【目的】隨著中國奶牛業(yè)的發(fā)展,干草需求量與日俱增。作為天然牧草,干草可以成為家畜傳播病原體的載體。以干草表面附著物為研究對象,了解干草中細菌群落結構以及致病菌屬特征。【方法】對來自6個不同奶牛場飼草舍的干草樣本,應用Illumina Mi Seq高通量測序技術測定干草表面附著物細菌的16S r RNA基因V3-V4變異區(qū)序列,分析不同干草樣本細菌群落組成。【結果】干草樣本中的細菌在97%的相似水平下共得到OTU個數(shù)為15 416,涵蓋了29門87綱144目219科323屬的細菌。微生物多樣性分析表明,干草樣本具有很高的細菌多樣性,不同樣本多樣性存在差異。對干草樣本菌群中豐度較高的14種病原菌屬進行分析,發(fā)現(xiàn)相較于人工種植牧草制備的干草,天然牧草制備的干草中病原菌屬豐度較高�！窘Y論】研究解析了干草樣本中微生物的多樣性、豐度及主要病原菌屬的特征,對奶牛場疾病防控有一定指導意義。 

【文章來源】：微生物學通報. 2017,44(12)北大核心CSCD

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相似度為97%條件下各樣本的稀釋曲線

a多樣性指數(shù)Table2TheAlphadiversityindexofthesample樣本編號SampleID樣本類型SampletypeOTUsChao1指數(shù)Chao1index香農指數(shù)Shannonindex譜系多樣性Phylogeneticdiversityak5羊草Leymuschinensis28804347.4217.28173105.70972bl5苜蓿Medicagosativa16362367.7964.4411365.61032dd5羊草Leymuschinensis31804118.3787.79841111.83234kl5羊草Leymuschinensis20272659.6556.7218679.96640qy5羊草Leymuschinensis23883015.0667.1363692.93924zh5虉草Phalarisarundinacea33054057.1807.01518108.75807圖2Beta多樣性的主坐標分析(PCoA)圖Figure2Principalcoordinateanalysis(PCoA)scoresplotofbetadiversity注：A：未加權方法；B：加權方法.Note:A:Unweightedmethod;B:Weightedmethod.

2852微生物學通報Microbiol.China2017,Vol.44,No.12Tel:010-64807511;E-mail:tongbao@im.ac.cn;http://journals.im.ac.cn/wswxtbcn圖4細菌屬分類水平的比較Figure4Comparisonofbacteriagroupsatgenuslevel2.4菌群結構的差異分析為了進一步探究微生物群落結構與不同干草樣本之間的關系，本研究基于可分類的29個不同門類水平上，構建了含系統(tǒng)發(fā)育樹、樣品聚類關系樹的熱圖(Heatmap)。分析表明，在門(圖5)水平上，微生物群根據(jù)進化關系聚類為兩大分支，其中樣本qy5、zh5、ak5、dd5和kl5構成一支，樣本bl5單獨構成另一支，說明樣本bl5的細菌群落與其他樣本明顯的不同。此外，樣本qy5與zh5微生物進化關系距離較近；ak5、dd5和kl5微生物進化關系距離較近，dd5居于ak5和kl5中間并更趨近于kl5。對于熱圖中出現(xiàn)的大面積的藍色方塊，表明這種菌的含量非常低，導致沒有數(shù)值。2.5干草中動物細菌類病原的分布將各干草樣本中豐度較高(豐度大于0.1%)的動物病原菌進行整理，如表3所示為干草樣本中檢出的14種潛在動物病原菌屬的分布特征�？梢钥闯�，這14種潛在動物病原菌屬分別隸屬于放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)、變形菌門(Proteobacteria)，其中放線菌門、擬桿菌門、變形菌門為干草微生物三大優(yōu)勢菌門。進一步深入分析發(fā)現(xiàn)，除了紅球菌屬(Rhodococcus)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)、玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)這3個潛在動物病原菌屬僅在部分干草樣本中被檢出，而剩余的11個潛在動物病原菌屬在6個干草樣本中均有檢出。這3種潛在動物病原菌屬的豐度相對較低，就平均而言分別占0.14%、0.61%、0.04%。由此可見，不同干草樣本的潛在動物病原菌屬組成是相似的。此外，不同干

【參考文獻】：
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