本文關(guān)鍵詞：面向壓縮生物基因數(shù)據(jù)的高效的查詢方法

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【摘要】：隨著下一代、第三代等測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展,DNA等生物序列數(shù)據(jù)快速增長(zhǎng).如何高效地處理這些大數(shù)據(jù)是目前所面臨的一個(gè)挑戰(zhàn).研究發(fā)現(xiàn),這些生物序列數(shù)據(jù)盡管很大,但是不同數(shù)據(jù)之間具有很高的相似性.因此可以通過(guò)保存這些基因串同一個(gè)基準(zhǔn)序列之間的差異來(lái)減少存儲(chǔ)的代價(jià).最新的研究發(fā)現(xiàn),可以在這些壓縮的數(shù)據(jù)上直接進(jìn)行查詢,而不需要解壓縮.研究的目標(biāo)是進(jìn)一步提高索引和查詢的可伸縮性,從而滿足日益增長(zhǎng)的大數(shù)據(jù)需要.首先在現(xiàn)有方法的基礎(chǔ)上,對(duì)基準(zhǔn)序列進(jìn)行了壓縮存儲(chǔ).基于該壓縮數(shù)據(jù),提出了一系列優(yōu)化查詢方法以高效地支持任意長(zhǎng)度序列的精確和近似查詢.在此基礎(chǔ)上,進(jìn)一步對(duì)原有方法進(jìn)行改進(jìn),利用并行計(jì)算來(lái)提高對(duì)大數(shù)據(jù)的查詢效率.最后,實(shí)驗(yàn)研究展示了所提方法的高效性.
【作者單位】： 東北大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與工程學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 基因數(shù)據(jù) 大數(shù)據(jù) 可伸縮性 數(shù)據(jù)壓縮 并行計(jì)算
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金優(yōu)秀青年基金(61322208);國(guó)家自然科學(xué)基金(61272178,61572122,61532021) 國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(973)(2012CB316201)~~
【分類(lèi)號(hào)】：TP311.13
【正文快照】：

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本文編號(hào)：971837