板栗STP家族基因鑒定與分析
發(fā)布時間:2022-10-15 19:18
【目的】糖轉(zhuǎn)運蛋白基因STP(SUGAR TRANSPORT PROTEIN)是質(zhì)外體單糖轉(zhuǎn)運到細胞內(nèi)的關鍵基因。糖分運輸和分配對于板栗的花芽分化和果實品質(zhì)形成具有重要意義。為了了解板栗中STP基因家族信息、功能和表達模式!痉椒ā渴褂肏MM3.0軟件,基于STP的隱馬爾科夫模型,在板栗基因組數(shù)據(jù)庫中,鑒定板栗CmSTP家族成員。利用TBtools、ExPASy、MEME等軟件對CmSTP基因結構、編碼蛋白理化性質(zhì)、結構域和系統(tǒng)進化關系進行分析。并從板不同時期栗混合芽轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中提取CmSTP的表達量,分析其表達模式!窘Y果】板栗基因組中共有17個STP家族成員,開放閱讀框長度為843~1584 bp;編碼蛋白分子量,介于32 122.5~57 788.3 Da,等電點介于5.46~10.46,均定位于細胞膜上,跨膜結構域大多為8~12個。CmSTP家族成員中共有10個保守motif,其中Motif1,Motif3和Motif5同時存在于17個CmSTP蛋白中,其余motif在N端或C端存在不同程度的缺失。根據(jù)進化關系,可將CmSTP分為4類,其中Group III和Group IV中...
【文章頁數(shù)】:9 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 板栗基因組STP家族成員的鑒定
1.2 板栗STP家族基因結構、保守基序分析和進化分析
1.3 板栗STP家族蛋白理化特性分析
1.4 板栗STP家族基因表達模式分析
2 結果與分析
2.1 板栗STP基因鑒定
2.2 板栗STP結構特征
2.2.1 板栗STP基因結構分析
2.2.2 板栗STP蛋白保守基序分析
2.2.3 板栗STP蛋白二級結構分析
2.2.4 板栗STP蛋白跨膜結構域及亞細胞定位預測
2.3 板栗STP系統(tǒng)進化分析
2.4 板栗STP基因表達模式分析
3 討 論
4 結 論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]促進板栗雌花芽分化的研究[J]. 陳建華,何鋼,李志輝,楊模華. 中南林學院學報. 2002(01)
[2]板栗雌花芽臨界分化期營養(yǎng)物質(zhì)含量的變化[J]. 陳在新,王學明,李金秋,李曉明. 安徽農(nóng)業(yè)科學. 2010(14)
[3]板栗花芽性別調(diào)控研究進展[J]. 邱文明,何秀娟,徐育海. 果樹學報. 2015(01)
[4]植物SWEET基因家族結構、功能及調(diào)控研究進展[J]. 胡麗萍,張峰,徐惠,劉光敏,王亞欽,何洪巨. 生物技術通報. 2017(04)
[5]高粱糖轉(zhuǎn)運蛋白基因家族全基因組鑒定、分類及表達分析[J]. 徐志軍,劉洋,徐磊,安東升. 華北農(nóng)學報. 2019(05)
[6]影響板栗雌雄花序形成因子的研究[J]. 夏仁學,馬夢亭. 果樹科學. 1989(02)
[7]板栗碳素營養(yǎng)與花性的表現(xiàn)[J]. 徐娟,夏仁學,李國懷,馬夢亭. 華中農(nóng)業(yè)大學學報. 1998(02)
本文編號:3691881
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【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 板栗基因組STP家族成員的鑒定
1.2 板栗STP家族基因結構、保守基序分析和進化分析
1.3 板栗STP家族蛋白理化特性分析
1.4 板栗STP家族基因表達模式分析
2 結果與分析
2.1 板栗STP基因鑒定
2.2 板栗STP結構特征
2.2.1 板栗STP基因結構分析
2.2.2 板栗STP蛋白保守基序分析
2.2.3 板栗STP蛋白二級結構分析
2.2.4 板栗STP蛋白跨膜結構域及亞細胞定位預測
2.3 板栗STP系統(tǒng)進化分析
2.4 板栗STP基因表達模式分析
3 討 論
4 結 論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]促進板栗雌花芽分化的研究[J]. 陳建華,何鋼,李志輝,楊模華. 中南林學院學報. 2002(01)
[2]板栗雌花芽臨界分化期營養(yǎng)物質(zhì)含量的變化[J]. 陳在新,王學明,李金秋,李曉明. 安徽農(nóng)業(yè)科學. 2010(14)
[3]板栗花芽性別調(diào)控研究進展[J]. 邱文明,何秀娟,徐育海. 果樹學報. 2015(01)
[4]植物SWEET基因家族結構、功能及調(diào)控研究進展[J]. 胡麗萍,張峰,徐惠,劉光敏,王亞欽,何洪巨. 生物技術通報. 2017(04)
[5]高粱糖轉(zhuǎn)運蛋白基因家族全基因組鑒定、分類及表達分析[J]. 徐志軍,劉洋,徐磊,安東升. 華北農(nóng)學報. 2019(05)
[6]影響板栗雌雄花序形成因子的研究[J]. 夏仁學,馬夢亭. 果樹科學. 1989(02)
[7]板栗碳素營養(yǎng)與花性的表現(xiàn)[J]. 徐娟,夏仁學,李國懷,馬夢亭. 華中農(nóng)業(yè)大學學報. 1998(02)
本文編號:3691881
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