基于基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析的三陰性乳腺癌預(yù)后相關(guān)基因與鉑應(yīng)答靶點關(guān)系的研究
發(fā)布時間：2022-01-25 00:20
目的:作為一種常規(guī)新輔助化療方案,鉑在三陰性乳腺癌中發(fā)揮效用的機制尚不明確,預(yù)測三陰性乳腺癌鉑應(yīng)答的基因標志物意義重大,有助于篩選適宜鉑類藥物的患者,提高鉑類藥物的治療效果。本研究擬通過構(gòu)建基因共表達網(wǎng)絡(luò),篩選鉑藥影響三陰性乳腺癌預(yù)后的基因標志物,梳理鉑藥在此過程中的調(diào)控機理。方法:從美國癌癥基因圖譜計劃（The Cancer Genome Atlas,TCGA）數(shù)據(jù)庫下載乳腺癌基因表達數(shù)據(jù)和相應(yīng)的臨床資料,使用mclust聚類算法識別其中的三陰性乳腺癌樣本。采用edgeR和DESeq2兩種方法對樣本進行三陰性/非三陰性,三陰性/正常雙水平的差異表達分析。進而基于加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted Gene CoExpression Network Analysis,WGCNA）方法構(gòu)建三陰性乳腺癌差異基因共表達網(wǎng)絡(luò),篩選網(wǎng)絡(luò)中預(yù)后相關(guān)模塊。在此基礎(chǔ)上,結(jié)合文本挖掘的方法預(yù)測三陰性乳腺癌中鉑應(yīng)答靶點,并借助競爭性內(nèi)源RNA（competitive endogenous RNA,ceRNA）假說解讀轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控機制。結(jié)果:本研究共識別出176例三陰性乳腺癌樣本,通過差異分析得到了...
【文章來源】：中國醫(yī)科大學遼寧省
【文章頁數(shù)】：57 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
IHC結(jié)果
RNA 和 1553 個 miRNA。乳腺癌相關(guān)文獻[32]，選擇了 14 個具有研究意義的臨床特、PR 狀態(tài)、HER-2 狀態(tài)、人種、絕經(jīng)狀態(tài)、TNM 分期期、組織學類型、手術(shù)類型和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移狀態(tài)。其中，當，存活或仍未發(fā)生新腫瘤事件時（未發(fā)生結(jié)局事件），以事件為相應(yīng)的生存時間。本聚類 mclust 聚類的八種子模型結(jié)果（如圖 3.1 所示），采納準。結(jié)果表明（如圖 3.2 所示），單純使用 IHC 判斷樣本，10在 387 例未知樣本，111 例三陰性乳腺癌，579 例非三陰性和 mclust 聚類后，獲得 176 例三陰性乳腺癌，901 例非三
圖 3.2 mclust 聚類前后變化3.3 差異分析結(jié)果為了鑒別三陰性乳腺癌特異表達基因，我們采用 DESeq2 和 edgeR 對來自乳腺癌的 1181 例樣本（176 例三陰性乳腺樣本，901 例非三陰性乳腺癌樣本，104例正常配對樣本）按照 Triple/NonTriple 和 Triple/Normal 分別進行差異分析。mRNA 方面，在 DESeq2 中篩選出 2223 個差異表達基因，在 edgeR 中篩選出 2244 個差異表達基因。兩種方法中共有的基因 1899 個，其中在兩次差異分析中都上調(diào)的基因 1244 個；在兩次差異分析都下調(diào)的基因 546 個；在Triple/NonTriple 分 析 中 上 調(diào) 而 在 Triple/Normal 下 調(diào) 的 基 因 4 個 ； 在Triple/NonTriple 分析中下調(diào)而在 Triple/Normal 上調(diào)的基因 105 個。lncRNA 方面，在 DESeq2 中篩選出 1713 個差異表達基因，在 edgeR 中篩選出 1341 個差異表達基因。兩種方法中共有的基因 1088 個，其中在兩次差異分析
【參考文獻】：
期刊論文
[1]無指導的中文開放式實體關(guān)系抽取[J]. 秦兵,劉安安,劉挺. 計算機研究與發(fā)展. 2015(05)
[2]癌癥基因組圖譜計劃數(shù)據(jù)及分析[J]. 鄧禎祥,李金明. 中國腫瘤臨床. 2014(05)
[3]知識集成與基于非相關(guān)文獻的知識發(fā)現(xiàn)法[J]. 吳常青. 情報雜志. 2007(11)
博士論文
[1]加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）探索肺腺癌中的功能基因模塊[D]. 趙志洪.北京協(xié)和醫(yī)學院 2017
[2]面向生物醫(yī)學領(lǐng)域的文本挖掘技術(shù)研究[D]. 楊志豪.大連理工大學 2008
碩士論文
[1]女性特異性膀胱癌相關(guān)基因及其共表達網(wǎng)絡(luò)分析[D]. 李丹妮.南方醫(yī)科大學 2016
[2]結(jié)直腸癌臨床—組學關(guān)系挖掘方法研究及知識庫構(gòu)建[D]. 劉芳.浙江大學 2014
[3]生物醫(yī)學領(lǐng)域的命名實體識別和標準化[D]. 范文婷.大連理工大學 2013
[4]肝炎病毒蛋白領(lǐng)域本體的構(gòu)建及應(yīng)用研究[D]. 魏曉萍.上海交通大學 2013
[5]高斯混合模型及在探測網(wǎng)絡(luò)社區(qū)結(jié)構(gòu)中的應(yīng)用[D]. 韓曉峰.山東科技大學 2010
本文編號：3607561
【文章來源】：中國醫(yī)科大學遼寧省
【文章頁數(shù)】：57 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
IHC結(jié)果
RNA 和 1553 個 miRNA。乳腺癌相關(guān)文獻[32]，選擇了 14 個具有研究意義的臨床特、PR 狀態(tài)、HER-2 狀態(tài)、人種、絕經(jīng)狀態(tài)、TNM 分期期、組織學類型、手術(shù)類型和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移狀態(tài)。其中，當，存活或仍未發(fā)生新腫瘤事件時（未發(fā)生結(jié)局事件），以事件為相應(yīng)的生存時間。本聚類 mclust 聚類的八種子模型結(jié)果（如圖 3.1 所示），采納準。結(jié)果表明（如圖 3.2 所示），單純使用 IHC 判斷樣本，10在 387 例未知樣本，111 例三陰性乳腺癌，579 例非三陰性和 mclust 聚類后，獲得 176 例三陰性乳腺癌，901 例非三
圖 3.2 mclust 聚類前后變化3.3 差異分析結(jié)果為了鑒別三陰性乳腺癌特異表達基因，我們采用 DESeq2 和 edgeR 對來自乳腺癌的 1181 例樣本（176 例三陰性乳腺樣本，901 例非三陰性乳腺癌樣本，104例正常配對樣本）按照 Triple/NonTriple 和 Triple/Normal 分別進行差異分析。mRNA 方面，在 DESeq2 中篩選出 2223 個差異表達基因，在 edgeR 中篩選出 2244 個差異表達基因。兩種方法中共有的基因 1899 個，其中在兩次差異分析中都上調(diào)的基因 1244 個；在兩次差異分析都下調(diào)的基因 546 個；在Triple/NonTriple 分 析 中 上 調(diào) 而 在 Triple/Normal 下 調(diào) 的 基 因 4 個 ； 在Triple/NonTriple 分析中下調(diào)而在 Triple/Normal 上調(diào)的基因 105 個。lncRNA 方面，在 DESeq2 中篩選出 1713 個差異表達基因，在 edgeR 中篩選出 1341 個差異表達基因。兩種方法中共有的基因 1088 個，其中在兩次差異分析
【參考文獻】：
期刊論文
[1]無指導的中文開放式實體關(guān)系抽取[J]. 秦兵,劉安安,劉挺. 計算機研究與發(fā)展. 2015(05)
[2]癌癥基因組圖譜計劃數(shù)據(jù)及分析[J]. 鄧禎祥,李金明. 中國腫瘤臨床. 2014(05)
[3]知識集成與基于非相關(guān)文獻的知識發(fā)現(xiàn)法[J]. 吳常青. 情報雜志. 2007(11)
博士論文
[1]加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）探索肺腺癌中的功能基因模塊[D]. 趙志洪.北京協(xié)和醫(yī)學院 2017
[2]面向生物醫(yī)學領(lǐng)域的文本挖掘技術(shù)研究[D]. 楊志豪.大連理工大學 2008
碩士論文
[1]女性特異性膀胱癌相關(guān)基因及其共表達網(wǎng)絡(luò)分析[D]. 李丹妮.南方醫(yī)科大學 2016
[2]結(jié)直腸癌臨床—組學關(guān)系挖掘方法研究及知識庫構(gòu)建[D]. 劉芳.浙江大學 2014
[3]生物醫(yī)學領(lǐng)域的命名實體識別和標準化[D]. 范文婷.大連理工大學 2013
[4]肝炎病毒蛋白領(lǐng)域本體的構(gòu)建及應(yīng)用研究[D]. 魏曉萍.上海交通大學 2013
[5]高斯混合模型及在探測網(wǎng)絡(luò)社區(qū)結(jié)構(gòu)中的應(yīng)用[D]. 韓曉峰.山東科技大學 2010
本文編號：3607561
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