本文關(guān)鍵詞：中國三個黃牛品種ASB-3基因多態(tài)性及其遺傳效應(yīng)與mRNA表達(dá)研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：ASB-3是ASB基因家族18個成員中的一員,可通過負(fù)調(diào)控TNF-R2蛋白抑制TNF-R2 JNK的信號傳導(dǎo),對JNK-STAT信號通路進(jìn)行負(fù)調(diào)控。據(jù)報道通過日本和牛同安格斯牛雜交一代全基因組測序發(fā)現(xiàn),ASB-3對背部脂肪生長影響顯著。此外,ASB-3涉及機(jī)體自身免疫調(diào)節(jié)過程,并且有可能通過調(diào)控相關(guān)功能基因的表達(dá),影響肌間脂肪含量等目標(biāo)性狀表達(dá)的廣度和深度,進(jìn)而影響家畜生長發(fā)育。因此,ASB-3基因可作為黃牛育種的候選基因?qū)S牛育種進(jìn)行操作。但是,目前有關(guān)ASB-3基因在不同組織中的表達(dá)情況及其遺傳變異對牛生長發(fā)育產(chǎn)生的效應(yīng)等相關(guān)研究還十分匱乏。因此,本試驗通過研究ASB-3基因在秦川牛各組織中的表達(dá)差異,檢測該基因在秦川牛、晉南牛和夏南牛中的遺傳變異,分析這些變異與生長性狀的關(guān)聯(lián)性,以期找到可用于肉牛選育的分子標(biāo)記,為將其運(yùn)用到肉牛新品系或品種的培育提供理論依據(jù)。1、ASB3基因遺傳變異研究利用DNA池混合測序、Tetra-primer ARMS-PCR和PCR-RFLP技術(shù),檢測了秦川牛、晉南牛和夏南牛三個品種共637個個體ASB-3基因的遺傳多態(tài)性,得到四個突變位點(diǎn),分別位于第一內(nèi)含子的SNP g.C41255T,第二內(nèi)含子的SNP g.G74754A,第三內(nèi)含子的SNP g.T75438C,第九外顯子的SNP g.C115213T。其中g(shù).C41255T,g.G74754A,g.T75438C為同義突變,g.C115213T為錯義突變(ProSer)。經(jīng)過PIC、He和Ne等遺傳多態(tài)性指標(biāo)分析,結(jié)果顯示,ASB-3基因的4個突變位點(diǎn)在群體中都處于中度多態(tài),所以多態(tài)信息較豐富,育種潛力大。連鎖不平衡的分析顯示,三個黃牛品種中晉南牛SNP1分別與SNP3和SNP4之間存在中度連鎖,SNP3和SNP4之間存在強(qiáng)連鎖關(guān)系。單倍型分析發(fā)現(xiàn),其單倍型出現(xiàn)的種數(shù)和頻率在品種間不同并且其分布頻率也存在差異。2、三個黃牛品種的ASB-3基因多態(tài)與生長性狀關(guān)聯(lián)分析對ASB-3基因4個多態(tài)位點(diǎn)分別與三個黃牛品種的生長性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn):SNP1位點(diǎn)與秦川牛的體高顯著相關(guān),TT為優(yōu)勢基因型;SNP2位點(diǎn)與夏南牛的體長、秦川牛的十字部高顯著相關(guān)AA為優(yōu)勢基因型;SNP3與夏南牛的十字部高顯著相關(guān),TT為優(yōu)勢基因型;SNP4位點(diǎn)與夏南牛的體高、晉南牛的十字部高顯著相關(guān)優(yōu)勢基因型分別為TC和TT。組合基因型僅與成年秦川牛的坐骨端寬有顯著相關(guān),并且組合基因型為CTAGCTCC的秦川牛表型性狀最優(yōu)。結(jié)果表明,可通過選擇TT、AA等優(yōu)勢基因型進(jìn)行對應(yīng)牛品種的早期選育。3、秦川牛ASB-3基因組織表達(dá)譜分析運(yùn)用Real-time PCR技術(shù)對ASB-3基因在秦川牛不同時期(胎牛、成年牛)、不同組織(心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、腸、肌肉、脂肪)中的表達(dá)情況進(jìn)行檢測。結(jié)果顯示,ASB-3基因在秦川牛胎牛和成年牛組織中廣泛表達(dá),且各個時期組織間差異表達(dá)二個不同生長發(fā)育時期相比ASB-3基因在肝臟和肌肉組織中表達(dá)差異顯著。4、遺傳變異對秦川牛ASB-3基因表達(dá)的影響分別選擇60頭健康的秦川牛胎牛和26頭秦川牛成年牛,采取其肌肉組織,利用Tetra-primer ARMS-PCR技術(shù)對每頭個體進(jìn)行SNPs分型,運(yùn)用Real-time PCR技術(shù)檢測ASB-3基因的表達(dá)情況,并分析不同基因型的個體中ASB-3基因表達(dá)量之間的差異。分別比較SNP1,SNP2和SNP3三個位點(diǎn)每個基因型中ASB-3表達(dá)量在兩個時期中的差異,發(fā)現(xiàn)胎牛時期的表達(dá)量均高于成年牛時期。通過比較同一生長時期不同基因型ASB-3基因表達(dá)量,研究發(fā)現(xiàn),在秦川牛的胎牛時期,SNP1位點(diǎn)中CT基因型與CC基因型之間與TT基因型之間表達(dá)量有顯著差異;SNP4位點(diǎn)中CT基因型與CC基因型之間表達(dá)差異顯著。在秦川牛的成年牛時期,雖然各個位點(diǎn)的基因型之間表達(dá)差異不顯著,但是SNP1,SNP2和SNP4三個位點(diǎn)的CT基因型ASB-3基因的表達(dá)量都高于CC和TT基因型,與這三個位點(diǎn)的各個基因型與體尺性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果一致,推斷SNP1和SNP3的突變對秦川牛的胸圍,胸深,胸寬等體尺性狀的生長有利,而SNP4是不利突變。結(jié)果表明,本研究中發(fā)現(xiàn)的SNP1、SNP3和SNP4三個位點(diǎn)可能通過DNA→RNA→表型的傳遞效應(yīng),改變該基因在肌肉組織中的表達(dá)量,影響其對肌肉或脂肪發(fā)育的調(diào)控作用,從而影響牛的生長性狀。
【關(guān)鍵詞】：牛 ASB-3基因 生長性狀 關(guān)聯(lián)分析 表達(dá)量
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S823.81
【目錄】：

• 摘要6-8
• abstract8-13
• 文獻(xiàn)綜述13-19
• 第一章 相關(guān)研究進(jìn)展13-19
• 1.1 中國肉黃牛資源與肉牛產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀13
• 1.2 分子遺傳標(biāo)記概述13-14
• 1.3 Tetra- primer ARMS-PCR技術(shù)的應(yīng)用14-16
• 1.3.1 Tetra-primer ARMS-PCR概述14-15
• 1.3.2Tetra-primer ARMS-PCR技術(shù)原理15
• 1.3.3 Tetra-primer ARMS-PCR研究進(jìn)展15-16
• 1.4 ASB-3 及家族基因概況16-17
• 1.4.1 ASB基因家族概況16-17
• 1.4.2 ASB-3 的研究現(xiàn)狀17
• 1.5 選題的目的意義17-19
• 試驗研究19-50
• 第二章 三個黃牛品種ASB-3 基因的多態(tài)性及其遺傳效應(yīng)的研究19-41
• 2.1 試驗材料和方法19-23
• 2.1.1 試驗材料19-20
• 2.1.2 試驗方法20-23
• 2.2 結(jié)果與分析23-38
• 2.2.1 混合DNA池測序結(jié)果23-24
• 2.2.2 牛ASB-3 基因SNPs位點(diǎn)分型24-25
• 2.2.3 牛ASB-3 基因SNPs位點(diǎn)群體遺傳學(xué)分析25-27
• 2.2.4 牛ASB-3 基因SNPs位點(diǎn)單倍型與連鎖不平衡分析27-29
• 2.2.5 ASB-3 基因SNPs位點(diǎn)體尺性狀的關(guān)聯(lián)分析29-34
• 2.2.6 秦川牛、晉南牛和夏南牛ASB-3 基因SNPs組合基因型與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析34-38
• 2.3 討論38-40
• 2.3.1 黃牛ASB-3 基因SNPs位點(diǎn)的分析38
• 2.3.2 三個黃牛品種ASB-3 的多態(tài)位點(diǎn)的群體遺傳學(xué)分析38
• 2.3.3 ASB-3 基因的單倍型及連鎖不平衡分析38-39
• 2.3.4 ASB-3 基因多態(tài)位點(diǎn)與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析39-40
• 2.4 小結(jié)40-41
• 第三章 秦川牛ASB-3 基因組織表達(dá)規(guī)律研究41-50
• 3.1 試驗材料與方法41-42
• 3.1.1 試驗材料41
• 3.1.2 試驗方法41-42
• 3.2 結(jié)果與分析42-48
• 3.2.1 組織RNA和DNA質(zhì)量及Real-time PCR引物特異性檢測結(jié)果42-43
• 3.2.2 秦川牛ASB-3 基因組織的時空表達(dá)43-44
• 3.2.3 遺傳變異對秦川牛ASB-3 基因表達(dá)的影響44-48
• 3.3 討論48-49
• 3.4 小結(jié)49-50
• 結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn)50-51
• 參考文獻(xiàn)51-55
• 附錄55-66
• 縮略詞66-67
• 致謝67-68
• 作者簡介68

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本文編號：479611