蓖麻（Ricinus communis L.）是一種非常重要的油料作物,因其較高的含油量和可再生性被譽(yù)為“綠色石油”。目前應(yīng)用的多數(shù)蓖麻品種為高稈類型,其抗倒伏能力差、不利于機(jī)械化收割,嚴(yán)重阻礙著蓖麻產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。選育和利用矮稈蓖麻是解決上述問(wèn)題經(jīng)濟(jì)有效的措施之一。由于基因組信息的不完整以及表達(dá)譜數(shù)據(jù)的匱乏,有關(guān)蓖麻矮化基因挖掘和矮化機(jī)理的研究相對(duì)滯后,致使缺少成熟的理論和技術(shù)成果用于蓖麻矮化育種研究。為了揭示蓖麻株高調(diào)控機(jī)制,本研究利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）技術(shù)比較了高、矮稈蓖麻中基因表達(dá)的變化。此外,植物激素相關(guān)的基因BKI1和GASA在植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中具有重要的作用,但在蓖麻中尚未進(jìn)行系統(tǒng)研究。結(jié)合轉(zhuǎn)錄組結(jié)果,本研究對(duì)Rc BKI1和Rc GASA9基因的功能進(jìn)行了初步鑒定。主要研究結(jié)果如下:在轉(zhuǎn)錄水平分析了高、矮稈蓖麻基因表達(dá)模式。以蓖麻矮稈3358和高稈2129為父母本進(jìn)行雜交,獲得F₂株高性狀分離的群體,利用高通量測(cè)序平臺(tái)Hi Seq2000對(duì)高、矮稈蓖麻進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,共獲得6 557個(gè)差異表達(dá)基因（DEGs）;代謝通路富集分析顯示,這些DE... 

【文章來(lái)源】：內(nèi)蒙古民族大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】：109 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

蓖麻2129×3358雜交F2代高、矮稈群體的株高

內(nèi)蒙古民族大學(xué)碩士學(xué)位論文19結(jié)果如圖2，提取的RNA樣品條帶清晰且無(wú)彌散區(qū)，說(shuō)明RNA樣品無(wú)降解、無(wú)蛋白或DNA等污染。這些結(jié)果表明，提取的蓖麻葉片總RNA樣品滿足建庫(kù)需求。表5提取蓖麻葉片總RNATable5ExtractionoftotalRNAinleavesofcastorbean樣品名稱濃度（ng/μL）OD260/280OD260/230RIN值SamplenameConcentration（ng/μL）OD260/280OD260/230RINvalueRc_H16602.131.867.90Rc_H26082.101.807.70Rc_H37122.151.718.60Rc_D17222.111.977.20Rc_D25582.131.917.30Rc_D35862.112.256.70注：Rc_H、Rc_D分別表示高稈蓖麻組和矮稈蓖麻組；1-3表示同一組的3次生物學(xué)重復(fù)Note:Rc_HandRc_Drepresenthigh-stalkanddwarfgroup;1-3representthreebiologicalreplicates圖2測(cè)序樣品總RNA的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)Fig.2AgarosegelelectrophoresisdetectionsoftotalRNAofthesamples注：泳道M為Trans2KPlusDNAMarker；泳道1-6分別代表樣品Rc_H1、Rc_H2、Rc_H3、Rc_D1、Rc_D2、Rc_D3Note:LaneM,Trans2KPlusDNAMarker;Lane1-6,thesamplesofRc_H1,Rc_H2,Rc_H3,Rc_D1,Rc_D2andRc_D33.3測(cè)序數(shù)據(jù)處理本研究中構(gòu)建的高、矮稈蓖麻轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中，兩組樣本分別得到了53519200、51354434、46878170和47433924、52657364、55778774條rawreads；對(duì)測(cè)序原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾，得到的cleanreads分別為51545920、50149058、45977178和45288018、50431088、53980236條；平均Q20和Q30為97.68%和93.35%，滿足

22高、矮稈蓖麻轉(zhuǎn)錄組分析及RcBKI1和RcGASA9基因的功能研究圖3樣品間皮爾遜相關(guān)性檢驗(yàn)Fig.3Pearsoncorrelationanalysisbetweensamples注：Rc_H為高稈組；Rc_D為矮稈組；1-3表示三個(gè)生物學(xué)重復(fù)Note:Rc_H,high-stalkgroup;Rc_D,dwarfgroup.1-3representthreebiologicalreplicates3.5差異表達(dá)基因的篩選利用readcount值估算基因的表達(dá)量，對(duì)比高稈組和矮稈組中每個(gè)基因的readcount值，同時(shí)滿足|log2FC|≥1且padj≤0.05的基因則被認(rèn)為是差異表達(dá)基因（DEGs）。結(jié)果表明，在高、矮稈蓖麻轉(zhuǎn)錄組間共有6557個(gè)DEGs，其中上調(diào)表達(dá)的基因有3658個(gè)、下調(diào)表達(dá)的基因有2899個(gè)（圖4）。

【參考文獻(xiàn)】：
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