在自然界中,微生物無處不在。這些微生物尤其是細菌寄生于人體,通過相互作用調(diào)節(jié)機體平衡,影響人體的新陳代謝。近幾年來,有關(guān)微生物的研究數(shù)據(jù),隨著實驗條件與技術(shù)水平的迅猛發(fā)展而快速擴增,這些數(shù)據(jù)的積累催生出基因組序列分析、生物網(wǎng)絡構(gòu)建、生物醫(yī)學文本挖掘等計算方法,用以探究海量的生物醫(yī)學數(shù)據(jù)中的潛在知識。本文主要針對細菌-疾病關(guān)聯(lián)提取的問題,通過實體識別、關(guān)系抽取、知識庫構(gòu)建、關(guān)聯(lián)預測等方法,從生物醫(yī)學文本挖掘的角度開展微生物與人體健康的研究。本文的主要工作研究如下:(1)提出了基于維基百科的細菌與疾病關(guān)聯(lián)挖掘方法。已有研究通過文獻檢索和提取構(gòu)建了細菌與疾病關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫,但是沒有用到全球最大的公共知識平臺維基百科。維基百科里面蘊含了豐富的細菌與疾病實體之間的關(guān)聯(lián),從而可能成為文獻挖掘的較好補充。針對該問題,本文利用文本挖掘工具Kindred,從維基百科正文中獲取了細菌與疾病的交互作用。這項工作將已有的細菌與疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫擴充了約16%,證明了通過維基百科的文本挖掘方法是文獻挖掘方法的有力補充。(2)開發(fā)了一個基于Django的細菌與疾病交互可視化平臺。現(xiàn)有的細菌與疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫,僅僅考慮了簡...

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１細菌與疾病關(guān)聯(lián)文獻發(fā)表數(shù)量與發(fā)表年份關(guān)系示意圖??除此之外，一些公共資源平臺例如維基百科、百度百科等也蘊含著豐富的挖掘??價值

碩士學位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ?????例如季節(jié)改變導致的溫度、濕度的變化對微生物區(qū)的組成有較大的影響，吸煙、熬??夜等生活習慣也會改變腸道微生物菌群。??生物醫(yī)學領域的知識紛繁復雜卻又彼此緊密相連，近幾年來，與細菌和疾病相??關(guān)的數(shù)據(jù)庫研宄迅速增長，如圖１．１所....

圖１．２本文研究流程示意圖??第三章，詳細介紹細菌與疾病關(guān)聯(lián)挖掘研宄過程，主要介紹細菌與疾病的命名??

碩士學位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??下來則按照圖１．２的流程，以此介紹細菌與疾病關(guān)聯(lián)知識庫的研宄。??????ｊ?ｆ?；??Ｊ?第三章基于維基百科的細菌與疾病關(guān)聯(lián)挖掘?｜第四章融合多｜第五章基于細！??Ｊ?Ｉ源信息的細菌Ｉ菌與疾病知識＊??；?丨與疾病關(guān)聯(lián)可丨庫的表....

圖２．１微生物可能在人體的不同部位致病示意圖??大腸桿菌存在于人的腸道中，并發(fā)揮著重要的功能

／ｊｉｍ＼碩士學位論文??ｖＭ＾Ｗｌｊ?ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??（２）細菌與疾病交互??數(shù)以萬億計的微生物棲息在人體內(nèi)，通過代謝活動和宿主間的相互作用，影響??正常的生理機能。腸道微生物會自我調(diào)節(jié)以適應人體各個階段的變化，但是如果微??生物失調(diào)就會導致人體的心理或生理出....

圖３．〗數(shù)據(jù)預處理流程示意圖??上述流程圖詳細的介紹了本節(jié)在數(shù)據(jù)預處理過程中的具體流程，以及從預處理??

過一系列的數(shù)據(jù)預處理步驟。??，?、、?／?７＼??原始數(shù)據(jù)?Ｗｉｋｉｄａｔａ數(shù)據(jù)庫；???細菌名稱及同義詞４??ＮＣＢＩ數(shù)據(jù)庫??．具．?丨＾——Ｊ??ＳＰＡＲＱＬ査詢??維基百科數(shù)據(jù)庫：??＇－］－－－：Ｖ?一「．：??：細菌詞條編號??Ｉ?；—－—丨??．??Ｄｕｍｐｓ轉(zhuǎn)儲....

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