【目的】隨著中國(guó)奶牛業(yè)的發(fā)展,干草需求量與日俱增。作為天然牧草,干草可以成為家畜傳播病原體的載體。以干草表面附著物為研究對(duì)象,了解干草中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)以及致病菌屬特征�！痉椒ā繉�(duì)來(lái)自6個(gè)不同奶牛場(chǎng)飼草舍的干草樣本,應(yīng)用Illumina Mi Seq高通量測(cè)序技術(shù)測(cè)定干草表面附著物細(xì)菌的16S r RNA基因V3-V4變異區(qū)序列,分析不同干草樣本細(xì)菌群落組成。【結(jié)果】干草樣本中的細(xì)菌在97%的相似水平下共得到OTU個(gè)數(shù)為15 416,涵蓋了29門87綱144目219科323屬的細(xì)菌。微生物多樣性分析表明,干草樣本具有很高的細(xì)菌多樣性,不同樣本多樣性存在差異。對(duì)干草樣本菌群中豐度較高的14種病原菌屬進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)相較于人工種植牧草制備的干草,天然牧草制備的干草中病原菌屬豐度較高�！窘Y(jié)論】研究解析了干草樣本中微生物的多樣性、豐度及主要病原菌屬的特征,對(duì)奶牛場(chǎng)疾病防控有一定指導(dǎo)意義。 

【文章來(lái)源】：微生物學(xué)通報(bào). 2017,44(12)北大核心CSCD

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相似度為97%條件下各樣本的稀釋曲線

a多樣性指數(shù)Table2TheAlphadiversityindexofthesample樣本編號(hào)SampleID樣本類型SampletypeOTUsChao1指數(shù)Chao1index香農(nóng)指數(shù)Shannonindex譜系多樣性Phylogeneticdiversityak5羊草Leymuschinensis28804347.4217.28173105.70972bl5苜蓿Medicagosativa16362367.7964.4411365.61032dd5羊草Leymuschinensis31804118.3787.79841111.83234kl5羊草Leymuschinensis20272659.6556.7218679.96640qy5羊草Leymuschinensis23883015.0667.1363692.93924zh5虉草Phalarisarundinacea33054057.1807.01518108.75807圖2Beta多樣性的主坐標(biāo)分析(PCoA)圖Figure2Principalcoordinateanalysis(PCoA)scoresplotofbetadiversity注：A：未加權(quán)方法；B：加權(quán)方法.Note:A:Unweightedmethod;B:Weightedmethod.

2852微生物學(xué)通報(bào)Microbiol.China2017,Vol.44,No.12Tel:010-64807511;E-mail:tongbao@im.ac.cn;http://journals.im.ac.cn/wswxtbcn圖4細(xì)菌屬分類水平的比較Figure4Comparisonofbacteriagroupsatgenuslevel2.4菌群結(jié)構(gòu)的差異分析為了進(jìn)一步探究微生物群落結(jié)構(gòu)與不同干草樣本之間的關(guān)系，本研究基于可分類的29個(gè)不同門類水平上，構(gòu)建了含系統(tǒng)發(fā)育樹、樣品聚類關(guān)系樹的熱圖(Heatmap)。分析表明，在門(圖5)水平上，微生物群根據(jù)進(jìn)化關(guān)系聚類為兩大分支，其中樣本qy5、zh5、ak5、dd5和kl5構(gòu)成一支，樣本bl5單獨(dú)構(gòu)成另一支，說(shuō)明樣本bl5的細(xì)菌群落與其他樣本明顯的不同。此外，樣本qy5與zh5微生物進(jìn)化關(guān)系距離較近；ak5、dd5和kl5微生物進(jìn)化關(guān)系距離較近，dd5居于ak5和kl5中間并更趨近于kl5。對(duì)于熱圖中出現(xiàn)的大面積的藍(lán)色方塊，表明這種菌的含量非常低，導(dǎo)致沒(méi)有數(shù)值。2.5干草中動(dòng)物細(xì)菌類病原的分布將各干草樣本中豐度較高(豐度大于0.1%)的動(dòng)物病原菌進(jìn)行整理，如表3所示為干草樣本中檢出的14種潛在動(dòng)物病原菌屬的分布特征�？梢钥闯�，這14種潛在動(dòng)物病原菌屬分別隸屬于放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、變形菌門(Proteobacteria)，其中放線菌門、擬桿菌門、變形菌門為干草微生物三大優(yōu)勢(shì)菌門。進(jìn)一步深入分析發(fā)現(xiàn)，除了紅球菌屬(Rhodococcus)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)這3個(gè)潛在動(dòng)物病原菌屬僅在部分干草樣本中被檢出，而剩余的11個(gè)潛在動(dòng)物病原菌屬在6個(gè)干草樣本中均有檢出。這3種潛在動(dòng)物病原菌屬的豐度相對(duì)較低，就平均而言分別占0.14%、0.61%、0.04%。由此可見，不同干草樣本的潛在動(dòng)物病原菌屬組成是相似的。此外，不同干

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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