光棘球海膽是我國北部沿海城市的主要經(jīng)濟(jì)品種,其性腺中富含脂肪酸、氨基酸、多糖等生理活性物質(zhì),受到人們的廣泛關(guān)注,被譽(yù)為高級(jí)的滋補(bǔ)營養(yǎng)品。通過對(duì)海膽性腺理化性質(zhì)的鑒定發(fā)現(xiàn)生長在同一海域的不同體型大小的光棘球海膽性腺的發(fā)育狀態(tài)不同。在繁殖期的同一時(shí)期個(gè)體較大的海膽性腺的成熟度更高,性腺中多不飽和脂肪酸（PUFA）的含量也相對(duì)更高。但目前對(duì)于海膽性腺發(fā)育過程中調(diào)控配子發(fā)生及脂肪酸等營養(yǎng)物質(zhì)生物合成的分子機(jī)制的研究仍較為有限。本研究利用高通量測序技術(shù)首次獲得了雌性光棘球海膽性腺的轉(zhuǎn)錄組信息,以期闡明處于同一繁殖期的不同體型大小的光棘球海膽性腺成熟度不同的分子機(jī)制;之后,在轉(zhuǎn)錄組測序的基礎(chǔ)上克隆并表達(dá)了3個(gè)參與PUFA合成的基因,以明晰光棘球海膽性腺中PUFA的生物合成途徑。本文的主要研究內(nèi)容及結(jié)果如下:1.光棘球海膽性腺轉(zhuǎn)錄組測序及差異表達(dá)基因篩選本研究中首次采用Illumina Hi Seq 2500測序平臺(tái)分別對(duì)兩種體型大小的成年雌性光棘球海膽的性腺進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序,測序得到的原始序列經(jīng)過過濾及de novo組裝產(chǎn)生unigenes序列,之后利用生物信息學(xué)方法對(duì)所有的unigenes進(jìn)行功... 

【文章頁數(shù)】：85 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 光棘球海膽概述
        1.1.1 光棘球海膽的分類地位與分布
        1.1.2 光棘球海膽的形態(tài)特征與生理生化特性
        1.1.3 光棘球海膽的研究概況
    1.2 高通量測序技術(shù)在棘皮動(dòng)物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中的應(yīng)用
        1.2.1 測序技術(shù)的發(fā)展
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)及其研究方法
        1.2.3 RNA-Seq技術(shù)在棘皮動(dòng)物研究中的應(yīng)用
        1.2.4 海膽轉(zhuǎn)錄組測序的研究進(jìn)展
    1.3 多不飽和脂肪酸在生物體中合成途徑的研究進(jìn)展
        1.3.1 多不飽和脂肪酸的分類及功能
        1.3.2 多不飽和脂肪酸在生物體中的合成途徑
        1.3.3 海洋無脊椎動(dòng)物體內(nèi)LC-PUFAs合成的研究進(jìn)展
    1.4 本研究的目的與意義
第二章 性腺轉(zhuǎn)錄組測序及數(shù)據(jù)分析
    2.1 材料與試劑
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 儀器設(shè)備
        2.1.3 主要試劑
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 性腺組織生理性狀測定
        2.2.2 性腺總RNA的提取及質(zhì)量檢測
        2.2.3 cDNA文庫的構(gòu)建及Illumina測序
        2.2.4 測序數(shù)據(jù)處理及分析
    2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 性腺發(fā)育階段鑒定
        2.3.2 性腺中脂肪酸種類及含量檢測
        2.3.3 測序評(píng)估及序列拼接
        2.3.4 基因注釋與功能分類
        2.3.5 差異表達(dá)基因挖掘、功能注釋及qPCR驗(yàn)證
        2.3.6 兩種主要分子標(biāo)記的預(yù)測
    2.4 討論
        2.4.1 海膽性腺理化特性及轉(zhuǎn)錄組測序
        2.4.2 測序序列注釋
        2.4.3 測序序列的功能分析
    2.5 小結(jié)
第三章 PUFA相關(guān)基因的克隆與表達(dá)分析
    3.1 材料與試劑
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 主要儀器設(shè)備
        3.1.3 所需試劑藥品
    3.2 試驗(yàn)方法
        3.2.1 總RNA提取與cDNA第一鏈合成
        3.2.2 基因克隆
        3.2.3 序列分析及系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
        3.2.4 定量PCR檢測基因的組織分布
        3.2.5 酵母真核表達(dá)3個(gè)PUFA相關(guān)基因
    3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.3.1 組織RNA的提取
        3.3.2 基因克隆
        3.3.3 氨基酸序列分析
        3.3.4 PUFA相關(guān)3個(gè)基因的組織表達(dá)特性
        3.3.5 基因表達(dá)驗(yàn)證
    3.4 討論
        3.4.1 PUFA合成關(guān)鍵基因的序列特征及功能特性
        3.4.2 基因的組織分布
    3.5 小結(jié)
第四章 結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn)
    4.1 結(jié)論
    4.2 創(chuàng)新點(diǎn)
    4.3 進(jìn)一步研究內(nèi)容
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中科院海洋所破譯海參基因組[J].   水產(chǎn)科技情報(bào). 2017(06)
[2]高通量測序技術(shù)新名詞的理解和辨析[J]. 王海.  中國科技術(shù)語. 2017(04)
[3]第二代測序技術(shù)的發(fā)展及應(yīng)用[J]. 張丁予,章婷曦,王國祥.  環(huán)境科學(xué)與技術(shù). 2016(09)
[4]多不飽和脂肪酸在癌癥及炎癥疾病方面的研究進(jìn)展[J]. 郎麗巍,王洪允,胡蓓,江驥.  中國生化藥物雜志. 2014(01)
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[7]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒.  遺傳. 2011(11)
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[10]表達(dá)序列標(biāo)簽的應(yīng)用現(xiàn)狀及分析方法研究[J]. 王曉娜,盧欣石.  草業(yè)科學(xué). 2010(05)

博士論文
[1]日本血吸蟲發(fā)育期別差異表達(dá)基因的篩選研究及新基因的克隆分析[D]. 苑純秀.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2005

碩士論文
[1]蝦夷馬糞海膽體腔液免疫因子及吞噬細(xì)胞活性的研究[D]. 張穎.大連海洋大學(xué) 2014



本文編號(hào)：3688084