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基于應(yīng)用運行特征的圖數(shù)據(jù)布局與訪問優(yōu)化研究

發(fā)布時間:2020-05-31 09:51
【摘要】:圖是一種很重要的非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù),可以用于建模現(xiàn)實世界中的各種問題,被廣泛應(yīng)用到交通運輸、金融、社交網(wǎng)絡(luò)等重要領(lǐng)域。但由于圖計算過程中嚴重的結(jié)構(gòu)依賴性,導(dǎo)致應(yīng)用執(zhí)行時內(nèi)存隨機訪問嚴重,內(nèi)存帶寬成為限制圖計算系統(tǒng)性能的重要因素。并且不同類型圖算法的內(nèi)存訪問特征差異明顯,單一的內(nèi)存圖數(shù)據(jù)組織不足以應(yīng)對各種圖算法多樣化的內(nèi)存訪問需求。針對上述問題,分析了常見圖算法的動態(tài)運行特征和內(nèi)存數(shù)據(jù)訪問特點,將圖算法分為遍歷式和迭代式兩類,研究不同運行特征下的高效的圖數(shù)據(jù)組織策略。對于遍歷式圖算法,通過分析其運行過程,發(fā)現(xiàn)同一個頂點和不同鄰居節(jié)點之間存在關(guān)聯(lián)度的大小差異,對鄰居節(jié)點的訪問順序是影響算法運行過程中緩存命中率的重要因素。基于此提出了基于關(guān)聯(lián)度的圖頂點重映射算法GDL-VC,并采用滑動窗口模型SW實現(xiàn)了內(nèi)存圖數(shù)據(jù)的合理布局。該布局結(jié)果能夠體現(xiàn)出圖的結(jié)構(gòu)特性,使相關(guān)聯(lián)的頂點ID分布呈現(xiàn)局部有序,減少圖算法運行過程中的內(nèi)存隨機訪問。對于迭代式圖算法,通過分析其算法收斂特性,發(fā)現(xiàn)圖結(jié)構(gòu)中“超級頂點”長時間不能達到收斂狀態(tài)而造成了迭代式圖應(yīng)用的長尾現(xiàn)象。針對于此,提出了基于影響力的圖頂點重映射算法GDL-DR,該布局算法根據(jù)頂點的影響力(頂點度)完成圖數(shù)據(jù)的布局。這樣在圖算法迭代后期,活躍頂點集執(zhí)行狀態(tài)更新時,與之相關(guān)聯(lián)的鄰居節(jié)點緊湊分布,可以減少內(nèi)存隨機訪問,使頂點更快的達到收斂狀態(tài),縮短應(yīng)用執(zhí)行時間。測試結(jié)果表明:GDL-VC布局算法能夠給遍歷式圖應(yīng)用(連通分量、單源點最短路徑)帶來25.4%、27.5%的平均內(nèi)存訪問效率提升,部分數(shù)據(jù)集超過50%;GDL-DR布局算法能夠給迭代式圖應(yīng)用(網(wǎng)頁排名、標簽傳播)帶來23.9%、17.1%的平均內(nèi)存訪問效率提升,最大提升百分比為42.9%。對于GraphChi測試平臺,兩種布局算法帶來的系統(tǒng)加速比均達到1.5×以上,部分圖數(shù)據(jù)超過2×;Cache命中率提高到90%以上。
【圖文】:

曲線,圖應(yīng)用,頂點,比例變化


圖 1.4 典型圖應(yīng)用活躍頂點比例變化曲線可以看出,對于 BFS 遍歷式圖算法,其按照順序?qū)哟伪闅v圖結(jié)構(gòu),前期活例逐漸增大,隨著大多數(shù)頂點都被訪問,后續(xù)活躍頂點比例下降;但是整個過程活躍頂點比例整體上都維持在一個比較低的水平。而對于 PageRank 迭法,初始時由于所有頂點都要執(zhí)行更新,因此活躍頂點比例很高;但是經(jīng)過

社區(qū)結(jié)構(gòu)


圖 1.6 圖社區(qū)結(jié)構(gòu)在對圖數(shù)據(jù)重新布局的時候,如果能夠預(yù)先準確的檢測出圖社一個社區(qū)單獨執(zhí)行頂點重映射。這樣在分布式環(huán)境下,能夠大大減量,,保持系統(tǒng)復(fù)雜均衡;而在單機環(huán)境下,亦可以保證內(nèi)存中頂點體上呈現(xiàn)局部有序性。當(dāng)前存在眾多的圖社區(qū)檢測算法,如 M
【學(xué)位授予單位】:華中科技大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:TP311.12

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