唾液腺腺樣囊性癌(salivary adenoid cystic carcinoma,SACC)的嗜神經(jīng)侵襲(perineural invasion,PNI)特性非常獨(dú)特,與其它頭頸部腫瘤常見(jiàn)的生物學(xué)特征不相符。近些年不斷有學(xué)者提出腫瘤的研究應(yīng)在全基因組層面上研究所有基因的相互作用,從而對(duì)腫瘤有全面系統(tǒng)的認(rèn)識(shí)。而傳統(tǒng)的基因芯片(genechip)分析依賴于已知的基因組信息,這也是該技術(shù)的最大局限。RNA-seq技術(shù)可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄本、遺傳多態(tài)性(genetic polymorphism)以及基因融合(gene fusion),而基因芯片只能檢出明確的已知目標(biāo)。如果測(cè)序深度足夠,RNA-seq技術(shù)相比于基因芯片更能高效的檢測(cè)出高豐度以及低豐度的轉(zhuǎn)錄本。目前RNA-seq技術(shù)被廣泛運(yùn)用到分析差異表達(dá)基因(differential gene express,DGE),研究可變剪切(alternative splicing)以及發(fā)現(xiàn)新轉(zhuǎn)錄本(transcript)等方面,其相對(duì)于傳統(tǒng)的測(cè)序方法具有壓倒性優(yōu)勢(shì)。并且隨著第二代測(cè)序技術(shù)的成熟、發(fā)展以及未來(lái)測(cè)序成本的進(jìn)一步降低,RNA-seq技術(shù)的應(yīng)...

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.差異基因火山圖和聚類熱圖

在施萬(wàn)細(xì)胞單獨(dú)培養(yǎng)組與共培養(yǎng)組之間發(fā)現(xiàn)1239個(gè)差異基因(p-value≤0.05,|logFC|≥1.0),其內(nèi)有757個(gè)基因上調(diào)(61%),482個(gè)基因下調(diào)(39%)。前20個(gè)差異表達(dá)基因見(jiàn)表3。繪制火山圖以展示差異顯著性基因的整體分布情況(圖1C)。使用層次聚類對(duì)樣本的表....

圖2.SACC-83細(xì)胞共培養(yǎng)前后差異表達(dá)基因GO功能富集分析

SACC-83細(xì)胞共培養(yǎng)前后差異表達(dá)基因GO富集的分子功能(圖2A)主要包括糖胺聚糖結(jié)合、含硫化物結(jié)合和肝素結(jié)合等;富集的細(xì)胞成分(圖2B)主要包括細(xì)胞外基質(zhì)以及蛋白質(zhì)的細(xì)胞外基質(zhì)等;富集的生物過(guò)程(圖2C)主要有上皮的形態(tài)發(fā)生、橫紋肌發(fā)生、肌肉發(fā)育、血管生成及再生等。圖2D為G....

圖3.SACC-83細(xì)胞共培養(yǎng)前后差異表達(dá)基因KEGG通路富集分析

SACC-83細(xì)胞共培養(yǎng)前后KEGG富集分析結(jié)果(圖3)顯示嗜神經(jīng)侵襲相關(guān)差異基因參與了很多機(jī)體重要生物學(xué)通路,包括細(xì)胞因子受體相互作用、Wnt信號(hào)通路、組氨酸、酪氨酸代謝、黏著斑、代謝通路、癌癥通路、趨化因子信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路等。在細(xì)胞因子受體相互作用這一生物學(xué)過(guò)程中,我們發(fā)現(xiàn)與施萬(wàn)....

圖4.施萬(wàn)細(xì)胞共培養(yǎng)前后差異表達(dá)基因GO功能富集分析

施萬(wàn)細(xì)胞共培養(yǎng)前后差異表達(dá)基因GO富集的有向無(wú)環(huán)圖(DirectedAcyclicGraph,DAG)(圖4A,B)是以圖形化方式來(lái)展示差異基因的GO富集分析結(jié)果。DAG圖的分支從上到下定義的范圍越來(lái)越小,代表了包含關(guān)系。DAG圖的主節(jié)點(diǎn)選取GO富集結(jié)果前十位,顏色越深富集程....

本文編號(hào)：4050055