水稻小粒突變體8299和8308的遺傳鑒定與基因克隆
發(fā)布時(shí)間:2022-01-27 05:14
水稻作為世界上最主要的糧食作物之一,全世界有超過(guò)三分之一的人口以水稻為主食。水稻粒形性狀包括粒長(zhǎng)、粒寬、粒厚和長(zhǎng)寬比,這四個(gè)參數(shù)與粒重呈正相關(guān),粒重直接決定谷粒產(chǎn)量。除了與水稻產(chǎn)量有關(guān)外,粒形還影響著稻米的外觀、碾磨、蒸煮和食用等品質(zhì)。因此,對(duì)水稻粒形的深入研究將會(huì)對(duì)水稻產(chǎn)量的增加和品質(zhì)改良產(chǎn)生重要影響。本實(shí)驗(yàn)室利用化學(xué)誘變劑甲基磺酸(EMS)對(duì)秈稻品種188R進(jìn)行大規(guī)模的誘變處理,從誘變后代中獲得了兩份小粒突變體8299和8308。本論文對(duì)8299突變體進(jìn)行了較系統(tǒng)的遺傳鑒定,對(duì)8308突變體則在前期工作基礎(chǔ)上開(kāi)展基因克隆,主要研究結(jié)果如下:1.小粒突變體8299:(1)表型特征及農(nóng)藝性狀:與野生型相比,8299突變體表現(xiàn)為籽粒變小,外穎頂部形狀呈倒鉤狀。調(diào)查其主要農(nóng)藝性狀發(fā)現(xiàn),小粒突變體的單株分蘗、穗長(zhǎng)、粒長(zhǎng)、粒寬、千粒重、結(jié)實(shí)率分別降低了20.6%、11.3%、20.3%、6.9%、43.1%、35.9%。(2)突變性狀的遺傳分析:將小粒突變體與野生型親本188R雜交,F1群體均表現(xiàn)為正常植株,F2群體分離為大粒、小粒兩種表型,經(jīng)卡方(...
【文章來(lái)源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:55 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
InDel標(biāo)記B3在(8299/中花11)F2群體中的分離
27圖2-38299突變基因的分子標(biāo)記定位。(A)8299突變基因初步定位于第9染色體,與SSR引物RM201連鎖。(B)8299突變基因定位,將8299突變基因定位于In/Del標(biāo)記B1和B6之間。(C)8299突變基因精細(xì)定位,將8299突變基因定位于In/Del標(biāo)記B3和B4的218kb之間。Figure2-3Finemappingof8299.(A)The8299locuswaslinkedtoSSRmakersRM201onchromosome9.(B)8299wasmappedbetweenIn/DelmarkersB1andB6.(C)Finemappingof8299,andthe8299genewaslimitedina218-kbgenomicDNAregionbetweenIn/DelmarkersB3andB4.2.2.48299突變體候選基因的預(yù)測(cè)與序列驗(yàn)證從野生型188R與突變體8299雜交后的F2群體中選取30株有小粒性狀的突變株,以混合等量葉片的方式,將突變單株混合成近等基因池,進(jìn)行高通量測(cè)序。以粳稻品種日本晴和野生型188R基因組作為參考,對(duì)突變體8299近等基因池的高通量測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析。尋找參考基因組與突變體8299基因組之間的所有單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(single-nucleotidepolymorphism,SNP),然后比較、分析篩選出8299中特異的SNP位點(diǎn)。結(jié)合8299突變基因的定位結(jié)果分析高通量測(cè)序結(jié)果,在定位區(qū)間B3-B4內(nèi),并未發(fā)現(xiàn)呈單峰分布的SNP位點(diǎn),因此無(wú)法推斷突變基因的詳細(xì)信息。隨后,通過(guò)查找水稻基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù),在InDel標(biāo)記B3和B4區(qū)間218kb范圍內(nèi),發(fā)現(xiàn)有36個(gè)預(yù)測(cè)基因。對(duì)這36個(gè)基因進(jìn)行分析了解后,分別從突變體8299和野生型188R擴(kuò)增并測(cè)序了7個(gè)可能與粒形相關(guān)的候選基因,與野生型基因序列進(jìn)行比對(duì)并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。所以,接下來(lái)將繼續(xù)進(jìn)行候選基因的篩眩
323.1.4質(zhì)粒的提取從陽(yáng)性克隆菌液中提取質(zhì)粒,采用天根生化科技有限公司的試劑盒。3.2結(jié)果與分析3.2.18308突變體的基因克隆及轉(zhuǎn)基因表達(dá)載體構(gòu)建前期研究中已表明小粒突變體8308的小粒性狀是受一個(gè)半顯性(或不完全顯性)核基因控制,并已篩選到1個(gè)候選基因。該基因全長(zhǎng)7458bp,cDNA長(zhǎng)度2469bp,編碼822個(gè)氨基酸,在突變體中有1個(gè)位點(diǎn)發(fā)生突變,即從起始密碼子ATG開(kāi)始第2317位C突變?yōu)門(mén),使編碼的亮氨酸(Leu)突變?yōu)楸奖彼?Phe)。本研究在此基礎(chǔ)上對(duì)小粒突變體8308的候選基因進(jìn)行功能驗(yàn)證。為了驗(yàn)證小粒突變體8308的基因功能,我們擴(kuò)增了8308突變體的DNA(圖3-1),然后用BamH1限制性?xún)?nèi)切酶酶切該目的基因和pC2300-actin表達(dá)載體,用連接酶連接目的基因和表達(dá)載體,轉(zhuǎn)化大腸桿菌,再利用菌液檢測(cè)方式檢測(cè)目的片段是否連接在表達(dá)載體上。M:DL-12000DNAmarker;1:目的條帶。M.DL-12000DNAmarker;1.Targetband.圖3-18308目的片段的擴(kuò)增Fig.3-1Theamplifiedof8308fragments.目的基因M1
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]矮稈小粒水稻瀟湘矮的形態(tài)學(xué)與分子遺傳學(xué)分析[J]. 呂育松,謝耘豐,圣忠華,鄔亞文,唐紹清,胡培松,魏祥進(jìn). 中國(guó)水稻科學(xué). 2017(03)
[2]水稻粒形和粒重性狀的相關(guān)性分析及QTL定位[J]. 孫濱,占小登,林澤川,高志強(qiáng),于萍,劉群恩,沈希宏,張迎信,陳代波,程式華,曹立勇. 分子植物育種. 2015(12)
[3]水稻粒長(zhǎng)基因GS3和qGL3功能標(biāo)記的設(shè)計(jì)及應(yīng)用[J]. 丁丹,張亞?wèn)|,鄭佳,趙春芳,陳濤,趙慶勇,朱鎮(zhèn),周麗慧,姚姝,趙凌,于新,王才林. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2014(06)
[4]GS6, A Member of the GRAS Gene Family,Negatively Regulates Grain Size in Rice[J]. Lianjun Sun,Xiaojiao Li,Yongcai Fu,Zuofeng Zhu,Lubin Tan,Fengxia Liu,Xianyou Sun,Xuewen Sun,Chuanqing Sun. Journal of Integrative Plant Biology. 2013(10)
[5]基于單片段代換系的水稻粒型QTL加性及上位性效應(yīng)分析[J]. 趙芳明,張桂權(quán),曾瑞珍,楊正林,凌英華,桑賢春,何光華. 作物學(xué)報(bào). 2011(03)
[6]一個(gè)水稻小粒突變體基因gw(t)的表型和遺傳分析[J]. 張濤,楊松濤,鄭家奎,蔣開(kāi)鋒,楊莉,楊乾華,萬(wàn)先齊,曹應(yīng)江,游書(shū)梅. 雜交水稻. 2010(S1)
[7]水稻粒長(zhǎng)基因GS3在聚合育種中的效應(yīng)[J]. 楊梯豐,曾瑞珍,朱海濤,陳嵐,張澤民,丁效華,李文濤,張桂權(quán). 分子植物育種. 2010(01)
[8]三系雜交水稻谷粒性狀的遺傳及相關(guān)分析[J]. 鄒小云,鄧輝明,傅軍如,彭小松,朱昌蘭,賀曉鵬,陳小榮,賀浩華,劉宜柏. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2009(18)
[9]水稻粒形QTLs的研究進(jìn)展[J]. 黃招德,施碧紅,趙明富,蔡春苗. 福建稻麥科技. 2008(01)
[10]Heterotrimeric G protein α subunit is involved in rice brassinosteroid response[J]. Lei Wang~(1,2) Yun-Yuan Xu~1 Qi-Bin Ma~(1,2) Dan Li~(1,2) Zhi-Hong Xu~(1,3) Kang Chong~(1,3) 1 Key Laboratory of Photosynthesis and Environmental Molecular Physiology,Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Nanxincun 20,Xiangshan,Beijing 100093,China,2 Graduate School of the Chinese Academv of Sciences,100046 Beijing,China;3 National Plant Gene Research Center (Beijing),Beijing 100093,China. Cell Research. 2006(12)
博士論文
[1]非洲野生稻粒長(zhǎng)和落粒性基因GL4的克隆與功能分析[D]. 吳問(wèn)廣.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]水稻粒長(zhǎng)基因qGL3的定位克隆、功能分析及育種利用研究[D]. 張曉軍.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[3]水稻粒寬和粒重QTL GW5的精細(xì)定位及其功能初步分析[D]. 翁建峰.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
碩士論文
[1]一個(gè)水稻粒重QTL GW6的精細(xì)定位和基因聚合育種研究[D]. 陶紅劍.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011
[2]水稻籽粒性狀的遺傳分析及粒長(zhǎng)基因GL-2的定位[D]. 黃招德.福建師范大學(xué) 2008
[3]利用高世代回交群體分析水稻粒型QTLs[D]. 譚友斌.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3611835
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【部分圖文】:
InDel標(biāo)記B3在(8299/中花11)F2群體中的分離
27圖2-38299突變基因的分子標(biāo)記定位。(A)8299突變基因初步定位于第9染色體,與SSR引物RM201連鎖。(B)8299突變基因定位,將8299突變基因定位于In/Del標(biāo)記B1和B6之間。(C)8299突變基因精細(xì)定位,將8299突變基因定位于In/Del標(biāo)記B3和B4的218kb之間。Figure2-3Finemappingof8299.(A)The8299locuswaslinkedtoSSRmakersRM201onchromosome9.(B)8299wasmappedbetweenIn/DelmarkersB1andB6.(C)Finemappingof8299,andthe8299genewaslimitedina218-kbgenomicDNAregionbetweenIn/DelmarkersB3andB4.2.2.48299突變體候選基因的預(yù)測(cè)與序列驗(yàn)證從野生型188R與突變體8299雜交后的F2群體中選取30株有小粒性狀的突變株,以混合等量葉片的方式,將突變單株混合成近等基因池,進(jìn)行高通量測(cè)序。以粳稻品種日本晴和野生型188R基因組作為參考,對(duì)突變體8299近等基因池的高通量測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析。尋找參考基因組與突變體8299基因組之間的所有單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(single-nucleotidepolymorphism,SNP),然后比較、分析篩選出8299中特異的SNP位點(diǎn)。結(jié)合8299突變基因的定位結(jié)果分析高通量測(cè)序結(jié)果,在定位區(qū)間B3-B4內(nèi),并未發(fā)現(xiàn)呈單峰分布的SNP位點(diǎn),因此無(wú)法推斷突變基因的詳細(xì)信息。隨后,通過(guò)查找水稻基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù),在InDel標(biāo)記B3和B4區(qū)間218kb范圍內(nèi),發(fā)現(xiàn)有36個(gè)預(yù)測(cè)基因。對(duì)這36個(gè)基因進(jìn)行分析了解后,分別從突變體8299和野生型188R擴(kuò)增并測(cè)序了7個(gè)可能與粒形相關(guān)的候選基因,與野生型基因序列進(jìn)行比對(duì)并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。所以,接下來(lái)將繼續(xù)進(jìn)行候選基因的篩眩
323.1.4質(zhì)粒的提取從陽(yáng)性克隆菌液中提取質(zhì)粒,采用天根生化科技有限公司的試劑盒。3.2結(jié)果與分析3.2.18308突變體的基因克隆及轉(zhuǎn)基因表達(dá)載體構(gòu)建前期研究中已表明小粒突變體8308的小粒性狀是受一個(gè)半顯性(或不完全顯性)核基因控制,并已篩選到1個(gè)候選基因。該基因全長(zhǎng)7458bp,cDNA長(zhǎng)度2469bp,編碼822個(gè)氨基酸,在突變體中有1個(gè)位點(diǎn)發(fā)生突變,即從起始密碼子ATG開(kāi)始第2317位C突變?yōu)門(mén),使編碼的亮氨酸(Leu)突變?yōu)楸奖彼?Phe)。本研究在此基礎(chǔ)上對(duì)小粒突變體8308的候選基因進(jìn)行功能驗(yàn)證。為了驗(yàn)證小粒突變體8308的基因功能,我們擴(kuò)增了8308突變體的DNA(圖3-1),然后用BamH1限制性?xún)?nèi)切酶酶切該目的基因和pC2300-actin表達(dá)載體,用連接酶連接目的基因和表達(dá)載體,轉(zhuǎn)化大腸桿菌,再利用菌液檢測(cè)方式檢測(cè)目的片段是否連接在表達(dá)載體上。M:DL-12000DNAmarker;1:目的條帶。M.DL-12000DNAmarker;1.Targetband.圖3-18308目的片段的擴(kuò)增Fig.3-1Theamplifiedof8308fragments.目的基因M1
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]矮稈小粒水稻瀟湘矮的形態(tài)學(xué)與分子遺傳學(xué)分析[J]. 呂育松,謝耘豐,圣忠華,鄔亞文,唐紹清,胡培松,魏祥進(jìn). 中國(guó)水稻科學(xué). 2017(03)
[2]水稻粒形和粒重性狀的相關(guān)性分析及QTL定位[J]. 孫濱,占小登,林澤川,高志強(qiáng),于萍,劉群恩,沈希宏,張迎信,陳代波,程式華,曹立勇. 分子植物育種. 2015(12)
[3]水稻粒長(zhǎng)基因GS3和qGL3功能標(biāo)記的設(shè)計(jì)及應(yīng)用[J]. 丁丹,張亞?wèn)|,鄭佳,趙春芳,陳濤,趙慶勇,朱鎮(zhèn),周麗慧,姚姝,趙凌,于新,王才林. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2014(06)
[4]GS6, A Member of the GRAS Gene Family,Negatively Regulates Grain Size in Rice[J]. Lianjun Sun,Xiaojiao Li,Yongcai Fu,Zuofeng Zhu,Lubin Tan,Fengxia Liu,Xianyou Sun,Xuewen Sun,Chuanqing Sun. Journal of Integrative Plant Biology. 2013(10)
[5]基于單片段代換系的水稻粒型QTL加性及上位性效應(yīng)分析[J]. 趙芳明,張桂權(quán),曾瑞珍,楊正林,凌英華,桑賢春,何光華. 作物學(xué)報(bào). 2011(03)
[6]一個(gè)水稻小粒突變體基因gw(t)的表型和遺傳分析[J]. 張濤,楊松濤,鄭家奎,蔣開(kāi)鋒,楊莉,楊乾華,萬(wàn)先齊,曹應(yīng)江,游書(shū)梅. 雜交水稻. 2010(S1)
[7]水稻粒長(zhǎng)基因GS3在聚合育種中的效應(yīng)[J]. 楊梯豐,曾瑞珍,朱海濤,陳嵐,張澤民,丁效華,李文濤,張桂權(quán). 分子植物育種. 2010(01)
[8]三系雜交水稻谷粒性狀的遺傳及相關(guān)分析[J]. 鄒小云,鄧輝明,傅軍如,彭小松,朱昌蘭,賀曉鵬,陳小榮,賀浩華,劉宜柏. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2009(18)
[9]水稻粒形QTLs的研究進(jìn)展[J]. 黃招德,施碧紅,趙明富,蔡春苗. 福建稻麥科技. 2008(01)
[10]Heterotrimeric G protein α subunit is involved in rice brassinosteroid response[J]. Lei Wang~(1,2) Yun-Yuan Xu~1 Qi-Bin Ma~(1,2) Dan Li~(1,2) Zhi-Hong Xu~(1,3) Kang Chong~(1,3) 1 Key Laboratory of Photosynthesis and Environmental Molecular Physiology,Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Nanxincun 20,Xiangshan,Beijing 100093,China,2 Graduate School of the Chinese Academv of Sciences,100046 Beijing,China;3 National Plant Gene Research Center (Beijing),Beijing 100093,China. Cell Research. 2006(12)
博士論文
[1]非洲野生稻粒長(zhǎng)和落粒性基因GL4的克隆與功能分析[D]. 吳問(wèn)廣.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]水稻粒長(zhǎng)基因qGL3的定位克隆、功能分析及育種利用研究[D]. 張曉軍.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[3]水稻粒寬和粒重QTL GW5的精細(xì)定位及其功能初步分析[D]. 翁建峰.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
碩士論文
[1]一個(gè)水稻粒重QTL GW6的精細(xì)定位和基因聚合育種研究[D]. 陶紅劍.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2011
[2]水稻籽粒性狀的遺傳分析及粒長(zhǎng)基因GL-2的定位[D]. 黃招德.福建師范大學(xué) 2008
[3]利用高世代回交群體分析水稻粒型QTLs[D]. 譚友斌.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
本文編號(hào):3611835
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