目的本研究的目的在于利用公共數(shù)據(jù)庫TCGA中提供的前列腺癌RNA-Seq數(shù)據(jù),篩選潛在的前列腺癌相關(guān)基因和miRNA。通過建立蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡,尋找篩選出前列腺癌相關(guān)的關(guān)鍵基因,同時建立miRNA和靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡,尋找篩選出前列腺癌相關(guān)miRNA,從而擴充前列腺癌分子生物學的知識庫,為功能學研究和靶向治療等提供方向。最后,為尋找評估前列腺癌預后、指導風險分層,制定治療策略的分子標志物,探索了差異表達miRNA和基因與預后,侵襲特征的臨床相關(guān)性。方法從TCGA數(shù)據(jù)庫中下載499例前列腺癌組織樣本及52例癌旁正常前列腺組織樣本mRNA和miRNA的RNA-SEQ數(shù)據(jù)以及臨床數(shù)據(jù),通過DESeq程序包分析前列腺癌基因和miRNA的表達譜,獲得差異表達的基因（DEGs）和miRNA。對于篩選所得的差異表達基因,利用DAVID數(shù)據(jù)庫進行生物學功能富基分析,使用String數(shù)據(jù)庫獲得蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡（PPI）,并利用Cytoscape中cytoHubba插件分析獲得PPI網(wǎng)絡中的關(guān)鍵基因。對于篩選所得的差異表達的miRNA,利用miRwalk2.0靶基因預測網(wǎng)站,聯(lián)合12個權(quán)威的miRNA靶... 

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 TCGA數(shù)據(jù)庫中前列腺癌組織基因表達譜的分析
    1、引言
        1.1 前列腺癌的診治現(xiàn)狀
        1.2 前列腺癌與基因異常
        1.3 TCGA數(shù)據(jù)庫
        1.4 RNA-SEQ差異表達分析方法
        1.5 DAVID數(shù)據(jù)庫
        1.6 String數(shù)據(jù)庫
    2、研究對象及方法
        2.1 研究對象
        2.2 實驗方法
    3、結(jié)果
        3.1 前列腺相關(guān)差異表達基因的篩選
        3.2 差異基因的生物學功能富集分析
        3.3 差異表達基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡的構(gòu)建和關(guān)鍵基因篩選
    4、討論
    5、第一章小結(jié)
第二章 基于TCGA數(shù)據(jù)庫前列腺癌組織MicroRNA表達譜的分析
    1、引言
        1.1 miRNA概述
        1.2 miRNA與腫瘤
        1.3 miRNA與前列腺癌
    2、實驗對象與方法
        2.1 實驗對象
        2.2 實驗方法
    3、結(jié)果
        3.1 基于TCGA數(shù)據(jù)庫中差異表達miRNA的篩選
        3.2 差異表達miRNA與參與腫瘤信號調(diào)節(jié)通路的基因篩選
        3.3 通過GEO數(shù)據(jù)庫,對差異表達miRNA進行驗證
        3.4 驗證miR-153,miR-375與靶基因的調(diào)控關(guān)系
    4、討論
    5、第二章小結(jié)
第三章 差異表達基因與miRNA的臨床相關(guān)性及預后分析
    1、引言
        1.1 基因與前列腺的臨床相關(guān)性及預后
        1.2 miRNA與前列腺的臨床相關(guān)性及預后
    2、實驗對象及與方法
        2.1 實驗對象
        2.2 實驗方法
    3、結(jié)果
        3.1 構(gòu)建與前列腺癌患者相關(guān)的預后預測模型
        3.2 臨床病理參數(shù)分析
    4、討論
    5、第三章小結(jié)
全文總結(jié)
中英文縮寫詞表
攻讀博士期間主要成果
參考文獻
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3687524