(lǐng)域,并評估其性能。利用標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)-多肽對接數(shù)據(jù)集(pepti DB)的21個測試?yán)?3個定制測試?yán)M(jìn)行性能測試,主要對比分析了各算法的成功率和對接精度。結(jié)果表明FIPSDock可用于蛋白質(zhì)-多肽對接,并相對于其他對接算法展示出優(yōu)異的性能。
[Abstract]:Protein-polypeptide interaction is a hot topic in computational biology. Accurate prediction of its binding is essential for understanding complex signaling pathways and protein functions in vivo and for further drug design. The protein-polypeptide docking method can simulate the protein-polypeptide interaction effectively, and its docking performance directly determines the accuracy and success of the simulation experiment. Aiming at the main protein-polypeptide docking methods, the performance of the algorithm is comprehensively tested, and the molecular docking tool FIPSDock (Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock) based on full information particle swarm optimization is extended to the protein-polypeptide docking field. And evaluate its performance. Using 21 test cases and 13 custom test cases of standard protein-polypeptide docking data set (pepti DB), the success rate and docking accuracy of each algorithm are compared and analyzed. The results show that FIPSDock can be used for protein-polypeptide docking, and shows excellent performance compared with other docking algorithms.
【作者單位】： 大連理工大學(xué)軟件學(xué)院;大連理工大學(xué)IT服務(wù)工程與管理研究所;大連理工大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金委員會與中國民用航空局聯(lián)合資助項目(No.U1233110) 中央高�；究蒲袠I(yè)務(wù)費(No.DUT13JR01)
【分類號】：Q811.4;TP18

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8 ;[J];;年期

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