本文關(guān)鍵詞：蘭州鲇生長性狀相關(guān)基因的分離、序列特征及組織特異性表達分析

  更多相關(guān)文章： 蘭州鲇 基因克隆 MyoD MyoG MSTN 生物信息學(xué) 熒光定量

【摘要】：動物體肌肉的生長發(fā)育受到許多生肌決定因子在時間和空間上的精準(zhǔn)調(diào)控。其中MyoD(myogenic determination gene)、MyoG(myogenin)和MSTN(myostatin)基因是3個重要的生肌決定因子。本研究運用RT-PCR、TA克隆和核酸測序等技術(shù)對蘭州鲇(Silurus lanzhouensis)的MyoD、MyoG、MSTN基因CDS區(qū)及MyoD、MyoG全基因進行克隆和生物信息學(xué)分析,同時懫用實時熒光定量法開展了以上三個基因在蘭州鲇的8個不同組織、不同性別個體間的表達規(guī)律研究。主要研究結(jié)果如下:1.獲得蘭州鲇MyoD基因的完整CDS區(qū)序列長度為810 bp(GenBank登錄號:KT277551)及MyoD基因全序列長度為1210 bp(GenBank登錄號:KT339175),包括部分5'端63 bp的序列和3'端58 bp的序列;ORF區(qū)含有3個外顯子和2個內(nèi)含子,外顯子長度分別為510 bp,80 bp,和220 bp,內(nèi)含子長度分別為156 bp和123 bp,編碼269個氨基酸殘基組成的可溶酸性蛋白質(zhì);預(yù)測亞細(xì)胞定位MyoD主要分布于細(xì)胞核(56.5%),MyoD二聚體結(jié)構(gòu)具有螺旋-環(huán)-螺旋(bHLH)的特征�；�12種魚類MyoD基因CDS序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹及編碼區(qū)同源性比較,獲得與傳統(tǒng)分類關(guān)系相一致的結(jié)果。組織特異性表達結(jié)果顯示,MyoD基因在蘭州鲇肌肉組織中的表達量極顯著高于其它7種組織,主要在肌肉組織中發(fā)揮作用,且雄魚肌肉組織的表達量顯著高于雌魚。2.克隆測序獲得蘭州鲇MyoG基因的CDS區(qū)全序列長度為762 bp(GenBank登錄號:KT580948)及MyoG基因全序列長度為1223 bp(GenBank登錄號:KU302770);ORF區(qū)含有3個外顯子和2個內(nèi)含子,外顯子長度分別為539 bp、104 bp和119 bp,內(nèi)含子長度分別為330 bp和131 bp。生物信息學(xué)分析結(jié)果與MyoD基因相似,編碼253個氨基酸殘基組成的可溶酸性蛋白質(zhì);預(yù)測亞細(xì)胞定位MyoG主要分布于細(xì)胞核(52.2%),MyoG二聚體具有MRFs家族的bHLH保守結(jié)構(gòu)�；�12種魚類MyoG基因CDS序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹及編碼區(qū)同源性比較,獲得與傳統(tǒng)分類相一致的結(jié)果。組織特異性表達結(jié)果顯示,MyoG基因在蘭州鲇肌肉組織中的表達量極顯著高于其它7種組織,主要在肌肉組織中發(fā)揮作用,且雄魚肌肉組織的表達量顯著高于雌魚。3.克隆測序獲得蘭州鲇MSTN基因的CDS區(qū)全序列長度為1182 bp(GenBank登錄號:KU302769),編碼393個氨基酸殘基組成的可溶酸性蛋白質(zhì);預(yù)測亞細(xì)胞定位MSTN蛋白,主要在細(xì)胞核外分布,MSTN二聚體結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋和無規(guī)卷曲構(gòu)成。基于12種不同動物的MSTN基因CDS序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹及編碼區(qū)同源性比較,獲得與傳統(tǒng)分類相一致的結(jié)果。蘭州鲇MSTN基因在肌肉組織中的表達量極顯著高于其它7種組織,在腦組織中的表達量顯著的高于除肌肉外的其它6種組織;此基因主要在肌肉組織中發(fā)揮作用,肌肉組織MSTN的表達雌魚高于雄魚,但未達到顯著水平,其它7種組織組間差異均不顯著。
【關(guān)鍵詞】：蘭州鲇 基因克隆 MyoD MyoG MSTN 生物信息學(xué) 熒光定量
【學(xué)位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S917.4
【目錄】：

• 摘要4-6
• Summary6-11
• 第一章 文獻綜述11-19
• 1. 蘭州鲇概述11-12
• 2 魚類分子育種技術(shù)研究進展12-13
• 2.1 分子標(biāo)記輔助育種12-13
• 2.2 轉(zhuǎn)基因育種13
• 3 本試驗候選基因研究現(xiàn)狀13-16
• 3.1 MyoD基因研究現(xiàn)狀13-15
• 3.1.1 MRFs家族基因13-14
• 3.1.2 MyoD基因簡介14-15
• 3.2 MyoG基因研究現(xiàn)狀15
• 3.3 MSTN基因研究概述15-16
• 4 實時熒光定量PCR技術(shù)16-17
• 4.1 Real-time FQ-PCR簡介16
• 4.2 Real-time FQ-PCR原理16-17
• 4.3 Real-time PCR定量分析方法17
• 5 本研究的目的及意義17-19
• 第二章 蘭州鲇MyoD基因的分離、序列特征與表達分析19-37
• 1 引言19
• 2 試驗材料19-21
• 2.1 試驗動物19
• 2.2 主要試劑及材料19-20
• 2.3 溶液、試劑配制20-21
• 2.4 主要儀器設(shè)備21
• 3 試驗方法21-27
• 3.1 MyoD基因克隆與生物信息學(xué)分析21-26
• 3.1.1 基因組DNA的提取與檢測21-22
• 3.1.2 RNA的提取方法及檢測22-23
• 3.1.3 cDNA第一條鏈合成23
• 3.1.4 MyoD基因引物的設(shè)計與合成23-24
• 3.1.5 普通PCR反應(yīng)24
• 3.1.6 MyoD基因克隆與鑒定24-25
• 3.1.7 MyoD基因生物信息學(xué)分析25-26
• 3.2 MyoD基因?qū)崟r熒光定量PCR26-27
• 3.2.1 實時定量PCR引物設(shè)計與合成26
• 3.2.2 普通PCR擴增與驗證測序26
• 3.2.3 Real-time FQ-PCR26-27
• 3.2.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計處理27
• 4 結(jié)果與分析27-34
• 4.1 MyoD基因克隆與序列分析結(jié)果27-31
• 4.1.1 基因組DNA、RNA提取與檢測結(jié)果27-28
• 4.1.2 MyoD基因PCR擴增與TA克隆結(jié)果28
• 4.1.3 蘭州鲇MyoD核苷酸序列及編碼氨基酸序列分析28-29
• 4.1.4 蘭州鲇MyoD蛋白理化性質(zhì)分析29-30
• 4.1.5 蘭州鲇MyoD蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析30
• 4.1.6 蘭州鲇MyoD基因同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析30-31
• 4.2 MyoD基因熒光定量結(jié)果31-34
• 4.2.1 蘭州鲇八個組織總RNA提取結(jié)果31-32
• 4.2.2 MyoD普通PCR及驗證測序結(jié)果32
• 4.2.3 Real-time FQ-PCR動力學(xué)曲線32
• 4.2.4 Real-time FQ-PCR融解曲線32-33
• 4.2.5 MyoD mRNA組織表達差異33-34
• 5 討論34-37
• 5.1 MyoD基因序列分析34-36
• 5.2 MyoD基因組織表達分析36-37
• 第三章 蘭州鲇MyoG基因的分離、序列特征與表達分析37-47
• 1 引言37
• 2 試驗材料37
• 3 試驗方法37-39
• 3.1 MyoG基因克隆與生物信息學(xué)分析37-38
• 3.1.1 基因組DNA的提取與檢測37
• 3.1.2 總RNA的提取與檢測37
• 3.1.3 cDNA第一條鏈的合成37
• 3.1.4 MyoG基因引物的設(shè)計與合成37-38
• 3.1.5 普通PCR反應(yīng)38
• 3.1.6 MyoG基因克隆與鑒定38
• 3.1.7 MyoG基因生物信息學(xué)分析38
• 3.2 MyoG基因?qū)崟r熒光定量PCR38-39
• 3.2.1 實時定量PCR引物設(shè)計與合成38
• 3.2.2 普通PCR及驗證測序38
• 3.2.3 Real-time FQ-PCR38
• 3.2.4 數(shù)據(jù)處理與分析38-39
• 4 實驗結(jié)果39-45
• 4.1 MyoG基因克隆與序列分析結(jié)果39-42
• 4.1.1 基因組DNA提取與檢測結(jié)果39
• 4.1.2 MyoG基因PCR擴增與TA克隆結(jié)果39
• 4.1.3 蘭州鲇MyoG核苷酸序列及編碼氨基酸序列分析39-40
• 4.1.4 蘭州鲇MyoG蛋白理化性質(zhì)分析40-41
• 4.1.5 蘭州鲇MyoG蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析41
• 4.1.6 蘭州鲇MyoG基因同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析41-42
• 4.2 MyoG基因熒光定量結(jié)果42-45
• 4.2.1 蘭州鲇八個組織總RNA提取檢測結(jié)果42-43
• 4.2.2 MyoG普通PCR及驗證測序結(jié)果43
• 4.2.3 Real-time FQ-PCR動力學(xué)曲線43
• 4.2.4 Real-time FQ-PCR融解曲線43-44
• 4.2.5 MyoG mRNA組織表達差異44-45
• 5 討論45-47
• 5.1MyoG基因序列分析45-46
• 5.2 MyoG基因組織表達分析46-47
• 第四章 蘭州鲇MSTN基因的分離、序列特征與表達分析47-59
• 1 引言47
• 2 試驗材料47
• 3 試驗方法47-49
• 3.1 MSTN基因克隆與生物信息學(xué)分析47-48
• 3.1.1 基因組DNA的提取與檢測47
• 3.1.2 總RNA的提取與檢測47
• 3.1.3 cDNA第一條鏈的合成47
• 3.1.4 MSTN基因引物的設(shè)計與合成47-48
• 3.1.5 普通PCR反應(yīng)48
• 3.1.6 MSTN基因克隆與鑒定48
• 3.1.7 MSTN基因生物信息學(xué)分析48
• 3.2 MSTN基因?qū)崟r熒光定量PCR48-49
• 3.2.1 實時定量PCR引物設(shè)計與合成48-49
• 3.2.2 普通PCR及驗證測序49
• 3.2.3 Real-time FQ-PCR49
• 3.2.4 數(shù)據(jù)處理與分析49
• 4 實驗結(jié)果49-56
• 4.1 MSTN基因克隆與序列分析結(jié)果49-54
• 4.1.1 基因組DNA提取與檢測結(jié)果49
• 4.1.2 MSTN基因PCR擴增與TA克隆結(jié)果49-50
• 4.1.3 蘭州鲇MSTN核苷酸序列及編碼氨基酸序列分析50
• 4.1.4 蘭州鲇MSTN蛋白理化性質(zhì)分析50-51
• 4.1.5 蘭州鲇MSTN蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測分析51-53
• 4.1.6 蘭州鲇MSTN基因同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析53-54
• 4.2 MSTN基因熒光定量結(jié)果54-56
• 4.2.1 蘭州鲇八個組織總RNA提取檢測結(jié)果54
• 4.2.2 MSTN普通PCR及驗證測序結(jié)果54
• 4.2.3 Real-time FQ-PCR動力學(xué)曲線54-55
• 4.2.4 Real-time FQ-PCR融解曲線55
• 4.2.5 MSTN mRNA組織表達差異55-56
• 5 討論56-59
• 5.1 MSTN基因克隆與序列分析56-57
• 5.2 MSTN基因組織表達分析57-59
• 第五章 結(jié)論59-61
• 參考文獻61-66
• 致謝66-67
• 作者簡介67-68
• 導(dǎo)師簡介68-69

【參考文獻】

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本文編號：849936