發(fā)布時(shí)間：2022-02-15 10:41

　　向日葵廣泛種植于我國(guó)東北、內(nèi)蒙古、新疆等地,在向日葵生產(chǎn)過程中,由向日葵柄銹菌引起的向日葵銹病嚴(yán)重影響了向日葵的生產(chǎn)和種植,導(dǎo)致品種抗性的減弱并促使新小種的產(chǎn)生。對(duì)此,本研究為系統(tǒng)了解病原物與寄主互作的轉(zhuǎn)錄組特性,利用Illumina HiSeq 2500測(cè)序平臺(tái)為向日葵-銹菌互作的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行高通量測(cè)序,并進(jìn)一步篩選和挖掘相關(guān)抗病基因。研究主要結(jié)論如下:1.本研究通過RNA-Seq技術(shù)從總RNA中分離出mRNA后反轉(zhuǎn)錄成cDNA,然后對(duì)cDNA文庫(kù)進(jìn)行高通量測(cè)序,在得到的9個(gè)RNA樣本中,A260/280值大致在1.92¹.97范圍內(nèi)。利用Agilent 2100分析儀對(duì)向日葵葉片三個(gè)樣本非親和組合（B-1,B-2,B-3）、親和組合（C-1,C-2,C-3）和對(duì)照組（A-1,A-2,A-3）進(jìn)行RNA-seq測(cè)序并進(jìn)行比對(duì),所得結(jié)果顯示Q20百分比均高于97%,Q30百分比均高于93%,比對(duì)到參考基因組序列的reads占Total reads的比例均高于76.64%,滿足分析需求。2.基于上述高質(zhì)量測(cè)序結(jié)果,對(duì)取得的clean reads進(jìn)行de novo組裝,... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】：61 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

向日葵葉片的總RNA凝膠電泳

圖 4 轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度分布的統(tǒng)計(jì)圖Fig. 4 Statistical diagram of length distribution of transcripts轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度區(qū)間，縱軸表示轉(zhuǎn)錄本數(shù)目。達(dá)量分析結(jié)果的豐富程度反映了基因表達(dá)水平，隨著轉(zhuǎn)錄本豐富程度的也隨之增高。在 RNA-seq 分析中，本實(shí)驗(yàn)通過測(cè)序定位顯子區(qū)域的片段數(shù)來估計(jì)基因表達(dá)水平。片段的數(shù)量不僅成正比，而且與基因的長(zhǎng)度和測(cè)序的深度成正比。為了估計(jì)的基因表達(dá)水平具有可比性，本實(shí)驗(yàn)引入了 FPKMuant 和 Cuffnorm 軟件進(jìn)行表達(dá)量分析，基因表達(dá)量和轉(zhuǎn)錄如表 8 和表 9；表 10 是組裝轉(zhuǎn)錄本、組裝基因與參考基

圖 5 上下調(diào)差異基因數(shù)目統(tǒng)計(jì)Fig. 5 Statistics on the number of up-down-regulated differentially expressed genes為各組差異比較，縱坐標(biāo)為基因數(shù)目，紅色為上調(diào)差異基因，綠色為下調(diào)差異基因。

【參考文獻(xiàn)】：
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