本文關(guān)鍵詞：GROMACS軟件并行計(jì)算性能分析

  更多相關(guān)文章： 分子動(dòng)力學(xué)模擬 GROMACS 并行計(jì)算

【摘要】：分子動(dòng)力學(xué)模擬是對(duì)微觀分子原子體系在時(shí)間與空間上的運(yùn)動(dòng)模擬,是從微觀本質(zhì)上認(rèn)識(shí)體系宏觀性質(zhì)的有力方法.針對(duì)如何提升分子動(dòng)力學(xué)并行模擬性能的問題,本文以著名軟件GROMACS為例,分析其在分子動(dòng)力學(xué)模擬并行計(jì)算方面的實(shí)現(xiàn)策略,結(jié)合分子動(dòng)力學(xué)模擬關(guān)鍵原理與測(cè)試實(shí)例,提出MPI+Open MP并行環(huán)境下計(jì)算性能的優(yōu)化策略,為并行計(jì)算環(huán)境下實(shí)現(xiàn)分子動(dòng)力學(xué)模擬的最優(yōu)化計(jì)算性能提供理論和實(shí)踐參考.對(duì)GPU異構(gòu)并行環(huán)境下如何進(jìn)行MPI、Open MP、GPU搭配選擇以達(dá)到性能最優(yōu),本文亦給出了一定的理論和實(shí)例參考.
【作者單位】： 中國(guó)科學(xué)院計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息中心超級(jí)計(jì)算中心;
【關(guān)鍵詞】： 分子動(dòng)力學(xué)模擬 GROMACS 并行計(jì)算
【基金】：中國(guó)科學(xué)院青年創(chuàng)新促進(jìn)會(huì)(2016156) “一三五”規(guī)劃重點(diǎn)培育方向?qū)ｍ?xiàng)項(xiàng)目(CNIC_PY_1404)
【分類號(hào)】：O313;TP319
【正文快照】： 2013年的諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)授予了Martin Karplus、Michael Levitt和Arieh Warshel三位理論化學(xué)家,以肯定他們?cè)凇伴_發(fā)多尺度復(fù)雜化學(xué)系統(tǒng)模型”方面所做的貢獻(xiàn).他們發(fā)展了大量分子動(dòng)力學(xué)(MD:MolecularDynamic)模擬基本理論和計(jì)算方法,實(shí)現(xiàn)了更好地通過微觀相互作用研究體系的宏觀

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 胡霞;;并行計(jì)算如何用于科學(xué)問題研究[J];科技資訊;2009年27期

2 李人憲,楊忠超;流場(chǎng)有限元分析的并行計(jì)算[J];應(yīng)用力學(xué)學(xué)報(bào);2002年02期

3 王琥,李光耀,鐘志華;有限元并行計(jì)算中網(wǎng)格自動(dòng)分區(qū)的優(yōu)化[J];工程力學(xué);2005年S1期

4 鄭敏娟;賀炎;;未來的并行計(jì)算[J];中國(guó)科技信息;2007年12期

5 張軍;譚俊杰;任登鳳;;二維含動(dòng)邊界流場(chǎng)的并行計(jì)算[J];河海大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2007年04期

6 曹偉;;并行計(jì)算基礎(chǔ)和實(shí)際應(yīng)用[J];遼寧師專學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2008年03期

7 陳國(guó)良;孫廣中;徐云;龍柏;;并行計(jì)算的一體化研究現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢(shì)[J];科學(xué)通報(bào);2009年08期

8 王琳;魯晶晶;殷克功;;關(guān)于并行計(jì)算在軟件發(fā)展下的研究分析[J];科技信息;2009年14期

9 劉俊莉;王楚斌;林曉銳;司徒祝坤;;并行計(jì)算實(shí)驗(yàn)平臺(tái)的研究與實(shí)現(xiàn)[J];科技信息;2009年22期

10 潘沙;范曉檣;李曉宇;丁國(guó)昊;馮定華;李樺;;并行計(jì)算在高超聲速流場(chǎng)數(shù)值模擬中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)工程與科學(xué);2009年S1期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 黃宇光;;整體同步并行計(jì)算方法的現(xiàn)狀與發(fā)展[A];信息科學(xué)與微電子技術(shù):中國(guó)科協(xié)第三屆青年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];1998年

2 羅文彩;陳小前;;并行計(jì)算的多方法優(yōu)化協(xié)作[A];第二十四屆中國(guó)控制會(huì)議論文集（上冊(cè)）[C];2005年

3 左風(fēng)麗;莫?jiǎng)t堯;葉文華;;計(jì)算流體三維分裂格式的高效并行計(jì)算[A];中國(guó)工程物理研究院科技年報(bào)（2003）[C];2003年

4 王欣;李志山;張志遠(yuǎn);;并行計(jì)算在彈塑性時(shí)程分析中的應(yīng)用[A];信息化推動(dòng)工程建設(shè)工業(yè)化——第四屆工程建設(shè)計(jì)算機(jī)應(yīng)用創(chuàng)新論壇論文集[C];2013年

5 張理濤;黃廷祝;谷同祥;左憲禹;;一種適合于分布式并行計(jì)算改進(jìn)的平方共軛殘差法[A];2008年全國(guó)開放式分布與并行計(jì)算機(jī)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集(下冊(cè))[C];2008年

6 胡金初;;并行計(jì)算中的任務(wù)分配算法[A];2005年全國(guó)理論計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2005年

7 宋庭新;李慧;;面向服務(wù)的有限元并行計(jì)算網(wǎng)格系統(tǒng)設(shè)計(jì)[A];湖北省機(jī)械工程學(xué)會(huì)設(shè)計(jì)與傳動(dòng)學(xué)會(huì)、武漢機(jī)械設(shè)計(jì)與傳動(dòng)學(xué)會(huì)2008年學(xué)術(shù)年會(huì)論文集（2）[C];2008年

8 裘懿勇;徐斌;劉曉明;;并行計(jì)算作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的架構(gòu)及應(yīng)用[A];第十四屆中國(guó)科協(xié)年會(huì)第5分會(huì)場(chǎng)：綠色船舶與海洋裝備創(chuàng)新發(fā)展及產(chǎn)業(yè)化論壇論文集[C];2012年

9 裘懿勇;徐斌;劉曉明;;并行計(jì)算作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的架構(gòu)及應(yīng)用[A];2012年MIS/S&A學(xué)術(shù)交流會(huì)議論文集[C];2012年

10 肖保國(guó);楊順華;邢建文;趙慧勇;;當(dāng)?shù)刈赃m應(yīng)建表方法在煤油超燃發(fā)動(dòng)機(jī)并行計(jì)算中的應(yīng)用[A];第十四屆全國(guó)激波與激波管學(xué)術(shù)會(huì)議論文集（下冊(cè)）[C];2010年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 軼嘉;英特爾全球首個(gè)并行計(jì)算中心落戶無錫[N];人民郵電;2009年

2 曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司研發(fā)中心 溫鑫;并行計(jì)算任重道遠(yuǎn)[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2007年

3 英特爾并行計(jì)算實(shí)驗(yàn)室研究員 TimothyMattson;并行計(jì)算:減少串行軟件[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2007年

4 曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司研發(fā)中心 溫鑫;并行計(jì)算軟件開發(fā)概述[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2007年

5 劉霞;計(jì)算能力的提升需要一場(chǎng)革命[N];科技日?qǐng)?bào);2010年

6 安世亞太 雷先華;ANSYS高性能并行計(jì)算[N];中國(guó)航空?qǐng)?bào);2005年

7 張?jiān)迫?并行計(jì)算：迎接多核時(shí)代的挑戰(zhàn)[N];計(jì)算機(jī)世界;2006年

8 本報(bào)記者 馬文方;英特爾為何要牽頭并行計(jì)算[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2009年

9 英特爾 趙軍(Jun Zhao);PC機(jī)并行計(jì)算革命尚未成功[N];中國(guó)計(jì)算機(jī)報(bào);2009年

10 ;Linux下的網(wǎng)絡(luò)并行計(jì)算[N];計(jì)算機(jī)世界;2000年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 張雨新;改進(jìn)的MPS方法及其三維并行計(jì)算研究[D];上海交通大學(xué);2014年

2 李維山;面向領(lǐng)域應(yīng)用的空間域和頻域分解模式并行計(jì)算[D];吉林大學(xué);2016年

3 孫安香;數(shù)值氣象預(yù)報(bào)變分同化的伴隨模式并行計(jì)算[D];中國(guó)人民解放軍國(guó)防科學(xué)技術(shù)大學(xué);2002年

4 張理論;面向氣象預(yù)報(bào)數(shù)值模式的高效并行計(jì)算研究[D];中國(guó)人民解放軍國(guó)防科學(xué)技術(shù)大學(xué);2002年

5 龍柏;并行計(jì)算平臺(tái)上的數(shù)據(jù)索引技術(shù)研究[D];中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué);2011年

6 管建和;電磁場(chǎng)有限元法解釋分布式并行計(jì)算的研究[D];中國(guó)地質(zhì)大學(xué)（北京）;2006年

7 劉耀儒;三維有限元并行計(jì)算及其在水利工程中的應(yīng)用[D];清華大學(xué);2003年

8 金晶;并行計(jì)算普適編程模型及系統(tǒng)架構(gòu)研究[D];北京郵電大學(xué);2012年

9 盛艷秀;多核異構(gòu)環(huán)境下通用并行計(jì)算框架關(guān)鍵技術(shù)研究[D];中國(guó)海洋大學(xué);2013年

10 張帆;過程系統(tǒng)優(yōu)化的分布式并行計(jì)算[D];浙江大學(xué);2002年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 張康宇;基于ASAR近海風(fēng)場(chǎng)反演方法研究[D];浙江大學(xué);2015年

2 胡榮華;并行計(jì)算在臨近天氣預(yù)報(bào)系統(tǒng)中的應(yīng)用研究[D];華南理工大學(xué);2015年

3 嚴(yán)善楷;異構(gòu)系統(tǒng)中并行計(jì)算的動(dòng)態(tài)負(fù)載均衡技術(shù)研究[D];華南理工大學(xué);2015年

4 陳磊;基于監(jiān)控信號(hào)的多信息提取識(shí)別的并行計(jì)算方法[D];南京理工大學(xué);2015年

5 焦弘杰;CPU-GPU異構(gòu)并行計(jì)算體系的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D];江蘇科技大學(xué);2015年

6 陳從江;基于面向云服務(wù)的Python并行計(jì)算的研究[D];電子科技大學(xué);2014年

7 唐吉卓;基于GPU平臺(tái)的SVD并行計(jì)算研究與實(shí)現(xiàn)[D];電子科技大學(xué);2014年

8 吳頎;GPU并行計(jì)算及其在飛行器設(shè)計(jì)中的應(yīng)用[D];北京理工大學(xué);2015年

9 李保安;基于液態(tài)食品冷凍濃縮冰晶生長(zhǎng)機(jī)制并行計(jì)算[D];電子科技大學(xué);2013年

10 鐘承群;基于CPU/GPU異構(gòu)并行計(jì)算的OTN仿真驗(yàn)證系統(tǒng)的研究與實(shí)現(xiàn)[D];電子科技大學(xué);2015年

，

本文編號(hào)：1108598