目的研究阿爾茨海默病患者外周血差異基因的分子功能分類、生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)調(diào)控特征及關(guān)鍵節(jié)點,為阿爾茨海默病的臨床早期診斷和防治提供新方法和新思路。方法從基因芯片公共數(shù)據(jù)庫GEO中下載阿爾茨海默病患者外周血的基因芯片數(shù)據(jù),采用PANTHER在線平臺對40個差異表達基因進行GO分析,包括基因類別、分子功能、生物學(xué)過程及信號通路分析,使用在線分析軟件STRING對差異表達基因進行生物信息學(xué)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析,尋找關(guān)鍵節(jié)點基因及其相互作用關(guān)系。結(jié)果 20個明顯下調(diào)的差異基因主要與機體防御/免疫功能、細胞黏附及能量代謝功能相關(guān),與丙酮酸代謝信號通路相關(guān),蛋白相互作用拓撲網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點ATP6V1F、PIGQ、GLO1分別與能量代謝、信號傳導(dǎo)、氧化應(yīng)激子網(wǎng)絡(luò)有關(guān)。而20個明顯上調(diào)的差異基因主要與氧化還原、代謝過程及細胞轉(zhuǎn)運功能相關(guān),蛋白相互作用拓撲網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點OGT、GYG1、UXS1、ATP2A2分別與分別與糖基化修飾、糖原合成、葡萄糖醛酸酯合成及ATP能量代謝子網(wǎng)絡(luò)有關(guān)。結(jié)論阿爾茨海默病的發(fā)病機理與外周血中的ATP6V1F、PIGQ、GLO1、OGT、GYG1、UXS1及ATP2A2等基因的變化密切相...

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圖1下調(diào)基因的PPI相互作用拓撲網(wǎng)絡(luò)

如圖3所示,STRING蛋白相互作用在線分析結(jié)果表明,上調(diào)的20個基因表達的蛋白之間存在相互作用關(guān)系,構(gòu)成的蛋白拓撲網(wǎng)絡(luò)中包含5個子網(wǎng)絡(luò),分別與糖基化修飾、糖原合成、丙三醇代謝、葡萄糖醛酸酯合成及ATP能量代謝密切相關(guān)。其中,OGT為糖基化修飾相關(guān)子網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵節(jié)點,與子網(wǎng)絡(luò)中的其....

圖3上調(diào)基因的PPI網(wǎng)絡(luò)

圖2下調(diào)基因及上調(diào)基因的相互作用團簇2.3.2下調(diào)基因的生物學(xué)過程及信號通路分析結(jié)果

圖2下調(diào)基因及上調(diào)基因的相互作用團簇

PANTHER平臺蛋白分類結(jié)果表明,下調(diào)基因表達的蛋白可分為8個類別,每種類別包含的基因及占總基因數(shù)量的百分比見表3。PANTHER平臺分子功能分類結(jié)果表明,下調(diào)基因的分子功能可分為4個類別,每種分子功能包含的基因及占總基因數(shù)量的百分比見表4。圖3上調(diào)基因的PPI網(wǎng)絡(luò)

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