為了明確LIM家族基因在葡萄非生物脅迫下的表達(dá)特性,在生物信息分析的基礎(chǔ)上,以‘黑比諾’葡萄（Vitis vinifera‘Pinot Noir’）試管苗為試驗材料,利用q RT-PCR技術(shù)檢測了不同逆境處理對葡萄LIM家族基因成員表達(dá)的影響。結(jié)果顯示,葡萄LIM基因家族有14個成員,可分為4個亞族,各亞族編碼蛋白氨基酸數(shù)量差異較大,但亞族內(nèi)差異較小;分析葡萄基因和擬南芥基因間的選擇壓發(fā)現(xiàn),二者存在鈍化選擇關(guān)系;多序列比對發(fā)現(xiàn),該家族基因成員含有1或2個鋅指結(jié)構(gòu)的保守結(jié)構(gòu)域;保守基序分析結(jié)果表明,所有基因均包含motif2;基因結(jié)構(gòu)顯示Vv LIM含有4～15個外顯子;14個基因中有11個編碼蛋白存在互作關(guān)系。該家族基因存在大量的光誘導(dǎo)元件和水楊酸等逆境脅迫相關(guān)元件。基因芯片表達(dá)數(shù)據(jù)表明,高表達(dá)的基因主要存在生長旺盛的組織中。q RT-PCR分析發(fā)現(xiàn),Vv LIM1在100 mmol·L^-1NaCl、10%PEG和50 mg·L^-1 SA脅迫下表達(dá)量與對照相比顯著上調(diào),且隨處理時間的延長表達(dá)量顯著增加。 

【文章來源】：園藝學(xué)報. 2020,47(07)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

LIM家族7個物種進(jìn)化分析

保守基序分析發(fā)現(xiàn)，各亞族基因編碼蛋白間各基序高度相似（圖2）。在所有編碼蛋白中均含有motif2。在C端，共存在兩種保守基序，分別為motif1和motif9；其中motif1含有C-20X-C-2X-C-2X-C-3X的保守結(jié)構(gòu)域，該結(jié)構(gòu)域為鋅指結(jié)構(gòu)，從而提高了C端的保守性。而在N端，共有3種motif2、motif9和motif10；因motif10含有大量保守氨基酸，從而提高N端的保守性。另外，從該基因家族中可看出，當(dāng)C端具有鋅指結(jié)構(gòu)時，N端的保守性會相對降低，但序列整體的保守性差異不大，這是該家族基因的一個重要特征。2.6多序列比對分析

對LIM基因家族蛋白序列進(jìn)行蛋白互作預(yù)測分析，發(fā)現(xiàn)該家族14個基因中有11個基因編碼蛋白與其他基因編碼蛋白之間可能存在互作。其中，VvLIM8與VvLIM1、VvLIM3、VvLIM7、VvLIM9和VvLIM12之間存在蛋白互作關(guān)系；VvLIM6和VvLIM14存在蛋白互作關(guān)系。2.9基因芯片表達(dá)數(shù)據(jù)分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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