[Co(phen) 2 hpip] 3+ 與DNA的相互作用及C 2 Al 4 異構(gòu)體間動(dòng)力學(xué)轉(zhuǎn)變過(guò)程的理論研究
發(fā)布時(shí)間:2021-01-26 11:01
本論文主要分為兩個(gè)部分。第一部分里是在研究生期間通過(guò)分子力學(xué)模擬的方法計(jì)算了[Co(phen)2hpip]3+與正常及剪式錯(cuò)配序列DNA的相互作用。第二部分則研究了C2A14異構(gòu)體間動(dòng)力學(xué)轉(zhuǎn)變過(guò)程的一些理論研究。在第一部分工作里,我們?cè)诒菊n題組以前工作的基礎(chǔ)上,研究錯(cuò)配DNA的識(shí)別和修復(fù)問(wèn)題,通過(guò)研究具有[M(phen)2L]n+形式的配合物插入并堆積到DNA雙螺旋堿基對(duì)中,識(shí)別和修復(fù)錯(cuò)配DNA。本文重點(diǎn)研究了含Co配合物,配體為hpip在水溶液中與正常及錯(cuò)配DNA的相互作用和修復(fù)機(jī)理。本課題組之前已經(jīng)就[Co(phen)2hpip]3+結(jié)構(gòu)Ⅰ和結(jié)構(gòu)Ⅱ型配合物在真空中、以及結(jié)構(gòu)Ⅱ型在水溶液環(huán)境中與正常及錯(cuò)配DNA相互作用進(jìn)行過(guò)研究和報(bào)道。本文中則主要計(jì)算結(jié)構(gòu)Ⅰ型[Co(phen)2hpip]3+配合物在水溶液環(huán)境中與正常及錯(cuò)配DNA的相互作用。第一部分創(chuàng)新點(diǎn)如下:1、本文的模擬結(jié)果顯示,[Co(phen)2hpip]3+對(duì)征常及剪式錯(cuò)配DNA都具有識(shí)別作用,識(shí)別過(guò)程體現(xiàn)了識(shí)別位點(diǎn)的特異性、異構(gòu)體選擇性和大小溝的選擇性,對(duì)正常序列DNA的識(shí)別過(guò)程還體現(xiàn)了手性選擇性。配合物與正常DNA的相...
【文章來(lái)源】:山西大學(xué)山西省
【文章頁(yè)數(shù)】:57 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 綜述
1.1 DNA的分子結(jié)構(gòu)
1.1.1 正常DNA的結(jié)構(gòu)
1.1.2 錯(cuò)配DNA的結(jié)構(gòu)
1.1.3 錯(cuò)配識(shí)別模型
1.1.3.1 能量識(shí)別
1.1.3.2 堿基滑移
1.1.3.3 “夾-推-拉”模型
1.2 DNA探針研究背景
1.2.1 大環(huán)芳香配合物DNA探針
1.2.2 天然小分子DNA探針
1.2.3 寡聚酰胺序列DNA探針
1.2.4 核酸鏈DNA探針
1.2.5 基于吲哚的化合物DNA探針
1.3 金屬配合物與DNA相互作用的方式
1.3.1 非共價(jià)結(jié)合
1.3.2 共價(jià)結(jié)合
1.3.3 剪切作用
1.3.4 其它作用方式
1.4 分子力學(xué)理論簡(jiǎn)介
1.5 本文開(kāi)展的工作
第二章 [Co(phen)2hpip]3+與DNA相互作用的分子力學(xué)研究
2.1 概述
2.2 計(jì)算模型和方法
2.2.1 金屬配合物的模型
2.2.2 正常及錯(cuò)配DNA的模型
2.2.3 計(jì)算方法
2hpip]3+與正常及錯(cuò)配DNA相互作用模擬結(jié)果"> 2.3 [Co(phen)2hpip]3+與正常及錯(cuò)配DNA相互作用模擬結(jié)果
2.4 結(jié)果分析與討論
2.4.1 結(jié)果分析
2.4.2 討論
2.4.2.1 相互作用后的精細(xì)結(jié)果
2.4.2.2 相互作用的選抒性和特異性
2.4.2.3 詳細(xì)的能量分析
2.4.3 對(duì)剪式錯(cuò)配DNA的修復(fù)
2.4.3.1 基于能量的思考
2.4.3.2 結(jié)構(gòu)分析
2.4.4 水溶液環(huán)境與真空環(huán)境模擬的對(duì)比
2.5 小結(jié)
2Al4異構(gòu)體的動(dòng)力學(xué)異構(gòu)化過(guò)程研究">第三章 C2Al4異構(gòu)體的動(dòng)力學(xué)異構(gòu)化過(guò)程研究
3.1 研究背景
3.1.1 平面碳化學(xué)簡(jiǎn)介
3.1.2 平面碳化學(xué)的不足及近期進(jìn)展
3.1.3 本章擬開(kāi)展工作及意義
3.2 研究方法
3.3 結(jié)果與討論
3.3.1 均方根偏差分析
3.3.2 體系勢(shì)能變化分析
3.4 小結(jié)
第四章 總結(jié)和展望
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于平面四配位碳單元CAl2Si2夾心組裝的理論研究[J]. 賀海鵬,楊利明,丁益宏. 高等學(xué)校化學(xué)學(xué)報(bào). 2009(12)
[2]M@B9 and M@B10 molecular wheels containing planar nona-and deca-coordinate heavy group 11, 12, and 13 metals (M=Ag, Au, Cd, Hg, In, Tl)[J]. MIAO ChangQing, GUO JinChang & LI SiDian Institute of Materials Sciences and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(07)
[3]Planar or quasi-planar octa-and ennea-coordinate aluminum and gallium in boron rings[J]. GUO JinChang1, YAO WenZhi1, LI Zhuo2 and LI SiDian1 1 Institute of Materials Science and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China; 2 International School of Software, Wuhan University, Wuhan 430079, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(05)
[4]手性配合物D,L-[Co(phen)2hpip]3+識(shí)別DNA序列及從構(gòu)型上修復(fù)錯(cuò)配序列DNA的分子力學(xué)模擬[J]. 吳艷波,張翠萍,楊頻. 中國(guó)科學(xué)(B輯 化學(xué)). 2005(05)
[5]DNA光復(fù)活作用機(jī)理研究中的模型化合物[J]. 晏利琴,宋欽華,郭慶祥. 有機(jī)化學(xué). 2002(12)
[6]錯(cuò)配核酸識(shí)別修復(fù)的研究進(jìn)展[J]. 陳繪麗,楊頻. 化學(xué)進(jìn)展. 2002(04)
[7]錯(cuò)配核酸的研究進(jìn)展[J]. 陳繪麗,楊頻. 化學(xué)進(jìn)展. 2002(02)
[8]DNA錯(cuò)配修復(fù)的分子機(jī)制[J]. 何云,莊志雄. 衛(wèi)生毒理學(xué)雜志. 2001(04)
[9]DNA光復(fù)活作用機(jī)理的研究進(jìn)展[J]. 宋欽華,郭慶祥. 化學(xué)進(jìn)展. 2001(06)
[10]生物醫(yī)學(xué)中DNA的結(jié)構(gòu)、構(gòu)象、作用機(jī)制及其生物功能的研究進(jìn)展[J]. 計(jì)亮年,張黔玲,劉勁剛. 中國(guó)科學(xué)(B輯 化學(xué)). 2001(03)
本文編號(hào):3000995
【文章來(lái)源】:山西大學(xué)山西省
【文章頁(yè)數(shù)】:57 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 綜述
1.1 DNA的分子結(jié)構(gòu)
1.1.1 正常DNA的結(jié)構(gòu)
1.1.2 錯(cuò)配DNA的結(jié)構(gòu)
1.1.3 錯(cuò)配識(shí)別模型
1.1.3.1 能量識(shí)別
1.1.3.2 堿基滑移
1.1.3.3 “夾-推-拉”模型
1.2 DNA探針研究背景
1.2.1 大環(huán)芳香配合物DNA探針
1.2.2 天然小分子DNA探針
1.2.3 寡聚酰胺序列DNA探針
1.2.4 核酸鏈DNA探針
1.2.5 基于吲哚的化合物DNA探針
1.3 金屬配合物與DNA相互作用的方式
1.3.1 非共價(jià)結(jié)合
1.3.2 共價(jià)結(jié)合
1.3.3 剪切作用
1.3.4 其它作用方式
1.4 分子力學(xué)理論簡(jiǎn)介
1.5 本文開(kāi)展的工作
第二章 [Co(phen)2hpip]3+與DNA相互作用的分子力學(xué)研究
2.1 概述
2.2 計(jì)算模型和方法
2.2.1 金屬配合物的模型
2.2.2 正常及錯(cuò)配DNA的模型
2.2.3 計(jì)算方法
2hpip]3+與正常及錯(cuò)配DNA相互作用模擬結(jié)果"> 2.3 [Co(phen)2hpip]3+與正常及錯(cuò)配DNA相互作用模擬結(jié)果
2.4 結(jié)果分析與討論
2.4.1 結(jié)果分析
2.4.2 討論
2.4.2.1 相互作用后的精細(xì)結(jié)果
2.4.2.2 相互作用的選抒性和特異性
2.4.2.3 詳細(xì)的能量分析
2.4.3 對(duì)剪式錯(cuò)配DNA的修復(fù)
2.4.3.1 基于能量的思考
2.4.3.2 結(jié)構(gòu)分析
2.4.4 水溶液環(huán)境與真空環(huán)境模擬的對(duì)比
2.5 小結(jié)
2Al4異構(gòu)體的動(dòng)力學(xué)異構(gòu)化過(guò)程研究">第三章 C2Al4異構(gòu)體的動(dòng)力學(xué)異構(gòu)化過(guò)程研究
3.1 研究背景
3.1.1 平面碳化學(xué)簡(jiǎn)介
3.1.2 平面碳化學(xué)的不足及近期進(jìn)展
3.1.3 本章擬開(kāi)展工作及意義
3.2 研究方法
3.3 結(jié)果與討論
3.3.1 均方根偏差分析
3.3.2 體系勢(shì)能變化分析
3.4 小結(jié)
第四章 總結(jié)和展望
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于平面四配位碳單元CAl2Si2夾心組裝的理論研究[J]. 賀海鵬,楊利明,丁益宏. 高等學(xué)校化學(xué)學(xué)報(bào). 2009(12)
[2]M@B9 and M@B10 molecular wheels containing planar nona-and deca-coordinate heavy group 11, 12, and 13 metals (M=Ag, Au, Cd, Hg, In, Tl)[J]. MIAO ChangQing, GUO JinChang & LI SiDian Institute of Materials Sciences and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(07)
[3]Planar or quasi-planar octa-and ennea-coordinate aluminum and gallium in boron rings[J]. GUO JinChang1, YAO WenZhi1, LI Zhuo2 and LI SiDian1 1 Institute of Materials Science and Department of Chemistry, Xinzhou Teachers’ University, Xinzhou 034000, China; 2 International School of Software, Wuhan University, Wuhan 430079, China. Science in China(Series B:Chemistry). 2009(05)
[4]手性配合物D,L-[Co(phen)2hpip]3+識(shí)別DNA序列及從構(gòu)型上修復(fù)錯(cuò)配序列DNA的分子力學(xué)模擬[J]. 吳艷波,張翠萍,楊頻. 中國(guó)科學(xué)(B輯 化學(xué)). 2005(05)
[5]DNA光復(fù)活作用機(jī)理研究中的模型化合物[J]. 晏利琴,宋欽華,郭慶祥. 有機(jī)化學(xué). 2002(12)
[6]錯(cuò)配核酸識(shí)別修復(fù)的研究進(jìn)展[J]. 陳繪麗,楊頻. 化學(xué)進(jìn)展. 2002(04)
[7]錯(cuò)配核酸的研究進(jìn)展[J]. 陳繪麗,楊頻. 化學(xué)進(jìn)展. 2002(02)
[8]DNA錯(cuò)配修復(fù)的分子機(jī)制[J]. 何云,莊志雄. 衛(wèi)生毒理學(xué)雜志. 2001(04)
[9]DNA光復(fù)活作用機(jī)理的研究進(jìn)展[J]. 宋欽華,郭慶祥. 化學(xué)進(jìn)展. 2001(06)
[10]生物醫(yī)學(xué)中DNA的結(jié)構(gòu)、構(gòu)象、作用機(jī)制及其生物功能的研究進(jìn)展[J]. 計(jì)亮年,張黔玲,劉勁剛. 中國(guó)科學(xué)(B輯 化學(xué)). 2001(03)
本文編號(hào):3000995
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