本文關(guān)鍵詞：蓖麻DNA甲基轉(zhuǎn)移酶序列與基因表達分析

  更多相關(guān)文章： 蓖麻 DAN甲基轉(zhuǎn)移酶 甲基化 生物信息學(xué) 基因表達

【摘要】：植物DNA甲基化是與調(diào)控基因表達、保護基因組免受逆境脅迫等相關(guān)的表觀遺傳現(xiàn)象,其中關(guān)鍵酶DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化DNA序列維持甲基化和從頭甲基化。本研究基于蓖麻全基因組、利用生物信息學(xué)分析方法、結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和RT-PCR半定量表達分析,鑒別出蓖麻DNA甲基轉(zhuǎn)移酶氨基酸序列的結(jié)構(gòu)特征、系統(tǒng)發(fā)生和表達形式。結(jié)果如下:通過同源序列BLAST從蓖麻基因組數(shù)據(jù)庫中獲得8個DNA甲基轉(zhuǎn)移酶基因;系統(tǒng)進化分析將8個蛋白分為4個亞家族:2個MET同源蛋白、2個CMT同源蛋白、3個DRM同源蛋白和1個DNMT2同源蛋白,進一步發(fā)現(xiàn)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶在系統(tǒng)進化上較為保守,分化發(fā)生在單雙子葉植物分化之后;亞細胞定位分析發(fā)現(xiàn)8個DNA甲基轉(zhuǎn)移酶都定位在細胞核中;蛋白結(jié)構(gòu)域比對結(jié)果顯示8個蛋白的C端催化結(jié)構(gòu)域都有6個保守motif參與甲基化修飾催化功能,表明蛋白具有基本的催化甲基化功能,而N端調(diào)節(jié)功能域的差異將蛋白分為四類,其中Rc DNMT2缺少N端調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域;結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和RT-PCR半定量表達分析發(fā)現(xiàn)蓖麻DNA甲基轉(zhuǎn)移酶基因(除Rc DRM2外)在發(fā)育胚乳中相對其他檢測組織高表達,推測是該時期的胚乳低甲基化誘導(dǎo)甲基化基因高表達。該結(jié)果有助于全面了解蓖麻DNA甲基轉(zhuǎn)移酶特征及為從表觀遺傳深入開展蓖麻品種改良具有重要理論指導(dǎo)作用。
【作者單位】： 云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院經(jīng)濟作物研究所;
【關(guān)鍵詞】： 蓖麻 DAN甲基轉(zhuǎn)移酶 甲基化 生物信息學(xué) 基因表達
【基金】：云南省重點新產(chǎn)品開發(fā)專項(2016BB005)
【分類號】：S565.6
【正文快照】： between different subfamilies,meanwhile,the lacking N-terminal domain presented in the Rc DNMT2.Phylogenetically,the MET,CMT,DRM and DNMT2 were conservative and differentiated after mono-and dicot-cotyledon.The expression level of all genes in developing

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