發(fā)布時間：2023-11-04 12:56

　　高通量測序技術(shù)的成熟和普及使得基因測序數(shù)據(jù)海量產(chǎn)生,如何從這些數(shù)據(jù)中挖掘出充分的信息是生物信息學(xué)的熱點(diǎn)和難點(diǎn)。生物信息學(xué)中,基因變異間的相互作用一直是全基因組關(guān)聯(lián)分析的難點(diǎn),其相關(guān)研究成果也必將會對人類社會帶來沖擊。對基因變異間的因果關(guān)系進(jìn)行研究是合理應(yīng)用相關(guān)科研成果和做好相關(guān)問題防范所不可或缺的一環(huán)。關(guān)于基因變異間的相互作用的研究,目前多數(shù)是在相關(guān)關(guān)系的層面進(jìn)行的,容易引入假陽性。本文則從因果關(guān)系的角度切入,基于WTCCC(Wellcome Trust Case Control Consortium)的數(shù)據(jù),分別從基因粒度和SNP(Single Nucleotide Polymorphism,簡記為SNP)粒度的數(shù)據(jù)設(shè)計因果關(guān)系發(fā)現(xiàn)算法,提出了基因變異間的因果關(guān)系發(fā)現(xiàn)算法和非對稱因果關(guān)聯(lián)規(guī)則發(fā)現(xiàn)算法,展開了基因變異間的因果關(guān)系發(fā)現(xiàn)問題的研究。通過構(gòu)建因果網(wǎng)絡(luò)來描述基因變異間的因果關(guān)系,檢測出兩種粒度的數(shù)據(jù)中所隱含的有向結(jié)構(gòu)關(guān)系,該方法發(fā)現(xiàn)了數(shù)據(jù)之間的有向結(jié)構(gòu),其不對稱性揭示了基因變異間的因果關(guān)系。在基因變異間的因果關(guān)系發(fā)現(xiàn)算法中,根據(jù)一個基因包含了多個SNPs位點(diǎn)的實(shí)際情況,對WTC...

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 研究背景及意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.3 本文主要工作
    1.4 論文組織框架
第二章 相關(guān)理論和技術(shù)原理
    2.1 因果性和相關(guān)性
    2.2 因果網(wǎng)絡(luò)中的獨(dú)立性和相關(guān)性
        2.2.1 因果網(wǎng)絡(luò)
        2.2.2 獨(dú)立性與不相關(guān)性
        2.2.3 獨(dú)立性的圖表示
        2.2.4 G²檢驗(yàn)
    2.3 關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘
    2.4 基因變異、SNP和信號通路
    2.5 本章小結(jié)
第三章 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
    3.1 數(shù)據(jù)背景
    3.2 數(shù)據(jù)提取與劃分
    3.3 基因與SNPs
    3.4 本章小結(jié)
第四章 基因變異間的因果關(guān)系發(fā)現(xiàn)算法及實(shí)驗(yàn)
    4.1 研究動機(jī)及問題描述
    4.2 算法原理及流程
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    4.4 本章小結(jié)
第五章 非對稱因果關(guān)聯(lián)規(guī)則發(fā)現(xiàn)算法及實(shí)驗(yàn)
    5.1 研究動機(jī)及問題描述
    5.2 算法原理及流程
        5.2.1 SNPs的 V-Structure
        5.2.2 度量指標(biāo)VSM
        5.2.3 算法流程
    5.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
        5.3.1 模擬數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)
        5.3.2 真實(shí)數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)
    5.4 本章小結(jié)
總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的論文
致謝



本文編號：3860349