肺腺癌基因表達譜分析及CDC20、TOP2A表達的臨床意義
發(fā)布時間:2024-06-28 00:08
目的:肺腺癌(ADC),作為非小細胞肺癌(NSCLC)的一個組織學亞型,占所有肺癌確診病例的40%,也是肺癌中最常見的組織學類型。本研究通過對GEO及TCGA肺腺癌基因表達譜的分析,挖掘出與肺腺癌預后負相關(guān)的中樞上調(diào)基因,并且對其進行m RNA水平及蛋白水平的驗證,本研究的目的在于找出新的肺腺癌生物學標記物及潛在的分子治療靶點,以改善肺腺癌患者的生存質(zhì)量。方法:本研究分為生物信息學分析及實驗驗證兩部分。第一部分中,我們從GEO數(shù)據(jù)庫下載了三個肺腺癌數(shù)據(jù)集的基因表達譜-GSE10072(腫瘤58例,正常49例)、GSE43458(腫瘤80例,正常30例)、GSE83213(腫瘤11例,正常46例),我們還通過RTCGA數(shù)據(jù)包在R語言環(huán)境中下載了TCGA肺腺癌數(shù)據(jù)集的基因表達譜(腫瘤517例,正常59例)。然后我們運用limma包及edge R分別對GEO的三個數(shù)據(jù)集及TCGA數(shù)據(jù)集進行了差異基因的篩選,并運用STRING數(shù)據(jù)庫及Cytoscape可視化工具挑選出了一系列中樞上調(diào)基因。將這些中樞上調(diào)基因在TCGA中做了生存分析,最終得到了與患者預后負相關(guān)的中樞上調(diào)基因。第二部分中,我們將第...
【文章頁數(shù)】:85 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
本文編號:3996146
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圖1.1反映四個數(shù)據(jù)集中差異基因的火山圖
天津醫(yī)科大學碩士學位論文越明顯。由圖1可見三個GEO數(shù)據(jù)集中的上下調(diào)基因分布較為均勻,而TCG數(shù)據(jù)集中的上調(diào)基因較下調(diào)基因多,且差異倍數(shù)也較為明顯。圖1.2為每個數(shù)集篩選得到的差異基因熱圖(TCGA的熱圖因基因太多故只展示了前50個基因其橫坐標為樣本名稱,縱坐....
圖1.2反映四個數(shù)據(jù)集中差異表達基因的熱圖
圖1.3反映四個數(shù)據(jù)集共同上下調(diào)基因的韋恩圖
圖1.3反映四個數(shù)據(jù)集共同上下調(diào)基因的韋恩圖表1.2在GSE10072、GSE43458、GSE83213和TCGA中篩選出的共同DEGsDEGsGenenamesUp-regulatedMMP7,CXCL13,COL1A1,F2RL1,TOX3,....
圖1.4Cytoscape篩選得到的中樞基因及篩選中樞上調(diào)基因的韋恩圖
15圖1.4Cytoscape篩選得到的中樞基因及篩選中樞上調(diào)基因的韋恩圖
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