本文關(guān)鍵詞：梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和分析及SNAC亞族基因的克隆

  更多相關(guān)文章： 梭梭 轉(zhuǎn)錄組 差異基因 轉(zhuǎn)錄因子家族 生物信息學(xué)

【摘要】：梭梭是一種優(yōu)良的防風(fēng)固沙植物,不僅對(duì)防止土地沙漠化,維護(hù)生態(tài)環(huán)境平衡有重要意義,而且梭梭能在極為惡劣的環(huán)境下生長(zhǎng),明確其分子作用機(jī)制對(duì)培育轉(zhuǎn)基因抗逆植物以及了解分子抗逆機(jī)制網(wǎng)絡(luò)有重要參考價(jià)值。目前,對(duì)梭梭的研究?jī)H限于生理生化水平,對(duì)其分子水平的研究仍處于起步階段。本研究完成梭梭轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序,構(gòu)建了梭梭轉(zhuǎn)錄水平的信息平臺(tái)。通過(guò)梭梭對(duì)照組和干旱組轉(zhuǎn)錄本的對(duì)比分析,篩選出了梭梭不同組織在干旱脅迫前后表達(dá)差異的基因。并根據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)注釋結(jié)果對(duì)注釋為梭梭NAC、bZIP、MYB、WRKY轉(zhuǎn)錄因子的序列進(jìn)行了分組及生物信息學(xué)初步分析。最后克隆了4個(gè)SNAC亞族的基因,通過(guò)比較克隆獲得的序列和測(cè)序獲得的Unigenes序列來(lái)驗(yàn)證測(cè)序分析后獲得測(cè)序和拼接結(jié)果的質(zhì)量,也為進(jìn)一步研究梭梭抗逆機(jī)制打下了基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:(1)經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,原始序列拼接組裝優(yōu)化,共獲得41,381條Unigenes,通過(guò)對(duì)梭梭正常組和干旱組進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)比較分析,在梭梭同化枝中有2430個(gè)基因表達(dá)在上調(diào),在根中有4349個(gè)基因表達(dá)上調(diào),有996個(gè)基因同時(shí)在梭梭莖及根中表達(dá)上調(diào)。說(shuō)明梭梭中有大量基因通過(guò)不同方式響應(yīng)干旱脅迫。(2)分析了梭梭四大類轉(zhuǎn)錄因子,參考擬南芥和水稻的分類方式對(duì)各家族成員進(jìn)行了分組,明確了其在進(jìn)化關(guān)系上的地位,并根據(jù)擬南芥和水稻以及其它植物已經(jīng)驗(yàn)證功能的基因,結(jié)合基因在干旱脅迫前后轉(zhuǎn)錄水平的表達(dá)豐度變化推測(cè)了梭梭不同亞家族基因的功能,其中梭梭NAC基因家族中的HaNAC02/03/04/06/20/22/23/24/27/35/42,bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族中的HabZIP3/4/5/6/13/14/16/17/20/22/24/26/27/28/29/31,WRKY基因家族中的HaWRKY2/4/5/6/7/8/11/13/14/15/16/17/18/19/20/21/22/24/25/26/27/28,MYB轉(zhuǎn)錄因子家族中的HaMYB2/6/8/10/11/12/13/14/15/18/20/25/35/43/44可能通過(guò)不同方式不同途徑參與梭梭的干旱脅迫反應(yīng)。(3)克隆了梭梭NAC家族的HaNAC20/22/24/27基因,得到的NAC基因cDNA全長(zhǎng)序列與Unigenes序列相似度達(dá)99%以上,說(shuō)明梭梭轉(zhuǎn)錄組序列組裝質(zhì)量良好。將克隆出的全長(zhǎng)序列提交至NCBI,基因登錄號(hào)分別為KU845314、KU845315、KU845316、KU845318,并對(duì)這4條序列進(jìn)行了初步的生物信息學(xué)分析。
【關(guān)鍵詞】：梭梭 轉(zhuǎn)錄組 差異基因 轉(zhuǎn)錄因子家族 生物信息學(xué)
【學(xué)位授予單位】：新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：Q943.2
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 英文縮略說(shuō)明表7-8
• 第1章 緒論8-16
• 1.1 梭梭簡(jiǎn)介8-9
• 1.2 干旱研究概況9
• 1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究進(jìn)展9-10
• 1.4 植物轉(zhuǎn)錄因子研究進(jìn)展10-14
• 1.5 選題目的和意義14-15
• 1.6 本研究技術(shù)路線15-16
• 第2章 梭梭RNA的制備及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序16-27
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料16
• 2.2 試驗(yàn)方法16-22
• 2.3 結(jié)果與分析22-25
• 2.4 討論25-27
• 第3章 梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組NAC、bZIP、MYB、WRKY四大類轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息學(xué)分析27-58
• 3.1 梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組NAC基因家族生物信息學(xué)分析27-36
• 3.2 梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組b ZIP基因家族生物信息學(xué)分析36-43
• 3.3 梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組MYB基因家族生物信息學(xué)分析43-50
• 3.4 梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組WRKY基因家族生物信息學(xué)分析50-56
• 3.5 總結(jié)與討論56-58
• 第4章 4個(gè)梭梭SNAC亞族基因的克隆與序列分析58-65
• 4.1 材料與試劑58
• 4.2 試驗(yàn)方法58-61
• 4.3 結(jié)果與分析61-64
• 4.4 討論64-65
• 第5章 結(jié)論與展望65-67
• 5.1 結(jié)論65-66
• 5.2 展望66-67
• 參考文獻(xiàn)67-73
• 作者簡(jiǎn)介73-74
• 致謝74

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前9條

1 陳心啟,吉占和,朱光華;關(guān)于蘭科若干亞族的分類問(wèn)題(英文)[J];植物分類學(xué)報(bào);1999年02期

2 李照民,梅巖艾;受體型酪氨酸激酶ErbB受體亞族研究進(jìn)展[J];細(xì)胞生物學(xué)雜志;2003年04期

3 張曉光,藥立波,蘇成芝;酪氨酸激酶受體Eph亞族的研究進(jìn)展[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;1999年01期

4 丁士友,顧紅雅,瞿禮嘉,陳章良;PCR產(chǎn)物的RFLP分析在黃芪亞族(豆科)系統(tǒng)學(xué)研究中的應(yīng)用初探[J];植物學(xué)報(bào);1995年02期

5 張小平;全球萵苣族（Lactuceae）的分支分析及其亞族分類研究[J];安徽師大學(xué)報(bào)(哲學(xué)社會(huì)科學(xué)版);1995年01期

6 王艇,朱建明,蘇應(yīng)娟,曾慶文,黃超;含笑亞族植物的RAPD分析及其系統(tǒng)學(xué)意義[J];中山大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);1999年06期

7 孫瑤;郗厚誠(chéng);薛春迎;;獐牙菜亞族植物DNA條形碼研究[J];華中師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2013年04期

8 孫必興,王松;禾本科甘蔗亞族一新屬[J];云南植物研究;1997年03期

9 ;[J];;年期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 趙南先;于慧;;甘蔗亞族花序與小穗的演化及其系統(tǒng)學(xué)意義[A];第六屆全國(guó)系統(tǒng)與進(jìn)化植物學(xué)青年學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要集[C];2000年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 吳志光;中國(guó)西南邊境地區(qū)鱗翅目苔蛾二亞族分類研究[D];東北林業(yè)大學(xué);2016年

2 李志強(qiáng);梭梭干旱轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和分析及SNAC亞族基因的克隆[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

，

本文編號(hào)：850738