目的篩選結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)基因組注釋數(shù)據(jù),鑒定海藻糖酶基因,并研究其編碼蛋白的生物學(xué)特性。方法基于結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)基因組篩選出海藻糖酶基因并進(jìn)行PCR驗(yàn)證,通過(guò)生物信息學(xué)方法分析該基因編碼蛋白的結(jié)構(gòu)特征,包括疏水區(qū)、跨膜區(qū)、信號(hào)肽及結(jié)構(gòu)域,以及編碼蛋白質(zhì)的二級(jí)、三級(jí)結(jié)構(gòu)及其抗原表位。對(duì)其編碼的氨基酸序列進(jìn)行同源比對(duì),利用MEGA X軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),通過(guò)STRING數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)其蛋白互作網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行預(yù)測(cè)。結(jié)果從結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)基因組中篩選鑒定出1條具有完整編碼區(qū)的海藻糖酶基因序列,其長(zhǎng)度為1 638 bp,編碼545個(gè)氨基酸;預(yù)測(cè)其編碼蛋白大小為63 478.48 ku,為分泌蛋白;其5′區(qū)域包含一個(gè)信號(hào)肽,無(wú)跨膜區(qū),推測(cè)具有7個(gè)抗原表位。以STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中線蟲(chóng)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)信息為參考,對(duì)結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)海藻糖酶基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行預(yù)測(cè),共鑒定出包括10個(gè)基因在內(nèi)的27個(gè)互作關(guān)系。結(jié)論從結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)基因組中篩選出1條海藻糖酶基因并對(duì)其編碼蛋白進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,從而為該蛋白的生物學(xué)功能研究及結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)病疫苗候選分子篩選奠定了基礎(chǔ)。

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圖1候選結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)基因的PCR電泳驗(yàn)證

圖2結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)海藻糖酶親水性分析

圖3結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)海藻糖酶跨膜區(qū)分析

圖4結(jié)膜吸吮線蟲(chóng)海藻糖酶信號(hào)肽預(yù)測(cè)

本文編號(hào)：3888657