靈芝三萜和金銀花綠原酸生物合成途徑關鍵酶基因的挖掘及分析
本文關鍵詞:靈芝三萜和金銀花綠原酸生物合成途徑關鍵酶基因的挖掘及分析,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。
《北京協(xié)和醫(yī)學院》 2013年
靈芝三萜和金銀花綠原酸生物合成途徑關鍵酶基因的挖掘及分析
徐曉蘭
【摘要】:闡明中藥生物活性成分的次生代謝途徑及其調控機制是現(xiàn)代中藥研究的重要內容之一。次生代謝工程在提高藥用植物目標產物含量上有著極大的應用潛能,但受傳統(tǒng)研究方法和技術所限,目前我們對其次生代謝途徑及調控機制的認知還較為粗略,因而期望通過次生代謝工程獲取大量的目標次生代謝物仍面臨著較大困難。功能基因組學(Functional Genomics)是在結構基因組學(Structural Genomics)的基礎上,利用后者提供的信息,應用高通量測序產生的大量數(shù)據(jù),在基因組或轉錄組水平上全面研究基因的表達、調控與功能,并探索基因之間、基因與蛋白質之間、基因及其產物與生長發(fā)育之間的相互聯(lián)系和規(guī)律。通過全基因組學或轉錄組學系統(tǒng)分析次生代謝物的生物合成途徑并發(fā)掘與之相關的基因,能夠使我們更充分地了解中藥的遺傳信息與背景,也將使利用次生代謝工程生產重要藥效成分成為可能。靈芝和金銀花是具有極高藥用價值和經(jīng)濟價值的傳統(tǒng)中藥,靈芝三萜和綠原酸分別是靈芝和金銀花的主要藥效成分之一,但目前對這些重要化合物的生物合成途徑仍缺少系統(tǒng)的研究。本課題采用功能基因組學研究方法從全基因組水平上對藥用真菌赤芝全基因組測序數(shù)據(jù)進行深入分析,以探索可能參與到靈芝三萜生物合成途徑的關鍵酶基因;運用高通量測序技術對藥用植物金銀花的轉錄組進行研究,以闡明其重要成分綠原酸的生物合成途徑,并對相關的關鍵基因進行克隆。本研究為靈芝三萜和綠原酸的生物合成研究奠定了基礎。 靈芝GANODERMA,又稱"Lingzhi",為赤芝Ganoderma lucidum或紫芝Ganoderma sinense的干燥子實體(中國藥典2010版),是我國著名的藥用真菌之一,F(xiàn)代藥理研究表明靈芝有抗腫瘤,抗高血壓,抗病毒和增強免疫能力的功效,靈芝三萜類和靈芝多糖為該功效的主要活性物質。赤芝全基因組已由本課題組完成測序,該物種基因組大小為43.3MB,共有16,113個預測蛋白的編碼基因。本研究在赤芝全基因組數(shù)據(jù)庫中,鑒定了參與靈芝三萜合成上游途徑的11個關鍵酶,其中乙酰輔酶A乙;D移酶(AACT)和法尼基焦磷酸合成酶(FPS)各有兩個編碼基因,其余都為單編碼基因;發(fā)現(xiàn)了214個可能參與到靈芝三萜下游合成途徑的候選細胞色素氧化酶基因(CYP450),其中195個可能具有真正的P450功能包括6個兼性P450(bifunctional P450, BiP450),這195個P450s分屬于24個基因簇。通過實時熒光定量PCR (QRT-PCR)檢測,78個P450基因與羊毛甾醇合酶(LAS)共表達,說明此78個P450很有可能參與到靈芝三萜骨架的結構修飾中。78個P450中,有28個為赤芝所獨有的新家族,另38個基因在其他物種中之前已被報道過。此外,24個基因簇中有5個與LAS共表達,它們極有可能是以基因簇的方式參與到靈芝三萜的合成途徑中。 金銀花LONICERA JAPONICA FLOS為忍冬Lonicera japonica Thunb.的干燥花蕾或待初開的花。為我國傳統(tǒng)臨床用藥之一,具有抗炎,抗氧化和抗病毒的藥理學特性,主要活性成分為綠原酸(Chlorogenic acid, CGA)和木犀草苷(Luteoloside)。綠原酸和木犀草苷的生物合成途徑在其他物種中已有一定的研究,但在金銀花中還未見報道與證實。本實驗應用454GSFLxTitanium高通量測序平臺,對金銀花的轉錄組進行測序,完成了金銀花葉和花2個cDNA文庫測序,分別構建了花和葉的表達序列標簽(Expressed sequence tag, EST)文庫。從花的EST文庫中拼接得到21849個疊連群(contig),38187個單一序列(singleton);從葉的EST文庫中獲得14242個疊連群,40557個單一序列。應用生物信息學方法對所得EST序列從功能基因組水平上研究了綠原酸的次生代謝途徑。在金銀花中發(fā)現(xiàn)了幾乎所有的參與綠原酸生物合成的酶,其中包括羥基肉桂;o酶A:奎尼酸羥基肉桂轉移酶(HQT)和羥基肉桂;o酶A:莽草酸/奎尼酸的羥基肉桂轉移酶(HCT),同時也發(fā)現(xiàn)了所有參與木犀草苷生物合成的酶。本實驗通過RACE技術克隆了8個HQT和HCT基因,得到全長cDNA序列。與其它物種中已知的HQT和HCT氨基酸序列進行比對,發(fā)現(xiàn)其中2個HQT和1個HCT具有真正的保守結構域。此外,分析了其它參與次生代謝過程的重要基因包括P450和轉錄因子等。最后,通過花與葉的EST數(shù)據(jù)庫的比較,挖掘到分別在花和葉中表達的組織特異性基因。金銀花轉錄組的測序工作為關鍵酶基因的挖掘提供了基礎,并為進一步克隆其全長、研究其功能提供了依據(jù),同時也作為金銀花遺傳標記、基因表達、基因組學和功能基因組學的重要數(shù)據(jù)來源。 全基因組及轉錄組分析在中藥次生代謝途徑的研究中有著至關重要的作用,為相關酶基因的克隆、鑒定,以及揭示完整的次生代謝途徑提供了豐富的基因信息。本研究獲得了靈芝三萜和綠原酸生物合成途徑的信息,并挖掘了與金銀花生長發(fā)育相關的基因,為中藥次生代謝工程合成靈芝三萜及綠原酸奠定了理論基礎。
【關鍵詞】:
【學位授予單位】:北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】:博士
【學位授予年份】:2013
【分類號】:S567.31;S567.79
【目錄】:
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