本文關(guān)鍵詞：普通煙草LBD基因家族的全基因組序列鑒定與表達(dá)分析

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【摘要】：LBD是一類具有LOB(lateral organ boundaries)結(jié)構(gòu)域的基因家族,在植物發(fā)育過程中起到非常重要的作用。采用生物信息學(xué)方法,根據(jù)擬南芥LBD基因序列鑒定了普通煙草基因組中的LBD基因,并對家族成員進(jìn)行了序列特征、系統(tǒng)發(fā)育和表達(dá)譜分析。結(jié)果表明:普通煙草基因組中共有98個LBD基因成員,其基因結(jié)構(gòu)相對簡單,一般含有1~3個外顯子。LBD基因家族可分成I和II兩大類,兩類均含有CX_2CX_6CX_3C保守結(jié)構(gòu)域,但I(xiàn)I類不含有LX_6LX_3LX_6L形成的"卷曲螺旋"二級結(jié)構(gòu),根據(jù)與擬南芥LBD蛋白構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹則可細(xì)分成5個亞家族(Ia、Ib、Ic、Id和II)。將LBD基因與表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)比對,發(fā)現(xiàn)36個基因有EST證據(jù);EST、芯片數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析表明:LBD基因具有不同的組織表達(dá)模式,部分基因表現(xiàn)出組織特異性。這些研究結(jié)果為普通煙草LBD基因家族功能的深入研究奠定了基礎(chǔ)。
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所/煙草行業(yè)煙草基因資源利用重點實驗室;華中農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝林學(xué)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 普通煙草 LBD基因家族 系統(tǒng)進(jìn)化 基因表達(dá)
【基金】：國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃(“863”計劃)項目(2012AA021801)
【分類號】：S572
【正文快照】： URL:http://www.cnki.net/kcms/detail/11.4996.S.20160128.1532.022.htmlLBD(LATERAL ORGAN BOUNDARIES DO-MAIN)基因是一類具有LOB(lateral organ bounda-ries)結(jié)構(gòu)域的植物特有的轉(zhuǎn)錄因子基因家族。該類基因家族在調(diào)控植物側(cè)生器官發(fā)育、協(xié)同激素調(diào)控植物發(fā)育、調(diào)控植物氮

【共引文獻(xiàn)】

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 張岳民;基于全基因組的玉米LBD轉(zhuǎn)錄因子家族分析及密碼子使用模式分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

【相似文獻(xiàn)】

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5 焦蓉;劉貫山;劉好寶;王樹林;侯娜;王全貞;靳義榮;白巖;馮廣林;劉朝科;馮祥國;胡曉明;;普通煙草抗?jié)B透脅迫基因NtP5CS的克隆與表達(dá)分析[J];中國煙草學(xué)報;2012年02期

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8 焦蓉;劉貫山;劉好寶;王樹林;侯娜;王全貞;靳義榮;劉朝科;馮祥國;胡曉明;;普通煙草鳥氨酸轉(zhuǎn)氨酶基因Ntδ-OAT的克隆與表達(dá)分析[J];植物遺傳資源學(xué)報;2011年04期

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中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

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本文編號：792800