目的:（1）通過生物信息學(xué)分析方法篩選與肝細胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）發(fā)生和發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因及信號通路,并預(yù)測其生物學(xué)功能;（2）通過對TCGA數(shù)據(jù)庫mRNA,miRNA和lncRNA基因表達數(shù)據(jù)譜及臨床數(shù)據(jù)的挖掘,構(gòu)建HCC的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),尋找與HCC發(fā)病、進展及生存相關(guān)的mRNA,miRNA和lncRNA,探討可能的分子機制。方法:（1）從NCBI GEO數(shù)據(jù)庫下載HCC芯片數(shù)據(jù)GSE54236、基因探針及平臺信息,整理并處理原始數(shù)據(jù)后利用R語言的“l(fā)imma”包篩選差異基因（differential expression genes,DGEs）,設(shè)定閾值為（logFC≥2且P<0.05）。通過“gplot”程序包中的“heatmap.2”函數(shù)繪制HCC樣本與正常樣本的聚類熱圖和火山圖;利用STRING 10.5數(shù)據(jù)庫構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),篩選節(jié)點數(shù)最多的前30個基因作為候選基因;采用GO本體分析、KEGG分析對DGEs進行生物學(xué)功能和通路富集的探索;（2）從TCGA數(shù)據(jù)庫的GDC上下載HCC轉(zhuǎn)錄組的Manifest數(shù)據(jù)、Metadata...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

蘭州大學(xué)碩士學(xué)位論文基于生物信息學(xué)肝細胞癌關(guān)鍵基因的篩選與ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

圖2.4互作網(wǎng)絡(luò)鄰接基因數(shù)目柱狀圖.3肝細胞癌差異基因的GO分析結(jié)果肝細胞癌差異基因GO分析的有向無環(huán)圖本研究中的GO分析是通過cytoscape軟件下的“BINGO”插件實現(xiàn)的插件下設(shè)置重要性水平為0.05、物種為“HomoSapiens”以及GO....

圖2.10PPAR信號通路圖表2.4差異基因的GO和KEGG分析結(jié)果列表OGGTermsIDDescriptionGenesGeneRatioPGO:0007067mitoticnucleardivisionNEK2,ANLN,AURKA,CE....

圖3.1TCGA數(shù)據(jù)庫GDC下載界面3.2.2研究方法利用R語言的“edgeR”包提取mRNA和miRNA的DGEs進行差異分析，將閾值設(shè)置為（|logFC|>2.0且P<0.01）。根據(jù)ceRNA理論即lncRNA與內(nèi)源性m....

本文編號：4008762