本文關(guān)鍵詞：面向新一代基因測序數(shù)據(jù)的拼接算法綜述

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【摘要】：針對新一代DNA測序數(shù)據(jù)存在reads長度短、高覆蓋度且存在錯誤數(shù)據(jù)等特點,研發(fā)滿足實際應(yīng)用的拼接軟件,是序列拼接領(lǐng)域迫切的研究課題。探討了全基因組序列拼接面臨的挑戰(zhàn),研究了主流的幾類拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各種算法的優(yōu)缺點和適用范圍,其中包括基于貪心圖算法、基于OLC圖算法、基于De Bruijn圖算法等,并根據(jù)不同的標準列舉了幾類拼接算法之間的差異性,最后對基因拼接算法在未來的研究給出了建議。
【作者單位】： 哈爾濱工業(yè)大學(xué)深圳研究生院智能感知與生物信息學(xué)創(chuàng)新團隊;深圳信息職業(yè)技術(shù)學(xué)院軟件學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 生物信息學(xué) 全基因組序列拼接 高通量基因測序
【基金】：2014年深圳市未來產(chǎn)業(yè)發(fā)展專項資金資助項目(CXZZ20140904154910774,JCYJ20140904154645958)
【分類號】：Q811.4
【正文快照】： 0引言生物信息學(xué)是一門新興的交叉學(xué)科,它基于數(shù)學(xué)、統(tǒng)計學(xué)、信息學(xué)、計算機科學(xué)和分子生物學(xué)等多個學(xué)科,目的是發(fā)展和利用先進的計算技術(shù)解決生物難題。生物信息學(xué)的主要研究方向在分子生物學(xué)領(lǐng)域中,分子生物學(xué)是指研究DNA、RNA、蛋白質(zhì)等大分子生物結(jié)構(gòu)的形態(tài)、特征及其相互

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