本文關(guān)鍵詞：基于丙型肝炎病毒NS5B區(qū)的巢式RT-PCR和基因分型的比較研究

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【摘要】：目的 研究不同引物組合和病毒載量對丙型肝炎病毒(HCV)RNA逆轉(zhuǎn)錄和NS5B區(qū)巢式PCR反應(yīng)效率,以及由于逆轉(zhuǎn)錄引物不同對基因分型結(jié)果的影響。方法 用熒光定量PCR檢測病毒載量。分別用Oligo(dT)15和隨機引物pd(N)6將HCV RNA逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA,用針對5'-NTR區(qū)的巢式PCR進行檢測;分別用針對NS5B區(qū)的簡單引物和簡并引物組合進行巢式PCR,比較各組擴增效率。對NS5B區(qū)第2輪PCR產(chǎn)物測序并比較基因分型結(jié)果的一致性。結(jié)果 用Oligo(dT)15引物逆轉(zhuǎn)錄和隨機引物逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA,5'-NTR區(qū)擴增的陽性率分別為87.5%和98.4%,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ~2=17.6,P0.001)。用HCV1/HCV2-122S/123A簡單引物組合和ENO2/ENO4-NS5S3/NS5A5簡并引物組合對Oligo(dT)15逆轉(zhuǎn)錄cDNA產(chǎn)物進行NS5B區(qū)的巢式PCR擴增,陽性率分別為11.5%和35.4%,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ~2=30.7,P0.001);用上述兩組引物組合對隨機引物逆轉(zhuǎn)錄cDNA進行NS5B區(qū)巢式PCR擴增,其陽性率分別為45.3%和94.3%,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ~2=109.1,P0.001)。隨機引物在不同載量病毒組中的逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)陽性率差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ~2=2.00,P0.05);隨機引物配合簡并引物組合在不同載量病毒組NS5B區(qū)擴增的陽性率差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ~2=5.18,P0.05)。經(jīng)Oligo(dT)15引物和隨機引物合成cDNA,用簡并引物組合對NS5B區(qū)進行巢式PCR擴增,通過核酸測序確定HCV基因型完全一致。結(jié)論 使用pd(N)6隨機引物進行逆轉(zhuǎn)錄,結(jié)合ENO2/ENO4-NS5S3/NS5A5簡并引物組合可實現(xiàn)對不同載量HCV的基于NS5B區(qū)的高效巢式PCR擴增和基因分型。
【作者單位】： 廣西壯族自治區(qū)疾病預(yù)防控制中心廣西病毒性肝炎防治研究重點實驗室;柳州市柳鐵中心醫(yī)院南方醫(yī)科大學(xué)附屬柳州醫(yī)院;
【關(guān)鍵詞】： 丙型肝炎病毒 NSB區(qū) RT-PCR 病毒載量
【分類號】：R373.21
【正文快照】： 丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)是丙型病毒性肝炎(viral hepatitis type C)的病原體。丙肝是危害嚴重的慢性傳染病,估計全球有1.85億慢性感染者[1]。HCV主要經(jīng)血源傳播,其基因型分為7型67個亞型[2]。我國發(fā)現(xiàn)的基因型有1a、1b、2a、2c、3a、3b、6a和6v等。1b基因型占約6

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本文編號：760801