癌癥是導(dǎo)致死亡人數(shù)最多且死亡率最高的疾病之一,嚴(yán)重威脅了人類的健康。盡管癌癥研究近年來有了很大的進(jìn)展,但由于缺乏特異性強(qiáng)的診斷標(biāo)記物,尤其是早期診斷標(biāo)記物,癌癥診斷仍然是個(gè)難題。TCGA和GTEx等數(shù)據(jù)平臺(tái)提供了海量的公開數(shù)據(jù)讓研究者可以綜合多種組織的數(shù)據(jù)進(jìn)行特異表達(dá)基因的篩選。本研究的目的是篩選一批高特異性的癌癥診斷及預(yù)后標(biāo)記物并對癌癥特異高表達(dá)基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和潛在藥物靶點(diǎn)進(jìn)行研究。首先,使用SEGtool從TCGA和GTEx數(shù)據(jù)庫的表達(dá)量數(shù)據(jù)中篩選了各癌癥組織、癌旁組織以及正常組織的特異表達(dá)基因（SEGs）,并從中篩選了僅在一種癌癥特異表達(dá)的癌癥特異表達(dá)基因（cSEGs）。然后在癌癥特異表達(dá)基因的基礎(chǔ)上篩選了靈敏度高的基因作為潛在標(biāo)記物。這樣總共得到了來自15種癌癥的283個(gè)潛在標(biāo)記物,其高表達(dá)樣本比例均大于50%,其中KICH的三個(gè)cSEGs（OGDH、MUDENG和ACO2）的高表達(dá)樣本比例>80%。此外還篩選了13種癌癥的245個(gè)對早期癌癥敏感的潛在標(biāo)記物,其高表達(dá)樣本比例均大于50%,其中MUDENG和ACO2在早期KICH的高表達(dá)樣本比例達(dá)到了95%,一致性非常... 

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 癌癥研究概況
    1.2 組織特異表達(dá)基因研究進(jìn)展
    1.3 轉(zhuǎn)錄組相關(guān)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
    1.4 研究目的和意義
2 癌癥診斷標(biāo)記物篩選
    2.1 研究目的與方法
    2.2 表達(dá)量數(shù)據(jù)收集和處理
    2.3 特異表達(dá)基因的篩選
    2.4 癌癥診斷標(biāo)記物篩選
3 早期癌癥診斷標(biāo)記物篩選
    3.1 研究目的與方法
    3.2 早期癌癥組織表達(dá)量數(shù)據(jù)處理
    3.3 早期癌癥特異表達(dá)基因篩選及處理
    3.4 早期癌癥診斷標(biāo)記物篩選
4 癌癥特異表達(dá)基因綜合分析
    4.1 預(yù)后分析
    4.2 轉(zhuǎn)錄調(diào)控
    4.3 藥物分析
5 全文總結(jié)與討論
致謝
參考文獻(xiàn)
附表


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Biomarkers in colorectal cancer: Current clinical utility and future perspectives[J]. Marco Vacante,Antonio Maria Borzì,Francesco Basile,Antonio Biondi.  World Journal of Clinical Cases. 2018(15)
[2]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)



本文編號：3669351