生物信息學(xué)是通過充分利用計(jì)算機(jī)結(jié)合生物學(xué)、信息學(xué)、數(shù)學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)等工具,對(duì)大量生物數(shù)據(jù)進(jìn)行有效分析,最終獲取有價(jià)值有意義的生物信息的研究領(lǐng)域�；谥毕低椿蚝投嗨惴▍f(xié)同對(duì)物種的基因家族的研究一直是生物信息學(xué)的重點(diǎn)和熱點(diǎn),而根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行基因家族生物功能的預(yù)測同樣是極其有效的分析手段。NF-Y基因是植物中的一種轉(zhuǎn)錄因子,在植物的生長過程和抗逆境過程中都扮演著重要的角色,而該基因在茶樹中的存在形式以及擁有的生物功能并未被充分研究�；诖搜芯勘尘�,本研究基于茶樹的全基因組以及NF-Y直系同源基因運(yùn)用多種算法的結(jié)合對(duì)茶樹的NF-Y基因家族進(jìn)行了多層次的研究分析,并對(duì)其生物學(xué)功能進(jìn)行了有效的預(yù)測。本研究中,對(duì)茶樹的基因組、全組織和多環(huán)境的轉(zhuǎn)錄組結(jié)合多種算法進(jìn)行了 NF-Y基因家族的挖掘和鑒定,對(duì)茶樹NF-Y基因家族結(jié)合多種算法的結(jié)合對(duì)其理化性質(zhì)以及基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行了多層次的分析。同時(shí)對(duì)茶樹NF-Y基因家族的物種進(jìn)化和分化時(shí)間進(jìn)行了有效的分析,并根據(jù)直系同源基因所構(gòu)建的進(jìn)化樹對(duì)茶樹NF-Y基因的生物功能進(jìn)行了可靠的預(yù)測。最后根據(jù)茶樹多種狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)運(yùn)用多算法協(xié)同進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析,根據(jù)分析... 

【文章頁數(shù)】：54 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
致謝
摘要
ABSTRACT
英文縮略詞表(ABBREVIATION)
第一章 緒論
    1.1 生物信息學(xué)基本知識(shí)
        1.1.1 生物信息學(xué)的發(fā)展背景與簡介
        1.1.2 生物信息學(xué)研究的主要內(nèi)容
    1.2 直系同源基因簡介
        1.2.1 直系同源基因的定義
        1.2.2 直系同源基因的研究意義
    1.3 茶樹全基因組和NF-Y基因家族簡介
        1.3.1 茶樹研究現(xiàn)狀
        1.3.2 茶樹全基因組簡介
        1.3.3 NF-Y基因家族簡介
    1.4 多算法協(xié)同應(yīng)用現(xiàn)狀
    1.5 本文主要內(nèi)容
第二章 多算法協(xié)同對(duì)茶樹NF-Y基因家族的多組學(xué)分析
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 數(shù)據(jù)的來源
        2.2.2 實(shí)驗(yàn)算法介紹
        2.2.3 實(shí)驗(yàn)方法
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 茶樹NF-Y基因家族的候選基因
        2.3.2 茶樹NF-Y基因家族的保守區(qū)域和基序
        2.3.3 茶樹CsNF-Y基因結(jié)構(gòu)的描述
        2.3.4 茶樹NF-Y基因家族結(jié)構(gòu)特征和理化性質(zhì)
        2.3.5 茶樹NF-Y基因蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)
        2.3.6 茶樹NF-Y基因家族的GO和KEGG富集分析
        2.3.7 茶樹NF-Y基因家族選擇壓力分析
        2.3.8 直系同源NF-Y基因家族進(jìn)化樹
第三章 茶樹NF-Y基因家族成員的差異表達(dá)分析
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 數(shù)據(jù)來源
        3.2.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 茶樹NF-Y基因家族順式元件
        3.3.2 茶樹多環(huán)境差異表達(dá)基因分析
第四章 討論
    4.1 茶樹NF-Y基因家族的挖掘與鑒定
    4.2 茶樹NF-Y基因家族理化性質(zhì)及結(jié)構(gòu)分析
    4.3 茶樹NF-Y基因家族GO和KEGG富集分析
    4.4 茶樹NF-Y基因家族分化時(shí)間及進(jìn)化樹分析
    4.5 茶樹NF-Y基因家族轉(zhuǎn)錄組分析及其功能預(yù)測
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
作者簡介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]計(jì)算機(jī)算法在生物信息學(xué)中的應(yīng)用綜述[J]. 劉奇付,李靜靜.  軟件導(dǎo)刊. 2017(09)
[2]植物中NF-Y轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)和功能研究進(jìn)展[J]. 丁慧霞,劉鳳,張利娟,余義勛,魏倩.  分子植物育種. 2017(05)
[3]利用生物信息學(xué)技術(shù)構(gòu)建分析甜菜M14品系鹽脅迫下參考轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫[J]. 呂笑言,金英.  黑龍江大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報(bào). 2017(02)
[4]大豆NF-YB家族全基因組鑒定、分類和表達(dá)[J]. 鄭煒君,徐兆師,馮志娟,李連城,陳明,柴守誠,馬有志.  作物學(xué)報(bào). 2012(09)
[5]高通量測序技術(shù)及其應(yīng)用[J]. 王興春,楊致榮,王敏,李瑋,李生才.  中國生物工程雜志. 2012(01)
[6]基于HMM-FNN模型的復(fù)雜動(dòng)態(tài)手勢識(shí)別[J]. 王西穎,戴國忠,張習(xí)文,張鳳軍.  軟件學(xué)報(bào). 2008(09)
[7]基于段長分布的HMM語音識(shí)別模型[J]. 王作英,肖熙.  電子學(xué)報(bào). 2004(01)

碩士論文
[1]基于輪廓特征的HMM手寫數(shù)字識(shí)別[D]. 肖明.新疆大學(xué) 2010



本文編號(hào)：3706310