本文關(guān)鍵詞：基于RNA-Seq技術(shù)的谷子新基因發(fā)掘及基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化

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【摘要】：盡管谷子(Setaria italica)全基因組序列圖譜已經(jīng)公布,但其基因注釋很不完善。為此,本文應(yīng)用RNA-Seq技術(shù)開(kāi)展了谷子新基因發(fā)掘和已注釋基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化工作。以‘晉谷21’谷子葉片為材料提取總RNA,構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)并利用Illumina HiSeq2500測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行雙端測(cè)序,最終獲得37 072 949條高質(zhì)量的干凈讀段(clean reads)。將其進(jìn)一步與‘豫谷1號(hào)’谷子參考基因組進(jìn)行序列比對(duì),鑒定出614個(gè)新基因。在此基礎(chǔ)上,利用COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和NR等數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)其進(jìn)行了功能注釋,獲得了438個(gè)新基因的注釋信息。此外,還優(yōu)化了7 175個(gè)已注釋基因的結(jié)構(gòu),延伸了4 330個(gè)基因的5′端和5 362個(gè)基因的3′端。本研究旨在為后續(xù)谷子功能基因組學(xué)研究和其他生物基因組注釋信息的完善提供有益的借鑒。
【作者單位】： 山西農(nóng)業(yè)大學(xué)文理學(xué)院;山西農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)院;山西農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)生物工程研究所;雜糧種質(zhì)資源發(fā)掘與遺傳改良山西省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 谷子 RNA-Seq 轉(zhuǎn)錄組 新基因發(fā)掘 基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31471502、31371693和31471556) 山西省回國(guó)留學(xué)人員科研資助項(xiàng)目(2015-067) 山西省留學(xué)回國(guó)人員科技活動(dòng)擇優(yōu)資助項(xiàng)目(2014-11) 山西省自然科學(xué)基金(201601D011071)~~
【分類號(hào)】：S515
【正文快照】： 收稿2016-04-22修定2016-06-21資助國(guó)家自然科學(xué)基金(31471502、31371693和31471556)、山西省回國(guó)留學(xué)人員科研資助項(xiàng)目(2015-067)、山西省留學(xué)回國(guó)人員科技活動(dòng)擇優(yōu)資助項(xiàng)目(2014-11)和山西省自然科學(xué)基金(201601D011071)。谷子(Setaria italica)是禾本科(Poaceae)狗尾草屬一

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4 王sコ，

本文編號(hào)：727242