前列腺癌是男性泌尿生殖系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤之一,我國相較于歐美發(fā)達國家,是前列腺癌低發(fā)區(qū),但是近年來中國男性的前列腺癌發(fā)病率呈明顯上升趨勢,已經(jīng)成為了危害我國中老年男性的重要疾病之一。前列腺癌是一種由多基因多水平共同作用的復(fù)雜疾病。傳統(tǒng)生物學(xué)研究無法在整體上揭示DNA、RNA和蛋白質(zhì)組成的生物分子復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在前列腺癌發(fā)生進展中的作用。近年來,海量高通量數(shù)據(jù)的產(chǎn)生和權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)等生物網(wǎng)絡(luò)分析法的應(yīng)用提供了一個從宏觀而全面的角度解析疾病中復(fù)雜相互作用網(wǎng)絡(luò)的解決方案。我們分別以權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析方法構(gòu)建發(fā)生風(fēng)險相關(guān)網(wǎng)絡(luò)與進展風(fēng)險相關(guān)網(wǎng)絡(luò),共得到七個發(fā)生風(fēng)險模塊和一個進展風(fēng)險模塊。其中,七個發(fā)生風(fēng)險模塊參與的通路和生物學(xué)過程主要是腫瘤血管生成、細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期與細(xì)胞修復(fù)、m RNA的加工處理、藥物代謝、DNA修復(fù)、蛋白質(zhì)的修飾加工、消化腺分泌調(diào)節(jié)。進展風(fēng)險模塊主要參與了細(xì)胞周期、細(xì)胞分裂和細(xì)胞修復(fù)過程。對比其差異表達基因的富集結(jié)果,模塊富集到的通路和生物學(xué)過程更具體細(xì)致,有助于深入了解不同表達模式的基因在癌癥中的具體作用。在七個發(fā)生風(fēng)險模塊中與癌癥發(fā)生風(fēng)險相關(guān)程度最高(cor=-...

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
abstract
英文縮寫詞表
第一章 緒論
    1.1 前言
    1.2 前列腺癌與轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
        1.2.2 前列腺癌中的轉(zhuǎn)錄組研究進展
    1.3 WGCNA理論基礎(chǔ)
    1.4 GO以及KEGG生物學(xué)富集分析
        1.4.1 GO功能注釋
        1.4.2 KEGG通路分析
    1.5 論文結(jié)構(gòu)和研究的目的
第二章 前列腺癌癥RNA-seq數(shù)據(jù)預(yù)處理和差異分析
    2.1 數(shù)據(jù)來源
    2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.3 樣本差異分析
    2.4 差異基因的富集分析結(jié)果
    2.5 小結(jié)
第三章 權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析
    3.1 權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析
        3.1.1 去除離群值
        3.1.2 選擇無尺度分布參數(shù)
        3.1.3 計算拓?fù)渲丿B矩陣以及剪切模塊
        3.1.4 權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系
        3.1.5 選定模塊的樞紐基因
    3.2 發(fā)生風(fēng)險相關(guān)權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果
        3.2.1 離群值剔除
        3.2.2 軟閾值篩選
        3.2.3 基因模塊確定
        3.2.4 發(fā)生風(fēng)險權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系
        3.2.5 發(fā)生風(fēng)險顯著相關(guān)模塊的富集分析
        3.2.6 模塊顯著性分析
        3.2.7 發(fā)生風(fēng)險模塊的基因顯著性與模塊身份的關(guān)聯(lián)性
        3.2.8 發(fā)生風(fēng)險模塊的樞紐基因的篩選
        3.2.9 發(fā)生風(fēng)險模塊的樞紐基因的驗證
        3.2.10 小結(jié)
    3.3 進展風(fēng)險相關(guān)基因表達網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果
        3.3.1 離群值剔除
        3.3.2 軟閾值篩選
        3.3.3 基因模塊確定
        3.3.4 進展風(fēng)險權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系
        3.3.5 進展風(fēng)險顯著相關(guān)模塊的富集分析
        3.3.6 進展風(fēng)險顯著相關(guān)模塊樞紐基因的篩選
        3.3.7 進展風(fēng)險顯著相關(guān)模塊樞紐基因的驗證
        3.3.8 進展風(fēng)險顯著相關(guān)模塊樞紐基因預(yù)后分析
        3.3.9 小結(jié)
    3.4 聯(lián)合分析發(fā)生風(fēng)險模塊和進展風(fēng)險相關(guān)模塊
        3.4.1 前列腺癌發(fā)生和進展共有基因的富集分析結(jié)果
        3.4.2 小結(jié)
第四章 結(jié)論
參考文獻
作者簡介及在學(xué)期間所取得的科研成果
致謝



本文編號：3852387