水稻PPI網(wǎng)絡(luò)中逆境響應(yīng)miRNA所靶向的基因拓?fù)涮卣鞣治?/H1>
發(fā)布時(shí)間：2017-08-23 01:36
本文關(guān)鍵詞：水稻PPI網(wǎng)絡(luò)中逆境響應(yīng)miRNA所靶向的基因拓?fù)涮卣鞣治?/strong>
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【摘要】：在植物基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中,大量的小分子miRNA基因已經(jīng)被證實(shí)能夠響應(yīng)和調(diào)控非生物逆境條件,如:干旱、高鹽和高溫等等。在蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中,對(duì)非生物逆境響應(yīng)miRNA(ASRmiRs)靶基因的拓?fù)鋵傩蕴剿?能夠有效地發(fā)掘植物非生物逆境響應(yīng)的分子調(diào)控機(jī)制。在本課題的研究過程中,選取了同時(shí)具有經(jīng)濟(jì)價(jià)值與食用價(jià)值的水稻(Oryza sativa)作為研究對(duì)象。首先,使用interolog原理構(gòu)建出水稻蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò),然后用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論去分析逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-miR-targets)的特有拓?fù)鋵傩�。論文的主要研究�(jī)?nèi)容及研究成果:(1)高質(zhì)量的水稻蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。先使用同源映射原理來預(yù)測(cè)水稻蛋白質(zhì)相互作用組,然后用共表達(dá)與共定位進(jìn)行質(zhì)量控制,最終獲得2975個(gè)水稻蛋白質(zhì)的22933項(xiàng)非冗余的蛋白質(zhì)相互作用組。對(duì)ASRmiRs的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè),將網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)分成兩大類:逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-miR-targets)與非逆境響應(yīng)miRNA靶基因(non-stress-miR-targets)。(2)提出了基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)涮卣髦捣治龇椒�。在水稻蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中,分別計(jì)算兩種類型基因的度、聚類系數(shù)、介數(shù)、拓?fù)湎禂?shù)、1N index、SDT和ADT的平均值,比較逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-miR-targets)與非逆境響應(yīng)miRNA靶基因(non-stress-miR-targets)的拓?fù)鋵傩�。結(jié)果發(fā)現(xiàn)逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-miR-targets)表現(xiàn)出特有的拓?fù)鋵傩?并且具有明顯的差異性。(3)提出了基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的k-core分解算法與蛋白質(zhì)相互作用概率分析方法。對(duì)兩種類型基因之間的相互作用概率進(jìn)行計(jì)算,同時(shí)對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行k-core分解,提取核心節(jié)點(diǎn)信息。結(jié)果表明逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-mi R-targets)更加傾向與非逆境響應(yīng)miRNA靶基因(non-stress-miR-targets)相互作用,并且逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-mi R-targets)一般處在網(wǎng)絡(luò)的外圍節(jié)點(diǎn)位置,不處在核心節(jié)點(diǎn)位置。研究結(jié)果表明兩種不同類型靶基因的拓?fù)鋵傩跃哂忻黠@差異性,揭示了水稻在非生物逆境響應(yīng)過程中,逆境響應(yīng)miRNA靶基因(stress-miR-targets)的特有調(diào)控作用機(jī)制。同時(shí)研究結(jié)果還提供有價(jià)值的線索,能夠闡明農(nóng)作物響應(yīng)非生物逆境的分子調(diào)控機(jī)制。
【關(guān)鍵詞】：水稻 非生物逆境 miRNA 靶基因 拓?fù)鋵傩苑治?/strong>
【學(xué)位授予單位】：安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：Q943.2;O157.5
【目錄】： - 摘要3-4
- Abstract4-8
- 1 緒論8-12
- 1.1 研究背景及研究意義8-9
- 1.2 研究?jī)?nèi)容及論文結(jié)構(gòu)9-12
- 1.2.1 研究?jī)?nèi)容9-10
- 1.2.2 論文結(jié)構(gòu)10-12
- 2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀12-17
- 2.1 植物miRNA非生物逆境響應(yīng)研究現(xiàn)狀12-13
- 2.2 植物中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)研究現(xiàn)狀13-14
- 2.3 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)研究現(xiàn)狀14-15
- 2.3.1 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的特性14-15
- 2.3.2 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用15
- 2.4 本章小結(jié)15-17
- 3 水稻蛋白質(zhì)相互作用組預(yù)測(cè)及PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建17-25
- 3.1 基于計(jì)算機(jī)模擬的蛋白質(zhì)間相互作用組的預(yù)測(cè)方法17-20
- 3.1.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)17
- 3.1.2 基于interolog原理的蛋白質(zhì)互作組預(yù)測(cè)方法17-19
- 3.1.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果19-20
- 3.2 融入非生物逆境相關(guān)miRNA的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建20-23
- 3.2.1 非生物逆境相關(guān)miRNA的收集20-21
- 3.2.2 非生物逆境miRNA的靶基因預(yù)測(cè)及PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建21-23
- 3.3 本章小結(jié)23-25
- 4 水稻PPI網(wǎng)絡(luò)中逆境miRNA靶基因的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)分析25-41
- 4.1 不同類型的蛋白質(zhì)相互作用概率計(jì)算方法25-29
- 4.1.1 相互作用概率的定義25-26
- 4.1.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析26-29
- 4.2 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的逆境miRNA靶向基因的特征屬性分析方法29-36
- 4.2.1 七種網(wǎng)絡(luò)測(cè)量值的定義29-32
- 4.2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析32-36
- 4.3 基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的k-core算法提取PPI網(wǎng)絡(luò)核心信息的方法36-38
- 4.3.1 k-core分解算法的定義36-37
- 4.3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析37-38
- 4.4 實(shí)例驗(yàn)證：水稻響應(yīng)寒冷逆境的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)制38-40
- 4.5 本章小結(jié)40-41
- 5 總結(jié)與展望41-44
- 5.1 工作總結(jié)41-43
- 5.2 工作展望43-44
- 參考文獻(xiàn)44-48
- 致謝48-49
- 個(gè)人簡(jiǎn)介49-50
- 在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文、成果及科研工作情況50-51
- 附錄A 圖索引51-52
- 附錄B 表索引52-53
- Appendix A Figure Index53-54
- Appendix B Table Index54
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本文編號(hào)：722286
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2 曾穎;楊敏;關(guān)焯梅;;奧美拉唑與其它PPI制劑治療GERD療效比較系統(tǒng)評(píng)價(jià)[A];共鑄醫(yī)藥學(xué)術(shù)新文明——2012年廣東省藥師周大會(huì)論文集[C];2012年
3 甘曉蘭;官亮;;PPI聯(lián)合胃三聯(lián)根除幽門螺桿菌治療功能性消化不良的療效觀察[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第七次全國消化病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編（上冊(cè)）[C];2007年
4 王志仁;譚云龍;楊甫德;陳松;楊貴剛;張五芳;王紹禮;周宇;李東;李英麗;周東豐;;重復(fù)經(jīng)顱磁刺激(rTMS)對(duì)精神分裂癥幻聽患者聽覺驚跳反射弱刺激抑制(PPI)的影響[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)精神病學(xué)分會(huì)第九次全國學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2011年
中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條
1 郭俊;新余隊(duì)全力夯實(shí)PPI聯(lián)網(wǎng)直報(bào)基礎(chǔ)[N];中國信息報(bào);2014年
2 本報(bào)記者 丁鑫;7月份經(jīng)濟(jì)數(shù)據(jù)透視：PPI負(fù)增長(zhǎng)局面將改變[N];證券日?qǐng)?bào);2014年
3 本報(bào)記者 傅蘇穎;三因素促生產(chǎn)資料上漲 PPI同比降幅將進(jìn)一步收窄[N];證券日?qǐng)?bào);2012年
4 本報(bào)記者 查理思閱 整理;出口走出低谷 PPI跌至深淵降準(zhǔn)降息是柄雙刃劍[N];華夏時(shí)報(bào);2012年
5 證券時(shí)報(bào)記者 許巖;PPI降幅繼續(xù)收窄 消費(fèi)增速創(chuàng)新低[N];證券時(shí)報(bào);2013年
6 叢榕;煤炭開采業(yè)PPI趕底 價(jià)格走勢(shì)至關(guān)重要[N];中國證券報(bào);2009年
7 記者 許晶盈 通訊員 區(qū)敏麗;上半年湛江PPI下降0.9%[N];湛江日?qǐng)?bào);2013年
8 周樹遠(yuǎn);PPI一路飛揚(yáng) “后奧運(yùn)”汽車業(yè)“漲”字當(dāng)頭[N];中國經(jīng)營(yíng)報(bào);2008年
9 華泰證券研究所 周林;PPI數(shù)據(jù)平添股市“秋涼”[N];中國證券報(bào);2008年
10 記者 潘清;PPI數(shù)據(jù)影響有限滬深股市溫和反彈[N];新華每日電訊;2008年
中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前6條
1 牛強(qiáng);氯吡格雷聯(lián)用PPI對(duì)冠心病人群主要心血管不良事件影響的薈萃分析[D];山東大學(xué);2016年
2 應(yīng)超;在PPI網(wǎng)絡(luò)中識(shí)別蛋白質(zhì)復(fù)合物[D];陜西師范大學(xué);2016年
3 宣紅東;水稻PPI網(wǎng)絡(luò)中逆境響應(yīng)miRNA所靶向的基因拓?fù)涮卣鞣治鯷D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年
4 伍旭;PPI：當(dāng)前我國通貨膨脹的先行指標(biāo)[D];暨南大學(xué);2008年
5 王大光;甘寒濡潤(rùn)法結(jié)合PPI治療GERD胃火陰虛證臨床觀察[D];南京中醫(yī)藥大學(xué);2007年
6 韓亞;基于正中神經(jīng)傳導(dǎo)速度觀察電針內(nèi)關(guān)穴抗家兔PPI誘導(dǎo)心肌缺血的實(shí)驗(yàn)研究[D];黑龍江中醫(yī)藥大學(xué);2014年
，本文編號(hào)：722286
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