本文關(guān)鍵詞：胃癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析及蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

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【摘要】：目的分析胃癌和癌旁組織間差異表達(dá)基因的功能及其編碼蛋白的相互作用,篩選出胃癌相關(guān)的關(guān)鍵基因。方法從NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)公共數(shù)據(jù)平臺(tái)GEO(Gene Expression Omnibus)下載胃癌基因芯片數(shù)據(jù)GSE79973,采用R Bioconductor3.2.4軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析,輸出差異表達(dá)基因,并通過生物信息學(xué)工具DAVID、String、Cytoscape對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行生物學(xué)功能及其編碼蛋白的互作分析。結(jié)果通過分析GSE79973芯片數(shù)據(jù),一共獲得567個(gè)表達(dá)差異明顯的基因,其中表達(dá)上調(diào)的有384個(gè),表達(dá)下調(diào)的有183個(gè),這些基因主要富集于細(xì)胞外區(qū)、細(xì)胞外基質(zhì)、膠原蛋白、基底膜等,主要參與細(xì)胞增殖、周期以及粘附等生物學(xué)過程,并且在細(xì)胞外基質(zhì)受體、局部粘附以及細(xì)胞色素P450代謝等腫瘤相關(guān)通路明顯富集。初步鑒定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5為胃癌相關(guān)的關(guān)鍵基因。結(jié)論基因芯片結(jié)合生物信息學(xué)方法能夠有效分析胃癌和癌旁組織間差異表達(dá)基因,并篩選出胃癌相關(guān)的關(guān)鍵基因,為進(jìn)一步研究胃癌發(fā)病的分子機(jī)制提供指導(dǎo)。
【作者單位】： 廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第五醫(yī)院;
【關(guān)鍵詞】： 胃癌 基因芯片 差異表達(dá)基因 生物信息學(xué)
【基金】：廣東省教育廳特色創(chuàng)新類項(xiàng)目(編號(hào):2015KTSC0110);廣東省教育廳青年創(chuàng)新人才類項(xiàng)目(編號(hào):2015KQNCX127) 廣州市科創(chuàng)委2014年科技惠民專項(xiàng)項(xiàng)目(編號(hào):2014Y2-00092) 廣州市健康醫(yī)療協(xié)同創(chuàng)新重大專項(xiàng)二期擬立項(xiàng)項(xiàng)目(編號(hào):201508020262)
【分類號(hào)】：R735.2
【正文快照】： 胃癌是常見的惡性腫瘤之一,發(fā)病率和致死率居各種惡性腫瘤前列[1]。胃癌的發(fā)病是個(gè)復(fù)雜的生物學(xué)過程,包含多個(gè)基因共同作用、各種腫瘤相關(guān)通路的激活,并伴隨著復(fù)雜的分子機(jī)制[2]。傳統(tǒng)的針對(duì)單個(gè)或數(shù)個(gè)基因與腫瘤相關(guān)性及生物學(xué)功能的研究雖然能夠發(fā)現(xiàn)某些基因在腫瘤形成過程

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