目的篩選進(jìn)展期原發(fā)性肝癌（HCC）相關(guān)靶基因。方法從Gene Expressed Omnibus （GEO）數(shù)據(jù)庫(kù)下載信使核糖核酸（mRNA）和微型核糖核酸（miRNA）表達(dá)譜。通過(guò)limma函數(shù)包分析得出差異表達(dá)mRNA、miRNA�；贔unRich軟件對(duì)差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子富集分析。利用TargetScan篩選由差異表達(dá)miRNA調(diào)節(jié)的靶基因,并用Cytoscape軟件構(gòu)建miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖�；赗軟件對(duì)miRNA-mRNA進(jìn)行聯(lián)合基因本體（Gene Ontology, GO）、京都基因與基因組百科全書(shū)（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集進(jìn)行分析。結(jié)果從進(jìn)展期HCC樣品中篩選出2382個(gè)差異表達(dá)mRNAs、213個(gè)差異表達(dá)miRNAs,對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子中以EGR1和SP1表達(dá)最為顯著,miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中具有較高節(jié)點(diǎn)度的基因?yàn)镃PEB3、FERMT2。miRNA-mRNA富集于128個(gè)GO terms中,如蛋白絲氨酸/蘇氨酸激酶活性正調(diào)控等過(guò)程,通路主要富集在包括FoxO信號(hào)、MARK信號(hào)通... 

【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)

【文章目錄】：
資料與方法
    1 芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理與差異表達(dá)基因篩選[4-6]
    2 miRNA轉(zhuǎn)錄因子富集分析[7]
    3 miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建[8-9]
    4 miRNA-mRNA聯(lián)合功能富集分析[10]
    5 miRNA-mRNA聯(lián)合京都基因與基因組百科全書(shū)(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析[10]
結(jié) 果
    1 差異表達(dá)的mRNA與miRNA
    2 miRNA轉(zhuǎn)錄因子富集分析
    3 miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
    4 miRNA-mRNA聯(lián)合的KEGG富集分析
    5 miRNA-mRNA聯(lián)合GO富集分析
討 論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]miRNA-223在肝癌中的研究進(jìn)展[J]. 張蕾,龔澤眾,李巖.  大連醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
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[3]基于Cytoscape的miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與研究[J]. 楊淼,杜菁,李冬果,楊秋英,劉文艷,姚紅串.  中國(guó)醫(yī)學(xué)裝備. 2018(10)
[4]血清RBP、凝血四項(xiàng)和血小板指標(biāo)檢測(cè)在重癥肝病輔助診斷中的應(yīng)用[J]. 張紅勝,張敏.  國(guó)際檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志. 2016(17)
[5]絲氨酸/蘇氨酸激酶、Wnt2通路相關(guān)蛋白及C-myc基因在肝癌中的表達(dá)及診斷價(jià)值[J]. 韓丹,李煒,王倩.  中西醫(yī)結(jié)合肝病雜志. 2016(03)
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博士論文
[1]VB1誘導(dǎo)肝癌Hep G2細(xì)胞生長(zhǎng)抑制和凋亡的機(jī)制研究[D]. 王建剛.中南大學(xué) 2014

碩士論文
[1]轉(zhuǎn)錄因子Sp1和Sp3對(duì)肝癌中MALAT1轉(zhuǎn)錄調(diào)控的分子機(jī)制研究[D]. 黃子凌.廣西醫(yī)科大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3656547