在自然界中,微生物無(wú)處不在。這些微生物尤其是細(xì)菌寄生于人體,通過(guò)相互作用調(diào)節(jié)機(jī)體平衡,影響人體的新陳代謝。近幾年來(lái),有關(guān)微生物的研究數(shù)據(jù),隨著實(shí)驗(yàn)條件與技術(shù)水平的迅猛發(fā)展而快速擴(kuò)增,這些數(shù)據(jù)的積累催生出基因組序列分析、生物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、生物醫(yī)學(xué)文本挖掘等計(jì)算方法,用以探究海量的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)中的潛在知識(shí)。本文主要針對(duì)細(xì)菌-疾病關(guān)聯(lián)提取的問(wèn)題,通過(guò)實(shí)體識(shí)別、關(guān)系抽取、知識(shí)庫(kù)構(gòu)建、關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)等方法,從生物醫(yī)學(xué)文本挖掘的角度開(kāi)展微生物與人體健康的研究。本文的主要工作研究如下:(1)提出了基于維基百科的細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)挖掘方法。已有研究通過(guò)文獻(xiàn)檢索和提取構(gòu)建了細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫(kù),但是沒(méi)有用到全球最大的公共知識(shí)平臺(tái)維基百科。維基百科里面蘊(yùn)含了豐富的細(xì)菌與疾病實(shí)體之間的關(guān)聯(lián),從而可能成為文獻(xiàn)挖掘的較好補(bǔ)充。針對(duì)該問(wèn)題,本文利用文本挖掘工具Kindred,從維基百科正文中獲取了細(xì)菌與疾病的交互作用。這項(xiàng)工作將已有的細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫(kù)擴(kuò)充了約16%,證明了通過(guò)維基百科的文本挖掘方法是文獻(xiàn)挖掘方法的有力補(bǔ)充。(2)開(kāi)發(fā)了一個(gè)基于Django的細(xì)菌與疾病交互可視化平臺(tái)�，F(xiàn)有的細(xì)菌與疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù),僅僅考慮了簡(jiǎn)...

【文章頁(yè)數(shù)】：63 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)文獻(xiàn)發(fā)表數(shù)量與發(fā)表年份關(guān)系示意圖??除此之外，一些公共資源平臺(tái)例如維基百科、百度百科等也蘊(yùn)含著豐富的挖掘??價(jià)值

碩士學(xué)位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ?????例如季節(jié)改變導(dǎo)致的溫度、濕度的變化對(duì)微生物區(qū)的組成有較大的影響，吸煙、熬??夜等生活習(xí)慣也會(huì)改變腸道微生物菌群。??生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的知識(shí)紛繁復(fù)雜卻又彼此緊密相連，近幾年來(lái)，與細(xì)菌和疾病相??關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)研宄迅速增長(zhǎng)，如圖１．１所....

圖１．２本文研究流程示意圖??第三章，詳細(xì)介紹細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)挖掘研宄過(guò)程，主要介紹細(xì)菌與疾病的命名??

碩士學(xué)位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??下來(lái)則按照?qǐng)D１．２的流程，以此介紹細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)知識(shí)庫(kù)的研宄。??????ｊ?ｆ?；??Ｊ?第三章基于維基百科的細(xì)菌與疾病關(guān)聯(lián)挖掘?｜第四章融合多｜第五章基于細(xì)！??Ｊ?Ｉ源信息的細(xì)菌Ｉ菌與疾病知識(shí)＊??；?丨與疾病關(guān)聯(lián)可丨庫(kù)的表....

圖２．１微生物可能在人體的不同部位致病示意圖??大腸桿菌存在于人的腸道中，并發(fā)揮著重要的功能

／ｊｉｍ＼碩士學(xué)位論文??ｖＭ＾Ｗｌｊ?ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??（２）細(xì)菌與疾病交互??數(shù)以萬(wàn)億計(jì)的微生物棲息在人體內(nèi)，通過(guò)代謝活動(dòng)和宿主間的相互作用，影響??正常的生理機(jī)能。腸道微生物會(huì)自我調(diào)節(jié)以適應(yīng)人體各個(gè)階段的變化，但是如果微??生物失調(diào)就會(huì)導(dǎo)致人體的心理或生理出....

圖３．〗數(shù)據(jù)預(yù)處理流程示意圖??上述流程圖詳細(xì)的介紹了本節(jié)在數(shù)據(jù)預(yù)處理過(guò)程中的具體流程，以及從預(yù)處理??

過(guò)一系列的數(shù)據(jù)預(yù)處理步驟。??，?、、?／?７＼??原始數(shù)據(jù)?Ｗｉｋｉｄａｔａ數(shù)據(jù)庫(kù)；???細(xì)菌名稱(chēng)及同義詞４??ＮＣＢＩ數(shù)據(jù)庫(kù)??．具．?丨＾——Ｊ??ＳＰＡＲＱＬ?hào)嗽?xún)??維基百科數(shù)據(jù)庫(kù)：??＇－］－－－：Ｖ?一「．：??：細(xì)菌詞條編號(hào)??Ｉ?；—－—丨??．??Ｄｕｍｐｓ轉(zhuǎn)儲(chǔ)....

本文編號(hào)：3931412