發(fā)布時間：2017-09-14 06:23

  本文關(guān)鍵詞：海帶轉(zhuǎn)錄組SSR序列特征及其相關(guān)基因功能分析

  更多相關(guān)文章： 微衛(wèi)星 轉(zhuǎn)錄組 簡單序列重復(fù)(SSR) 海帶(Saccharina japonica)

【摘要】：對海帶(Saccharina japonica)轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,從70 497條Unigenes中共檢測到9 237個簡單序列重復(fù)(SSR)位點(diǎn),并對包含SSR序列的Unigenes進(jìn)行功能注釋。海帶轉(zhuǎn)錄組中SSR的類型十分豐富,其中單核苷酸和三核苷酸重復(fù)SSR的數(shù)量最多,分別占SSR總數(shù)的40.9%和39.4%,其次為四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重復(fù),分別占SSR總數(shù)的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重復(fù)單元類型共有147種,其重復(fù)次數(shù)的范圍為5~70次。功能注釋發(fā)現(xiàn)約50%含有SSR的Unigenes獲得了注釋信息,并且大多數(shù)與已知蛋白有同源性。COG、GO功能分類結(jié)果均表明,大量含有SSR序列的基因與多種生物功能有關(guān),其中與碳水化合物代謝及參與細(xì)胞組成相關(guān)的基因數(shù)量最多。本研究結(jié)果為深入開發(fā)功能性SSR標(biāo)記奠定基礎(chǔ),也為開展海帶分子標(biāo)記輔助選育提供支持。
【作者單位】： 中國科學(xué)院海洋研究所;青島海洋科學(xué)與技術(shù)國家實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)海洋生物學(xué)與生物技術(shù)實(shí)驗(yàn)室;中國科學(xué)院大學(xué);
【關(guān)鍵詞】： 微衛(wèi)星 轉(zhuǎn)錄組 簡單序列重復(fù)(SSR) 海帶(Saccharina japonica)
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31272660) 國家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(2013BAB01B01) 國家海洋公益性行業(yè)科研專項(xiàng)(201405040)~~
【分類號】：S917.3
【正文快照】： 海帶(Saccharina japonica)是中國重要的養(yǎng)殖海藻之一,廣泛應(yīng)用于食品、醫(yī)藥、化工等領(lǐng)域。全球海帶養(yǎng)殖主要集中在中國、日本和韓國。中國作為海帶養(yǎng)殖大國,年產(chǎn)海帶近500萬t,占全球海帶產(chǎn)量的86%左右[1]。海帶的重要性狀均為典型的數(shù)量性狀[2],其遺傳機(jī)制十分復(fù)雜。海帶重要

【相似文獻(xiàn)】

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中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前8條

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3 羅世菊;雜種優(yōu)勢在海帶育種中的應(yīng)用[D];中國海洋大學(xué);2005年

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8 王浩襲;重組大腸桿菌KO11連續(xù)發(fā)酵海帶工業(yè)殘?jiān)迫∫掖嫉牟煌に囇芯縖D];中國海洋大學(xué);2013年

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本文編號：848387