玉米JAZ基因家族的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2022-05-08 08:44
基于已發(fā)布的玉米全基因組數(shù)據(jù),利用系列生物信息學(xué)分析軟件對(duì)玉米JAZ基因家族進(jìn)行了氨基酸組成及其理化性質(zhì)、蛋白質(zhì)親疏水性、磷酸化位點(diǎn)、二級(jí)結(jié)構(gòu)元件和含量、跨膜結(jié)構(gòu)域、信號(hào)肽、蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位、功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)和分析。結(jié)果表明,玉米JAZ蛋白的氨基酸殘基數(shù)目介于110~426個(gè),相對(duì)分子質(zhì)量介于11 834.49~30 494.24,理論等電點(diǎn)介于4.89~10.18,玉米JAZ蛋白的主要氨基酸為丙氨酸、脯氨酸、精氨酸等。穩(wěn)定性預(yù)測(cè)結(jié)果表明,玉米JAZ蛋白均為非穩(wěn)定性蛋白質(zhì);信號(hào)肽和跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,這些蛋白質(zhì)均為非分泌蛋白質(zhì),不具有信號(hào)肽,且沒(méi)有明顯的跨膜結(jié)構(gòu)域。JAZ蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)元件主要為不規(guī)則卷曲、α-螺旋和延伸鏈。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,JAZ蛋白質(zhì)主要定位于細(xì)胞核;結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)結(jié)果表明,JAZ蛋白均含有JAZ蛋白家族典型的TIFY和CCT-2功能結(jié)構(gòu)域。研究結(jié)果可為玉米JAZ基因功能研究和玉米性狀定向改良奠定理論基礎(chǔ)。
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 JAZ基因堿基序列
1.2 試驗(yàn)方法
2 結(jié)果與分析
2.1 玉米JAZ蛋白的氨基酸組成及理化性質(zhì)分析
2.2 玉米JAZ蛋白磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)及分析
2.3 玉米JAZ蛋白信號(hào)肽和跨膜結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析
2.4 玉米JAZ蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)及各元件含量預(yù)測(cè)
2.5 玉米JAZ蛋白亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)和分析
2.6 玉米JAZ蛋白功能結(jié)構(gòu)域的預(yù)測(cè)和分析
3 結(jié)論與討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]谷子bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族的全基因組鑒定與生物信息學(xué)分析[J]. 盧平,武懿茂,武強(qiáng)強(qiáng),李雪垠. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020(09)
[2]植物WRKY轉(zhuǎn)錄因子家族基因研究進(jìn)展[J]. 卜華虎,王曉清,任志強(qiáng),肖建紅,張寧,楊慧珍. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020(07)
[3]轉(zhuǎn)錄因子ZmMYC7與擬南芥JAZ家族基因的互作研究[J]. 曹宏哲,李薇,龐茜,劉鵬飛,白華,張康,邢繼紅,董金皋. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(06)
[4]甘薯等8種植物JAZ1基因的生物信息學(xué)分析[J]. 楊冬靜,孫厚俊,謝逸萍,張成玲,馬居奎,李宗蕓,馬代夫. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(05)
[5]玉米JAZ家族基因的表達(dá)規(guī)律分析[J]. 龐茜,張康,于璐,曹宏哲,藏金萍,張靖,邢繼紅,董金皋. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(02)
[6]煙草JAZ1基因的克隆和功能分析[J]. 潘婷,胡利偉,王中,劉瑞霞,張劍鋒,李娟,張林,李鋒,王晨,楊玉珍,楊軍,武明珠. 煙草科技. 2018(12)
[7]玉米育種常見(jiàn)問(wèn)題與改善措施[J]. 齊文進(jìn). 農(nóng)業(yè)工程技術(shù). 2018(29)
[8]玉米單倍體加倍技術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 張培風(fēng),王長(zhǎng)彪,趙興華,劉江,韓斌,路貴和. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(02)
[9]粗山羊草JAZ基因家族的全基因組鑒定與分析[J]. 王玉昆,苑少華,苑國(guó)良,段文靜,王鵬,廖祥政,陳兆波,王娜,王拯,張立平,趙昌平. 麥類(lèi)作物學(xué)報(bào). 2016(01)
[10]茉莉酸信號(hào)傳導(dǎo)在植物抗逆性方面研究進(jìn)展[J]. 宋云,李林宣,卓鳳萍,張雪妍,任茂智,李付廣. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報(bào). 2015(02)
本文編號(hào):3651324
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 JAZ基因堿基序列
1.2 試驗(yàn)方法
2 結(jié)果與分析
2.1 玉米JAZ蛋白的氨基酸組成及理化性質(zhì)分析
2.2 玉米JAZ蛋白磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)及分析
2.3 玉米JAZ蛋白信號(hào)肽和跨膜結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析
2.4 玉米JAZ蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)及各元件含量預(yù)測(cè)
2.5 玉米JAZ蛋白亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)和分析
2.6 玉米JAZ蛋白功能結(jié)構(gòu)域的預(yù)測(cè)和分析
3 結(jié)論與討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]谷子bZIP轉(zhuǎn)錄因子家族的全基因組鑒定與生物信息學(xué)分析[J]. 盧平,武懿茂,武強(qiáng)強(qiáng),李雪垠. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020(09)
[2]植物WRKY轉(zhuǎn)錄因子家族基因研究進(jìn)展[J]. 卜華虎,王曉清,任志強(qiáng),肖建紅,張寧,楊慧珍. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020(07)
[3]轉(zhuǎn)錄因子ZmMYC7與擬南芥JAZ家族基因的互作研究[J]. 曹宏哲,李薇,龐茜,劉鵬飛,白華,張康,邢繼紅,董金皋. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(06)
[4]甘薯等8種植物JAZ1基因的生物信息學(xué)分析[J]. 楊冬靜,孫厚俊,謝逸萍,張成玲,馬居奎,李宗蕓,馬代夫. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(05)
[5]玉米JAZ家族基因的表達(dá)規(guī)律分析[J]. 龐茜,張康,于璐,曹宏哲,藏金萍,張靖,邢繼紅,董金皋. 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(02)
[6]煙草JAZ1基因的克隆和功能分析[J]. 潘婷,胡利偉,王中,劉瑞霞,張劍鋒,李娟,張林,李鋒,王晨,楊玉珍,楊軍,武明珠. 煙草科技. 2018(12)
[7]玉米育種常見(jiàn)問(wèn)題與改善措施[J]. 齊文進(jìn). 農(nóng)業(yè)工程技術(shù). 2018(29)
[8]玉米單倍體加倍技術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 張培風(fēng),王長(zhǎng)彪,趙興華,劉江,韓斌,路貴和. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(02)
[9]粗山羊草JAZ基因家族的全基因組鑒定與分析[J]. 王玉昆,苑少華,苑國(guó)良,段文靜,王鵬,廖祥政,陳兆波,王娜,王拯,張立平,趙昌平. 麥類(lèi)作物學(xué)報(bào). 2016(01)
[10]茉莉酸信號(hào)傳導(dǎo)在植物抗逆性方面研究進(jìn)展[J]. 宋云,李林宣,卓鳳萍,張雪妍,任茂智,李付廣. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報(bào). 2015(02)
本文編號(hào):3651324
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