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基于深度學習的抗HIV活性QSAR預測

發(fā)布時間:2018-01-12 20:25

  本文關鍵詞:基于深度學習的抗HIV活性QSAR預測 出處:《計算機工程與設計》2017年01期  論文類型:期刊論文


  更多相關文章: 抗HIV活性 深度信念網(wǎng)絡 非監(jiān)督 精度 預測


【摘要】:為提高抗HIV活性預測的精度,采用深度學習算法,提出一種基于深度信念網(wǎng)絡的抗HIV活性預測方法。利用BP神經(jīng)網(wǎng)絡任意精度逼近非線性函數(shù)的優(yōu)點,結合多個受限玻爾茲曼機(restricted Boltzmann machine,RBM)進行非監(jiān)督逐層貪婪模式訓練學習,建立深度信念網(wǎng)絡算法模型(deep belief network,DBN)。將抗HIV活性的高溫超導源數(shù)據(jù)(HTS raw data)、高溫超導抑制劑(HTS%inhibition(20μM))、最大測定信號釋放比率(mean max signal)等特征作為DBN模型的輸入,抗HIV平均活性值作為該模型的輸出,設計實驗對模型進行訓練及驗證,實驗結果表明,DBN模型對抗HIV活性的預測均方根誤差小,預測精度高,平均預測精度為93.82%,適用于抗HIV活性評估。
[Abstract]:In order to improve the accuracy of anti-#en0# activity prediction, the depth learning algorithm is used. In this paper, a prediction method of anti HIV activity based on deep belief network is proposed, which utilizes the advantage of BP neural network to approximate the nonlinear function with arbitrary precision. Combined with multiple restricted Boltzmann machines (RBMs), unsupervised greedy training is carried out. An algorithm model of deep belief network is established. The HTS raw data of anti HIV activity are analyzed. High temperature superconducting inhibitor (HTS inhibition 20 渭 m). The maximum signal release ratio (mean max signal) was used as the input of the DBN model, and the average activity value of anti-#en2# was taken as the output of the model. Experiments were designed to train and verify the model. The experimental results show that the root-mean-square error (RMS) of DDBN model against HIV activity is small, and the prediction accuracy is high, with an average prediction accuracy of 93.82%. It is suitable for the evaluation of anti-HIV activity.
【作者單位】: 新疆大學軟件學院;新疆大學網(wǎng)絡中心;
【基金】:國家自然科學基金項目(31160341) 新疆研究生科研創(chuàng)新基金項目(XJGRI2015034)
【分類號】:TP18
【正文快照】: 0引言對抗HIV(human immunodeficiency virus,HIV)活性定量構效關系(quantitative structure activity relation-ship,QSAR)進行活性預測,可以提高抗艾滋病藥物發(fā)現(xiàn)的效率并降低研發(fā)成本,對促進艾滋病藥物的設計有重要的意義。抗HIV活性與結構關系是一種復雜的多元、非線性關

【參考文獻】

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【共引文獻】

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【二級參考文獻】

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1 何紅秋;HIV-1整合酶活性檢測方法建立和應用研究[D];北京工業(yè)大學;2010年



本文編號:1415855

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