目的篩選進展期原發(fā)性肝癌（HCC）相關靶基因。方法從Gene Expressed Omnibus （GEO）數(shù)據(jù)庫下載信使核糖核酸（mRNA）和微型核糖核酸（miRNA）表達譜。通過limma函數(shù)包分析得出差異表達mRNA、miRNA。基于FunRich軟件對差異表達的miRNA進行轉錄因子富集分析。利用TargetScan篩選由差異表達miRNA調節(jié)的靶基因,并用Cytoscape軟件構建miRNA-mRNA網(wǎng)絡圖�；赗軟件對miRNA-mRNA進行聯(lián)合基因本體（Gene Ontology, GO）、京都基因與基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集進行分析。結果從進展期HCC樣品中篩選出2382個差異表達mRNAs、213個差異表達miRNAs,對應的轉錄因子中以EGR1和SP1表達最為顯著,miRNA-mRNA調控網(wǎng)絡中具有較高節(jié)點度的基因為CPEB3、FERMT2。miRNA-mRNA富集于128個GO terms中,如蛋白絲氨酸/蘇氨酸激酶活性正調控等過程,通路主要富集在包括FoxO信號、MARK信號通... 

【文章頁數(shù)】：5 頁

【文章目錄】：
資料與方法
    1 芯片數(shù)據(jù)預處理與差異表達基因篩選[4-6]
    2 miRNA轉錄因子富集分析[7]
    3 miRNA-mRNA調控網(wǎng)絡構建[8-9]
    4 miRNA-mRNA聯(lián)合功能富集分析[10]
    5 miRNA-mRNA聯(lián)合京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析[10]
結 果
    1 差異表達的mRNA與miRNA
    2 miRNA轉錄因子富集分析
    3 miRNA-mRNA調控網(wǎng)絡
    4 miRNA-mRNA聯(lián)合的KEGG富集分析
    5 miRNA-mRNA聯(lián)合GO富集分析
討 論


【參考文獻】：
期刊論文
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[2]MiR-641在肝細胞癌中的表達及其對HepG2細胞功能的影響[J]. 李文科,何佳.  海南醫(yī)學. 2019(01)
[3]基于Cytoscape的miRNA調控網(wǎng)絡的構建與研究[J]. 楊淼,杜菁,李冬果,楊秋英,劉文艷,姚紅串.  中國醫(yī)學裝備. 2018(10)
[4]血清RBP、凝血四項和血小板指標檢測在重癥肝病輔助診斷中的應用[J]. 張紅勝,張敏.  國際檢驗醫(yī)學雜志. 2016(17)
[5]絲氨酸/蘇氨酸激酶、Wnt2通路相關蛋白及C-myc基因在肝癌中的表達及診斷價值[J]. 韓丹,李煒,王倩.  中西醫(yī)結合肝病雜志. 2016(03)
[6]COX-2 3’非翻譯區(qū)8473T>C變異與肝癌發(fā)病風險的關系[J]. 邵莎莎,付占昭,王光霞,宋琴琴,饒娟,劉英文,張志.  河北聯(lián)合大學學報(醫(yī)學版). 2014(02)

博士論文
[1]VB1誘導肝癌Hep G2細胞生長抑制和凋亡的機制研究[D]. 王建剛.中南大學 2014

碩士論文
[1]轉錄因子Sp1和Sp3對肝癌中MALAT1轉錄調控的分子機制研究[D]. 黃子凌.廣西醫(yī)科大學 2015



本文編號：3656547