目的了解廣州地區(qū)丙型肝炎病毒（HCV）主要流行基因型E1蛋白胞外域氨基酸序列突變特征。方法采集2012-2018年380例廣州地區(qū)HCV感染者血液標(biāo)本,使用試劑盒提取HCV RNA,進(jìn)行Core/E1區(qū)序列巢式PCR擴(kuò)增和測(cè)序,采用Mega 7.0構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行基因分型,對(duì)廣州地區(qū)流行的HCV主要基因型的E1胞外域部分序列進(jìn)行氨基酸翻譯和構(gòu)建共有序列,利用生物信息軟件、統(tǒng)計(jì)軟件分析HCV E1胞外域氨基酸位點(diǎn)突變的分布特征、替換模式及與宿主免疫的關(guān)系。結(jié)果廣州地區(qū)HCV主要流行基因型為1b和6a,分別占38.68%和41.84%;1b和6a基因型E1蛋白胞外域（aa 192-320）發(fā)生突變的氨基酸位點(diǎn)分別有62個(gè)（48.1%）和60個(gè)（46.5%）,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（χ2=2.04,P>0.05）;突變主要發(fā)生在aa 192-260區(qū)段,1b型的高度突變位點(diǎn)（突變率≥20%）比較分散,6a型則集中在aa231-243區(qū)段;高度突變位點(diǎn)均處于免疫表位區(qū),BLOSUM評(píng)分顯示大部分突變位點(diǎn)氨基酸替換模式為保守性替換。結(jié)論 HCV基因型1b和6a蛋白E1胞外域的高度突變位點(diǎn)主要位... 

【文章來源】：中國(guó)病原生物學(xué)雜志. 2020,15(11)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

氨基酸位點(diǎn)替換類型及頻率分布堆積條圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3599436