前列腺癌是男性泌尿生殖系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤之一,我國相較于歐美發(fā)達(dá)國家,是前列腺癌低發(fā)區(qū),但是近年來中國男性的前列腺癌發(fā)病率呈明顯上升趨勢,已經(jīng)成為了危害我國中老年男性的重要疾病之一。前列腺癌是一種由多基因多水平共同作用的復(fù)雜疾病。傳統(tǒng)生物學(xué)研究無法在整體上揭示DNA、RNA和蛋白質(zhì)組成的生物分子復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在前列腺癌發(fā)生進(jìn)展中的作用。近年來,海量高通量數(shù)據(jù)的產(chǎn)生和權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)等生物網(wǎng)絡(luò)分析法的應(yīng)用提供了一個(gè)從宏觀而全面的角度解析疾病中復(fù)雜相互作用網(wǎng)絡(luò)的解決方案。我們分別以權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析方法構(gòu)建發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)網(wǎng)絡(luò)與進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)網(wǎng)絡(luò),共得到七個(gè)發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊和一個(gè)進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)模塊。其中,七個(gè)發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊參與的通路和生物學(xué)過程主要是腫瘤血管生成、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期與細(xì)胞修復(fù)、m RNA的加工處理、藥物代謝、DNA修復(fù)、蛋白質(zhì)的修飾加工、消化腺分泌調(diào)節(jié)。進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)模塊主要參與了細(xì)胞周期、細(xì)胞分裂和細(xì)胞修復(fù)過程。對(duì)比其差異表達(dá)基因的富集結(jié)果,模塊富集到的通路和生物學(xué)過程更具體細(xì)致,有助于深入了解不同表達(dá)模式的基因在癌癥中的具體作用。在七個(gè)發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊中與癌癥發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)程度最高(cor=-...

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
abstract
英文縮寫詞表
第一章 緒論
    1.1 前言
    1.2 前列腺癌與轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)
        1.2.2 前列腺癌中的轉(zhuǎn)錄組研究進(jìn)展
    1.3 WGCNA理論基礎(chǔ)
    1.4 GO以及KEGG生物學(xué)富集分析
        1.4.1 GO功能注釋
        1.4.2 KEGG通路分析
    1.5 論文結(jié)構(gòu)和研究的目的
第二章 前列腺癌癥RNA-seq數(shù)據(jù)預(yù)處理和差異分析
    2.1 數(shù)據(jù)來源
    2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.3 樣本差異分析
    2.4 差異基因的富集分析結(jié)果
    2.5 小結(jié)
第三章 權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
    3.1 權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
        3.1.1 去除離群值
        3.1.2 選擇無尺度分布參數(shù)
        3.1.3 計(jì)算拓?fù)渲丿B矩陣以及剪切模塊
        3.1.4 權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系
        3.1.5 選定模塊的樞紐基因
    3.2 發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果
        3.2.1 離群值剔除
        3.2.2 軟閾值篩選
        3.2.3 基因模塊確定
        3.2.4 發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系
        3.2.5 發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)模塊的富集分析
        3.2.6 模塊顯著性分析
        3.2.7 發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊的基因顯著性與模塊身份的關(guān)聯(lián)性
        3.2.8 發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊的樞紐基因的篩選
        3.2.9 發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊的樞紐基因的驗(yàn)證
        3.2.10 小結(jié)
    3.3 進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果
        3.3.1 離群值剔除
        3.3.2 軟閾值篩選
        3.3.3 基因模塊確定
        3.3.4 進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)與臨床信息的聯(lián)系
        3.3.5 進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)模塊的富集分析
        3.3.6 進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)模塊樞紐基因的篩選
        3.3.7 進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)模塊樞紐基因的驗(yàn)證
        3.3.8 進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)模塊樞紐基因預(yù)后分析
        3.3.9 小結(jié)
    3.4 聯(lián)合分析發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)模塊和進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)模塊
        3.4.1 前列腺癌發(fā)生和進(jìn)展共有基因的富集分析結(jié)果
        3.4.2 小結(jié)
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
作者簡介及在學(xué)期間所取得的科研成果
致謝



本文編號(hào)：3852387