從白樺轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出45條AP2/ERF家族蛋白,對(duì)其蛋白序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析和系統(tǒng)進(jìn)化分析。結(jié)果表明,白樺AP2/ERF蛋白除了分為AP2、ERF、RAV和soloist家族外,還有2條蛋白不屬于這些家族;不同組別白樺AP2/ERF蛋白在理化性質(zhì)上存在差異;白樺AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位點(diǎn),但含有磷酸化位點(diǎn)的數(shù)量和種類(lèi)上都有差異;白樺AP2/ERF蛋白大都定位在細(xì)胞核里,它們主要在細(xì)胞核中對(duì)下游基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄調(diào)控;同一家族蛋白具有相同的三級(jí)結(jié)構(gòu)及相同的motif,不同家族之間則存在差異。分析結(jié)果為白樺ERF基因功能研究提供參考。

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【部分圖文】：

圖1白樺和擬南芥AP2/ERF家族蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

對(duì)篩選出的45條白樺AP2/ERF蛋白序列和分布在AP2/ERF各家族的45條擬南芥蛋白序列進(jìn)行多序列比對(duì)及系統(tǒng)進(jìn)化分析(圖1)。與擬南芥的分類(lèi)結(jié)果相似,白樺AP2/ERF超家族蛋白在AP2家族、ERF家族、RAV家族和soloist家族中都有成員分布,ERF家族蛋白根據(jù)保守序列....

圖2不同家族AP2/ERF蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

由圖2可以看出DREB亞家族的A4、A5、A6和ERF亞家族的B1、B2、B3、B4、B5、B6組的三級(jí)結(jié)構(gòu)相似,都含有3個(gè)β折疊和1個(gè)α螺旋,因?yàn)樗鼈兺瑢儆贓RF家族,只含有1個(gè)AP2結(jié)構(gòu)域;AP2和RAV家族蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)較ERF家族復(fù)雜,因?yàn)锳P2家族含有2個(gè)AP2結(jié)....

圖3AP2結(jié)構(gòu)域的基序

通過(guò)MEME在線軟件分析白樺AP2/ERF家族蛋白序列motif,預(yù)期元件數(shù)量設(shè)置為5,搜索到5個(gè)AP2/ERF蛋白保守結(jié)構(gòu)域的motif(圖3)。其中motif1為RAYD,motif2為YRG,這2個(gè)motif是AP2/ERF家族蛋白的保守結(jié)構(gòu)域。除ERF36外的所有白樺....

圖4白樺AP2/ERF蛋白基序

圖3AP2結(jié)構(gòu)域的基序從圖4可以看出,除ERF38只包含motif1和motif2外,DREB亞家族的A4～A6組和ERF亞家族的B1～B6組蛋白都同時(shí)包含motif1、motif2和motif3。說(shuō)明ERF家族蛋白的保守結(jié)構(gòu)域相似。AP2家族成員都包含motif....

本文編號(hào)：3996078