目的本研究的目的在于利用公共數(shù)據(jù)庫TCGA中提供的前列腺癌RNA-Seq數(shù)據(jù),篩選潛在的前列腺癌相關(guān)基因和miRNA。通過建立蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),尋找篩選出前列腺癌相關(guān)的關(guān)鍵基因,同時建立miRNA和靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),尋找篩選出前列腺癌相關(guān)miRNA,從而擴充前列腺癌分子生物學(xué)的知識庫,為功能學(xué)研究和靶向治療等提供方向。最后,為尋找評估前列腺癌預(yù)后、指導(dǎo)風(fēng)險分層,制定治療策略的分子標(biāo)志物,探索了差異表達(dá)miRNA和基因與預(yù)后,侵襲特征的臨床相關(guān)性。方法從TCGA數(shù)據(jù)庫中下載499例前列腺癌組織樣本及52例癌旁正常前列腺組織樣本mRNA和miRNA的RNA-SEQ數(shù)據(jù)以及臨床數(shù)據(jù),通過DESeq程序包分析前列腺癌基因和miRNA的表達(dá)譜,獲得差異表達(dá)的基因（DEGs）和miRNA。對于篩選所得的差異表達(dá)基因,利用DAVID數(shù)據(jù)庫進(jìn)行生物學(xué)功能富基分析,使用String數(shù)據(jù)庫獲得蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（PPI）,并利用Cytoscape中cytoHubba插件分析獲得PPI網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因。對于篩選所得的差異表達(dá)的miRNA,利用miRwalk2.0靶基因預(yù)測網(wǎng)站,聯(lián)合12個權(quán)威的miRNA靶... 

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 TCGA數(shù)據(jù)庫中前列腺癌組織基因表達(dá)譜的分析
    1、引言
        1.1 前列腺癌的診治現(xiàn)狀
        1.2 前列腺癌與基因異常
        1.3 TCGA數(shù)據(jù)庫
        1.4 RNA-SEQ差異表達(dá)分析方法
        1.5 DAVID數(shù)據(jù)庫
        1.6 String數(shù)據(jù)庫
    2、研究對象及方法
        2.1 研究對象
        2.2 實驗方法
    3、結(jié)果
        3.1 前列腺相關(guān)差異表達(dá)基因的篩選
        3.2 差異基因的生物學(xué)功能富集分析
        3.3 差異表達(dá)基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和關(guān)鍵基因篩選
    4、討論
    5、第一章小結(jié)
第二章 基于TCGA數(shù)據(jù)庫前列腺癌組織MicroRNA表達(dá)譜的分析
    1、引言
        1.1 miRNA概述
        1.2 miRNA與腫瘤
        1.3 miRNA與前列腺癌
    2、實驗對象與方法
        2.1 實驗對象
        2.2 實驗方法
    3、結(jié)果
        3.1 基于TCGA數(shù)據(jù)庫中差異表達(dá)miRNA的篩選
        3.2 差異表達(dá)miRNA與參與腫瘤信號調(diào)節(jié)通路的基因篩選
        3.3 通過GEO數(shù)據(jù)庫,對差異表達(dá)miRNA進(jìn)行驗證
        3.4 驗證miR-153,miR-375與靶基因的調(diào)控關(guān)系
    4、討論
    5、第二章小結(jié)
第三章 差異表達(dá)基因與miRNA的臨床相關(guān)性及預(yù)后分析
    1、引言
        1.1 基因與前列腺的臨床相關(guān)性及預(yù)后
        1.2 miRNA與前列腺的臨床相關(guān)性及預(yù)后
    2、實驗對象及與方法
        2.1 實驗對象
        2.2 實驗方法
    3、結(jié)果
        3.1 構(gòu)建與前列腺癌患者相關(guān)的預(yù)后預(yù)測模型
        3.2 臨床病理參數(shù)分析
    4、討論
    5、第三章小結(jié)
全文總結(jié)
中英文縮寫詞表
攻讀博士期間主要成果
參考文獻(xiàn)
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3687524