本文關(guān)鍵詞：新生大鼠缺氧缺血性腦損傷后差異性表達(dá)基因的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的分析新生大鼠缺氧缺血性腦損傷(hypoxic-ischemic brain damage,HIBD)后7周大腦皮層與對照組腦皮層的基因表達(dá)差異,探討其生物學(xué)意義。方法從基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(Gene Expression Omnibus database,GEO)中獲取新生Wista大鼠缺氧缺血性腦損傷后7周大腦皮層基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)集GSE37777。該數(shù)據(jù)集共8個樣本,4個樣本為HIBD組,4個樣本為對照組。采用R軟件包對數(shù)據(jù)做預(yù)處理和差異性表達(dá)基因(differentiallyexpressed genes,DEGs)的篩選,應(yīng)用Cytoscape插件ClueGO+Cluepedia構(gòu)建DEGs功能分組通路網(wǎng)絡(luò)。通過相互作用基因庫檢索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件進(jìn)行DEGs的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)分析。結(jié)果 HIBD組共發(fā)現(xiàn)973DEGs,其中599個基因表達(dá)上調(diào),374個基因表達(dá)下調(diào)。DEGs功能分組通路網(wǎng)絡(luò)分析顯示Hedgehog信號通路是最顯著的差異性表達(dá)基因通路。HIBD組中Hedgehog通路相關(guān)基因Shh及Dhh表達(dá)上調(diào),Wnt通路相關(guān)基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表達(dá)上調(diào)。PPI網(wǎng)絡(luò)分析顯示Ccnd1、Shh、Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表達(dá)上調(diào),Ccnd1和Gli3表達(dá)下調(diào)。結(jié)論生物信息學(xué)分析顯示,新生大鼠HIBD后7周腦皮層可能存在Hedgehog和Wnt信號通路的激活,與細(xì)胞修復(fù)相關(guān)的蛋白Shh及Ret的表達(dá)上調(diào)。新生大鼠HIBD 7周后腦皮層可能存在持續(xù)修復(fù)過程。
【作者單位】： 四川大學(xué)華西第二醫(yī)院兒科出生缺陷與相關(guān)婦兒疾病教育部重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 新生大鼠 缺氧缺血性腦損傷 差異性表達(dá)基因 基因富集 蛋白質(zhì)相互作用
【基金】：國家自然科學(xué)基金青年基金(No.81300524) 四川省衛(wèi)生和計劃生育委員會科研課題(No.150107)資助
【分類號】：R722.1
【正文快照】： 新生兒缺氧缺血性腦病(hypoxic-ichemicencephalopathy,HIE)是導(dǎo)致新生兒死亡和遺留慢性腦損傷的主要疾病,存活者可遺留腦癱、精神運(yùn)動發(fā)育遲滯及認(rèn)知障礙等后遺癥,影響患兒的生存和生活質(zhì)量[1]。既往針對HIE的研究主要關(guān)注于缺氧缺血性腦損傷(hypoxic-ischemic brain damage,

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本文編號：783043