基于新疆紫草轉(zhuǎn)錄組的對羥基苯甲酸香葉基轉(zhuǎn)移酶(PGT)基因的挖掘及生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2022-07-15 18:38
對羥基苯甲酸香葉基轉(zhuǎn)移酶(PGT)在紫草素類化合物的生物合成途徑中起重要作用。該文主要通過生物信息學(xué)的方法從新疆紫草轉(zhuǎn)錄組中獲得6個PGT基因,并預(yù)測其編碼蛋白的理化性質(zhì),進行相關(guān)基因的表達分析。結(jié)構(gòu)域預(yù)測結(jié)果顯示,6個PGT蛋白序列均包含Ubi A異戊烯基轉(zhuǎn)移酶家族保守結(jié)構(gòu)域及異戊烯焦磷酸結(jié)合位點NDxx Dxxx D和可能的芳環(huán)的結(jié)合位點GX(K/Y)ST AL;系統(tǒng)進化樹分析顯示PGT與同源的對羥基苯甲酸多異戊烯轉(zhuǎn)移酶(PPT)屬于2個不同的進化枝;基因表達分析表明在紫草素類化合物產(chǎn)量較高的新疆紫草紅色高產(chǎn)系懸浮細胞及植株的地下部分,其PGT基因的表達量明顯高于白色低產(chǎn)系及植株的地上部分,說明新疆紫草PGT基因的表達量與紫草素類化合物的合成呈正相關(guān)。該研究為進一步了解對羥基苯甲酸香葉基轉(zhuǎn)移酶(PGT)的功能及特性奠定了基礎(chǔ),并為紫草素類化合物生物合成及代謝調(diào)控提供依據(jù)。
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 材料
2 方法
2.1 新疆紫草PGT基因的獲得
2.2 生物信息學(xué)分析
2.3 熒光定量PCR檢測基因表達量
2.3.1 RNA提取和c DNA合成
2.3.2 Real-time PCR
3 結(jié)果與分析
3.1 新疆紫草6個Ae PGTs基因的核苷酸特性分析
3.2 新疆紫草6個Ae PGTs基因編碼蛋白特性分析
3.3 新疆紫草6個Ae PGTs基因編碼蛋白的二級結(jié)構(gòu)分析
3.4 系統(tǒng)進化樹分析
3.5 基因表達分析
4討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]兩種新疆紫草細胞系紫草素生物合成關(guān)鍵酶基因的表達差異分析[J]. 王升,謝騰,周良云,吳志剛,張燕,陳美蘭,黃璐琦,郭蘭萍. 中華中醫(yī)藥雜志. 2014(05)
[2]新疆紫草2種懸浮細胞生長及紫草素類化合物積累的動力學(xué)研究[J]. 王升,謝騰,葉和春,林淑芳,張燕,陳美蘭,黃璐琦,郭蘭萍. 中國中藥雜志. 2013(08)
[3]紫草素及其衍生物的調(diào)控策略[J]. 黃文虎,葛鋒,劉迪秋,陳朝銀. 中國生物工程雜志. 2010(11)
[4]芳香族異戊烯轉(zhuǎn)移酶的研究進展[J]. 高娟,曾英,盧山. 植物學(xué)報. 2010(06)
[5]新疆紫草提取物對小鼠免疫性肝損傷的保護作用[J]. 劉燕,買爾旦·馬合木提,尼加提·熱合木. 新疆醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2006(06)
[6]現(xiàn)代發(fā)酵工程技術(shù)在食品領(lǐng)域的應(yīng)用研究進展[J]. 史先振. 中國釀造. 2005(12)
[7]紫草素的全合成研究進展[J]. 徐德鋒,管鵬健,毛志強,李紹順. 有機化學(xué). 2005(07)
[8]滇紫草愈傷組織培養(yǎng)與紫草素產(chǎn)生[J]. 周立剛,鄭光植,王世林. 云南植物研究. 1991(03)
[9]離體培養(yǎng)的新疆紫草萘醌色素的誘導(dǎo)形成[J]. 李國鳳,伍正容,葉和春,盧馥蓀,向桂瓊. 植物學(xué)通報. 1988(02)
碩士論文
[1]新疆紫草的化學(xué)成分研究[D]. 徐新剛.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2009
本文編號:3662628
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 材料
2 方法
2.1 新疆紫草PGT基因的獲得
2.2 生物信息學(xué)分析
2.3 熒光定量PCR檢測基因表達量
2.3.1 RNA提取和c DNA合成
2.3.2 Real-time PCR
3 結(jié)果與分析
3.1 新疆紫草6個Ae PGTs基因的核苷酸特性分析
3.2 新疆紫草6個Ae PGTs基因編碼蛋白特性分析
3.3 新疆紫草6個Ae PGTs基因編碼蛋白的二級結(jié)構(gòu)分析
3.4 系統(tǒng)進化樹分析
3.5 基因表達分析
4討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]兩種新疆紫草細胞系紫草素生物合成關(guān)鍵酶基因的表達差異分析[J]. 王升,謝騰,周良云,吳志剛,張燕,陳美蘭,黃璐琦,郭蘭萍. 中華中醫(yī)藥雜志. 2014(05)
[2]新疆紫草2種懸浮細胞生長及紫草素類化合物積累的動力學(xué)研究[J]. 王升,謝騰,葉和春,林淑芳,張燕,陳美蘭,黃璐琦,郭蘭萍. 中國中藥雜志. 2013(08)
[3]紫草素及其衍生物的調(diào)控策略[J]. 黃文虎,葛鋒,劉迪秋,陳朝銀. 中國生物工程雜志. 2010(11)
[4]芳香族異戊烯轉(zhuǎn)移酶的研究進展[J]. 高娟,曾英,盧山. 植物學(xué)報. 2010(06)
[5]新疆紫草提取物對小鼠免疫性肝損傷的保護作用[J]. 劉燕,買爾旦·馬合木提,尼加提·熱合木. 新疆醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2006(06)
[6]現(xiàn)代發(fā)酵工程技術(shù)在食品領(lǐng)域的應(yīng)用研究進展[J]. 史先振. 中國釀造. 2005(12)
[7]紫草素的全合成研究進展[J]. 徐德鋒,管鵬健,毛志強,李紹順. 有機化學(xué). 2005(07)
[8]滇紫草愈傷組織培養(yǎng)與紫草素產(chǎn)生[J]. 周立剛,鄭光植,王世林. 云南植物研究. 1991(03)
[9]離體培養(yǎng)的新疆紫草萘醌色素的誘導(dǎo)形成[J]. 李國鳳,伍正容,葉和春,盧馥蓀,向桂瓊. 植物學(xué)通報. 1988(02)
碩士論文
[1]新疆紫草的化學(xué)成分研究[D]. 徐新剛.北京中醫(yī)藥大學(xué) 2009
本文編號:3662628
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