本文關(guān)鍵詞：利用超級(jí)集群分離分析法鑒別大豆增變基因

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【摘要】：【目的】利用大豆基因組Wm82.a2.v1及HapMap數(shù)據(jù)來(lái)鑒別大豆中可能存在的增變基因�！痉椒ā繉⒋蠖笻apMap數(shù)據(jù)(包含19 652份大豆種質(zhì)在52 041個(gè)位點(diǎn)上的分型結(jié)果)預(yù)處理后,利用改進(jìn)的超級(jí)集群分離分析法,選取滑動(dòng)窗口大小、步長(zhǎng)及閾值大小為參數(shù),對(duì)預(yù)處理后的大豆種質(zhì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,測(cè)算大豆點(diǎn)突變比率及突變熱點(diǎn)區(qū)數(shù)目,并將點(diǎn)突變比率及突變熱點(diǎn)區(qū)數(shù)目與分子標(biāo)記進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析,從強(qiáng)關(guān)聯(lián)區(qū)內(nèi)挖掘候選增變基因,用大豆基因組Wm82.a2.v1對(duì)其功能進(jìn)行初步推測(cè)�！窘Y(jié)果】大豆HapMap數(shù)據(jù)預(yù)處理后,15 391份大豆種質(zhì)點(diǎn)突變比率為0.089~0.531,平均變異率為0.261;突變熱點(diǎn)區(qū)數(shù)目為5~1 324個(gè),平均每份種質(zhì)包含347.8個(gè)突變熱點(diǎn)區(qū)。超級(jí)集群分離分析結(jié)果表明,Gm16上的29 153 474-30 604 603bp和Gm17上的12 133 293-12 147 725bp片段為與點(diǎn)突變比率和突變熱點(diǎn)區(qū)數(shù)目2個(gè)表型同時(shí)存在強(qiáng)關(guān)聯(lián)的區(qū)域;其中Gm16上的Glyma16g26440.1和Gm17上的Glyma17g15420.1同屬于nudix水解酶基因家族,推測(cè)其與基因組突變有關(guān)�！窘Y(jié)論】Glyma16g26440.1和Glyma17g15420.1 2個(gè)nudix水解酶基因家族成員都與點(diǎn)突變比率和突變熱點(diǎn)區(qū)數(shù)目存在強(qiáng)關(guān)聯(lián),可作為大豆基因組候選增變基因。
【作者單位】： 南陽(yáng)師范學(xué)院農(nóng)業(yè)工程學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 大豆 突變熱點(diǎn) 增變基因 超級(jí)集群分離分析 nudix水解酶基因
【基金】：南陽(yáng)師范學(xué)院科研基金項(xiàng)目(ZX2015012)
【分類號(hào)】：Q943.2;S565.1
【正文快照】： 大豆是重要的油料作物和植物蛋白的主要來(lái)源。目前大豆育種的常規(guī)方法是將兩親本進(jìn)行雜交,再通過(guò)后代連續(xù)的自交選擇獲得新的大豆種質(zhì)。由于大豆異花授粉難度很大,與玉米等作物相比,無(wú)法產(chǎn)生較為豐富的變異類型,而通過(guò)化學(xué)或物理的方式進(jìn)行人工誘變,可以獲得較為豐富的變異類，

本文編號(hào)：934949