Snail基因mRNA與結(jié)腸癌患者預(yù)后的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2024-04-27 04:21
目的:探討Snail在結(jié)直腸癌中的表達(dá)及其與患者預(yù)后的關(guān)系。方法:應(yīng)用生物信息分析工具比對TCGA數(shù)據(jù)庫中Snail基因mRNA在結(jié)直腸癌組織和癌旁組織中的表達(dá)水平;在STRING數(shù)據(jù)庫中構(gòu)建Snail蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),并對相關(guān)蛋白功能和KEGG信號通路進(jìn)行富集。同時,回顧性分析我院69例手術(shù)治療的結(jié)直腸癌患者資料,根據(jù)Snail表達(dá)水平分為高、低表達(dá)組,比較兩組患者總生存期(OS)和無疾病進(jìn)展生存期(DFS)的差異。采用免疫組織化學(xué)法檢測患者癌組織中Snail蛋白表達(dá)水平及其與患者臨床病理特征的關(guān)系。結(jié)果:結(jié)直腸癌組織Snail基因mRNA表達(dá)水平明顯高于癌旁組織;PDGFB基因與Snail呈正相關(guān)(r=0.624, P<0.05),SLC44A4基因與Snail呈負(fù)相關(guān)(r=–0.48, P<0.05)。Snail基因在生物學(xué)過程、細(xì)胞成分和分子功能方面分別富集于組蛋白H4脫乙酰化、ESC/E(Z)復(fù)合體和NAD依賴性組蛋白脫乙酰酶活性(H3-K14特異性)。KEGG信號通路富集于腫瘤相關(guān)信號通路、Notch信號通路、Wnt信號通路和結(jié)直腸癌相關(guān)信號通路等。生存分...
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本文編號:3965348
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圖1Snail基因在結(jié)直腸癌和其他腫瘤中的表達(dá)
Snail蛋白在膀胱、甲狀腺和脂肪組織中表達(dá)水平較高,而在胸腺和淋巴細(xì)胞中表達(dá)水平較低(圖1A);Snail基因在各種腫瘤組織中的表達(dá)差異并不明顯(圖1B);在結(jié)直腸癌患者中,癌組織Snail基因表達(dá)水平明顯高于對應(yīng)的癌旁組織(圖1C)。但Snail表達(dá)水平在不同臨床分期結(jié)直腸癌....
圖2與Snail蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)信號通路網(wǎng)絡(luò)(PPI)
Snail及其相關(guān)基因生物學(xué)過程主要富集于組蛋白H4脫乙;、受體生物合成過程的正調(diào)控、受體生物合成過程的正調(diào)控等;細(xì)胞成分主要富集于ESC/E(Z)復(fù)合體、Sin3絡(luò)合物、轉(zhuǎn)錄抑制復(fù)合物等;分子功能主要富集于NAD依賴性組蛋白脫乙酰酶活性(H3-K14特異性)、組蛋白脫乙酰酶活....
圖3Snail基因共表達(dá)分析熱圖
圖2與Snail蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)信號通路網(wǎng)絡(luò)(PPI)圖4Snail共表達(dá)正負(fù)相關(guān)基因散點圖
圖4Snail共表達(dá)正負(fù)相關(guān)基因散點圖
圖3Snail基因共表達(dá)分析熱圖2.5KEGG信號通路
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