發(fā)布時間：2024-01-29 18:55

　　目的篩選結膜吸吮線蟲基因組注釋數據,鑒定海藻糖酶基因,并研究其編碼蛋白的生物學特性。方法基于結膜吸吮線蟲基因組篩選出海藻糖酶基因并進行PCR驗證,通過生物信息學方法分析該基因編碼蛋白的結構特征,包括疏水區(qū)、跨膜區(qū)、信號肽及結構域,以及編碼蛋白質的二級、三級結構及其抗原表位。對其編碼的氨基酸序列進行同源比對,利用MEGA X軟件構建系統(tǒng)發(fā)育樹,通過STRING數據庫對其蛋白互作網絡進行預測。結果從結膜吸吮線蟲基因組中篩選鑒定出1條具有完整編碼區(qū)的海藻糖酶基因序列,其長度為1 638 bp,編碼545個氨基酸;預測其編碼蛋白大小為63 478.48 ku,為分泌蛋白;其5′區(qū)域包含一個信號肽,無跨膜區(qū),推測具有7個抗原表位。以STRING數據庫中線蟲蛋白互作網絡信息為參考,對結膜吸吮線蟲海藻糖酶基因的蛋白質互作網絡進行預測,共鑒定出包括10個基因在內的27個互作關系。結論從結膜吸吮線蟲基因組中篩選出1條海藻糖酶基因并對其編碼蛋白進行了生物信息學分析,從而為該蛋白的生物學功能研究及結膜吸吮線蟲病疫苗候選分子篩選奠定了基礎。

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圖1候選結膜吸吮線蟲基因的PCR電泳驗證

圖2結膜吸吮線蟲海藻糖酶親水性分析

圖3結膜吸吮線蟲海藻糖酶跨膜區(qū)分析

圖4結膜吸吮線蟲海藻糖酶信號肽預測

本文編號：3888657