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清水江斑鱖COI基因序列分析

發(fā)布時間:2023-05-14 19:13
  為了解清水江斑鱖的遺傳多樣性,試驗采集清水江凱里江段和天柱江段2個站點的斑鱖種群個體51尾,利用PCR擴增技術(shù)進行細胞色素氧化酶I亞基(COI)基因測序分析。結(jié)果:51個斑鱖樣品中,COI基因序列長度為962 bp,共檢測到9個多態(tài)位點,保守位點952個。其中轉(zhuǎn)換、顛換的位點數(shù)分別有7個和2個,不存在轉(zhuǎn)換與顛換共存的基因位點;堿基A+T和C+G的平均含量分別為53.3%和46.7%。清水江斑鱖單倍型多樣度為0.650 20,平均遺傳距離為0.002 6。凱里江段斑鱖樣品中核苷酸多樣性為0.001 09,平均核苷酸差異數(shù)為1.049 23;天柱江段斑鱖樣品中核苷酸多樣性為0.001 31,平均核苷酸差異數(shù)為1.260 00。51尾個體中包含9個單倍型,2個江段群體間存在共有同一單倍型的情況。在構(gòu)建的鄰接系統(tǒng)進化樹中,51個斑鱖樣品聚為1支,且置信度高,親緣關(guān)系很接近;與另外8支參照斑鱖歸為1支,親緣關(guān)系較近。結(jié)論:清水江斑鱖的遺傳多樣性較為豐富,且2個群體的遺傳譜系更接近于洞庭湖和鄱陽湖的斑鱖群體;其中天柱江段斑鱖的遺傳多樣性比凱里江段斑鱖高,遺傳資源更為豐富。

【文章頁數(shù)】:6 頁

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 樣品來源
    1.2 主要儀器
    1.3 主要試劑
    1.4 DNA提取
    1.5 引物設計、PCR擴增及測序
    1.6 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 PCR擴增
    2.2 堿基組成及變異位點
    2.3 核苷酸變異位點
    2.4 單倍型組成
    2.5 遺傳多樣性
    2.6 NJ系統(tǒng)進化樹及其遺傳距離
    2.7 單倍型之間的遺傳距離
3 討論
    3.1 堿基組成及多樣性
    3.2 遺傳距離與系統(tǒng)進化樹
    3.3 清水江斑鱖資源的保護
4 結(jié)論



本文編號:3817596

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