發(fā)布時間：2024-02-28 09:52

　　目的:通過生物信息學分析篩選與肝癌預后有關的miRNA及其調控的靶基因,為開發(fā)肝癌新的預后標志物及治療策略提供新思路。方法:利用來自TCGA數(shù)據(jù)庫中肝癌的miRNA表達數(shù)據(jù)、mRNA表達數(shù)據(jù)和臨床預后數(shù)據(jù),利用R軟件中的limma包和survival包對miRNA進行差異表達分析和預后分析,利用多個數(shù)據(jù)庫對具有預后意義的miRNA進行靶基因預測并降維得到高置信度的靶基因集,對所有靶基因進行GO、KEGG和蛋白進行互作網(wǎng)絡分析;對篩選出來的樞紐基因在肝癌中的預后意義進行分析,并對其激酶靶點進行預測。結果:通過差異分析和預后分析篩選出4個可以作為肝癌預后標志物的miRNA;通過進一步預測其靶基因并結合蛋白互作網(wǎng)絡分析,得到3個樞紐基因,其中EZH2可以作為肝癌的預后標志物;靶基因的富集分析表明基因主要富集在血管生成、RNA聚合酶Ⅱ啟動子轉錄調控、粘著斑通路等方面。結論:從本研究中挖掘出4個miRNA可以作為肝癌的潛在預后標志物,同時在其調控靶基因網(wǎng)絡中SRC、EZH2和PRKCA是重要的調控結點,且EZH2作為肝癌潛在預后標志物具有較好的研究價值。

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

圖1肝癌中miRNA和mRNA的差異基因分析

對肝癌中miRNA和mRNA在癌組織和癌旁組織的表達數(shù)據(jù)進行差異分析,共得到5800個差異表達mRNA和130個差異表達miRNA。其中表達上調的mRNA4726個,表達下調的mRNA1076個(圖1-A);而差異表達的miRNA中,38個表達上調,97個表達出現(xiàn)下調(....

圖25個表達上調miRNA的生存分析曲線

為進一步篩選在肝癌中具有預后意義的miRNA,我們對篩選得到的差異表達miRNA進行Kaplan-Meier生存分析,篩選獲得25個具有預后意義的miRNA(log-ranktest,P<0.05),其中5個在肝癌中表達上調。分別為hsa-miR-9-5p、hsa-miR-13....

圖3韋恩圖展示5個miRNA靶基因

通過使用miRDB、TargetScan、StarBase這3個miRNA數(shù)據(jù)庫的預測結果,得到由4個miRNA調控的靶基因。為進一步篩選在肝癌中具有差異表達意義的靶基因,結合mRNA的差異分析結果,最終得到235個差異表達的靶基因,其中hsa-miR-1180-3p調控7個,h....

圖4靶基因集GO富集分析和kegg通路富集分析

我們對235個差異表達的靶基因進行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,GO分析結果顯示,靶基因主要富集于血管生成和RNA聚合酶Ⅱ啟動子轉錄調控(BP),細胞核和內(nèi)質網(wǎng)(CC),DNA序列特異性結合和轉錄激活因子活性調控(MF)。KEGG通路富集分析結果表明,基因主要在上皮細胞....

本文編號：3913680